New junction evidence | |||||||||||
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? | USA300TCH1516_ALE | 2793513 = | 159 (1.230) | coding (2130/2982 nt) | yueB | ESX secretion system protein YueB | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
TGCAATAATACCCGCTTGCTTTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCT > USA300TCH1516_ALE/2793324‑2793603 | tGCAATTATACCCGCTTGCTTTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCGTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTgaga < 4:193776/141‑1 (MQ=255) gCAATAATACCCGCTTGCTTTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGaa > 1:1001545/1‑141 (MQ=255) gCAATAATACCCGCTTGCTTTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGaa > 1:1139525/1‑141 (MQ=255) aataatACCCGCTTGCTTTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTAGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGaaaa > 3:370338/1‑141 (MQ=255) 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1:187892/1‑141 (MQ=255) gCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAg > 1:793225/1‑141 (MQ=255) cAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGt > 2:1148944/1‑141 (MQ=255) atttatttTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTa > 1:384796/1‑141 (MQ=255) atttTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCg < 1:103785/141‑1 (MQ=255) ttttGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGc < 1:967786/141‑1 (MQ=255) tGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGt < 2:280900/141‑1 (MQ=255) tGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGt < 1:873327/141‑1 (MQ=255) gagaAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGtt < 3:143003/141‑1 (MQ=255) gagaAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGtt < 1:1078072/141‑1 (MQ=255) agaAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCTCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTc > 4:381125/1‑141 (MQ=255) aAAAAAGCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCt > 1:601731‑M1/2‑141 (MQ=255) | TGCAATAATACCCGCTTGCTTTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCT > USA300TCH1516_ALE/2793324‑2793603 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |