| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2793464 = | 180 (1.290) | 3 (0.020) | 3/238 | NT | 1.8% | coding (2179/2982 nt) | yueB | ESX secretion system protein YueB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2793513 = | 159 (1.230) | coding (2130/2982 nt) | yueB | ESX secretion system protein YueB | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TACCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2793613‑2793464‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gctgatttttATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACATC > USA300TCH1516_ALE/2793513‑2793650 TACCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAG > 2:99056/1‑141TACCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCAGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGAAAAAAAAAAAAAAGGCTTTATCAGATTTAG < 4:65379/141‑1 ACCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGC < 1:763457/141‑1 ACCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGAAAAAAAAAAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGC < 2:585091/141‑1 CCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCT > 1:622601/1‑141 CCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCT > 1:804510/1‑141 CCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACCAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCT > 4:263499/1‑141 CCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTAAATAAAAATTTAACAACATTAATAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCT < 4:400334/141‑1 ACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGA < 1:584765/141‑1 ACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGA < 2:862006/141‑1 GTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTT > 1:17516/1‑141 TTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTT > 1:393656/1‑141 AGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGCTTTTTt > 1:601731/1‑140 AACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTacagt > 1:826351/1‑136 ATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTC > 1:904817/1‑141 AAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAA > 1:1036787/1‑141 AAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAAC > 2:552587/1‑141 GCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCGCACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAG < 4:432582/141‑1 CTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGC > 4:365148/1‑141 TGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCT < 2:108913/141‑1 TGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCT < 2:281550/141‑1 TGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCT < 1:811064/141‑1 ATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTAC > 2:649205/1‑141 TTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACAT < 2:514284/141‑1 TTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACAT < 4:292913/141‑1 TTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACATC < 1:826900/141‑1 TACCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2793613‑2793464‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gctgatttttATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACATC > USA300TCH1516_ALE/2793513‑2793650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |