New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2793464 = | 180 (1.290) | 3 (0.020) | 3/238 | NT | 1.8% | coding (2179/2982 nt) | yueB | ESX secretion system protein YueB |
? | USA300TCH1516_ALE | 2793513 = | 159 (1.230) | coding (2130/2982 nt) | yueB | ESX secretion system protein YueB | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
ATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACATCACT > USA300TCH1516_ALE/2793374‑2793653 | gaacagcgattaactaatgcgacagcaagtgtgaataaaaatttaccaacgttattaaatggttatgatcaagcggtaggattactaaatAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTtttat > 1:904817‑M1/91‑141 (MQ=255) aTTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTATCATCAGGCATTGTATGTTGTGAAAAATCATCTTAAGCTGGTAATTTC‑TTTTTCGTTTTTGGCTGATTtttat > 2:298965/1‑141 (MQ=255) tttGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTtttatt > 1:1058415/1‑141 (MQ=255) ttGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATAAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTtttattt > 1:12110/1‑141 (MQ=255) tGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTtttattta > 1:111676/1‑141 (MQ=255) gTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAg > 2:1076060/1‑141 (MQ=255) gCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCt < 1:924810/141‑1 (MQ=255) gCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCt < 1:409038/141‑1 (MQ=255) gCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCt < 2:1058415/141‑1 (MQ=255) catcatCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTa < 1:961070/141‑1 (MQ=255) tcatcTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTAcc > 4:410460/1‑141 (MQ=255) catcTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTAccc > 2:873327/1‑140 (MQ=255) tcTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCt < 2:141197/141‑1 (MQ=255) ttGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGa < 3:313966/141‑1 (MQ=255) tGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTTAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGAt > 2:37844/1‑141 (MQ=255) tGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTTTTTTGTGGTTGTTTTTTATTTAGTAATGCTACGGCTTGAt > 2:714009/1‑141 (MQ=255) cTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCAt < 2:629503/141‑1 (MQ=255) aTTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAAc < 3:124852/141‑1 (MQ=255) aTTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAAc > 1:747968/1‑141 (MQ=255) tttCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAAcc < 2:577721/141‑1 (MQ=255) ttCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCa < 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tCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTAt > 2:413463/1‑141 (MQ=255) taaTTTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTc > 2:594908/2‑141 (MQ=255) aaaTCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTc > 4:437592/1‑141 (MQ=255) aaaTCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTc > 3:136612/1‑141 (MQ=255) aaaTCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTc > 3:281256/1‑141 (MQ=255) aaTCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTca > 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1:888283/141‑1 (MQ=255) aTAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCCAACTGTGGTAAGTCATTgc > 2:776271/1‑141 (MQ=255) aTAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGATGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGATAATAGCTGTTCTAACTGTAGTAATTCAtgac > 2:1109674/1‑138 (MQ=255) tAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTgcg > 3:234126/1‑141 (MQ=255) aaGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGca > 2:483838/1‑141 (MQ=255) aGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGcac < 4:471003/141‑1 (MQ=255) gCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGcaca < 4:290250/141‑1 (MQ=255) cc‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACaa < 2:108298/141‑1 (MQ=255) c‑TTTTTCGCGTGTGTCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTATTAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACaaa < 2:25979/141‑1 (MQ=255) tttttCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAg < 1:68399/141‑1 (MQ=255) ttttCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGt > 1:670554/1‑141 (MQ=255) gCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTagca < 1:632480/141‑1 (MQ=255) gCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTagca > 4:234678/1‑141 (MQ=255) ggCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTa < 2:91200/141‑1 (MQ=255) ctgatttttATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGc > 4:365148‑M2/10‑141 (MQ=255) tgatttttATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCt < 2:108913‑M2/133‑1 (MQ=255) tgatttttATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCt < 1:811064‑M2/133‑1 (MQ=255) tgatttttATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCt < 2:281550‑M2/133‑1 (MQ=255) ttttATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACAt < 2:514284‑M2/137‑1 (MQ=255) tttATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACATc < 1:826900‑M2/138‑1 (MQ=255) | ATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCC‑TTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACATCACT > USA300TCH1516_ALE/2793374‑2793653 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |