New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2670076 | 147 (1.050) | 3 (0.020) | 3/234 | NT | 2.2% | intergenic (+13/+69) | yicL/lipR | putative inner membrane transporter YicL/Putative acetyl‑hydrolase LipR |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2670127 | 139 (1.100) | intergenic (+64/+18) | yicL/lipR | putative inner membrane transporter YicL/Putative acetyl‑hydrolase LipR | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
CCGTTATCGCAAGCAGTCTATGGTTACATGTGGCATTCAAACCATTTCAAATCGTAGGCATCATTCTTATTATGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATAATCACTTTAGCAAGTAACTATTATTTAACAACGTAGTTACCTTATAGGTGATATCAGAGTTTTTTATTTTAGTTAATAATATTTTTCACTTGGTATAAAAAGCGTCGTCGCTCTGGTATCGGAAATACTGGATAAATATG > USA300TCH1516_ALE/2669936‑2670216 | ccGTTATCGCAAGCAGTCTATGGTTACATGTGGCATTCAAACCATTTCAAATCGTAGGCATCATTCTTATTATGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATA > 2:182049‑M1/1‑141 (MQ=255) ccGTTATCGCAAGCAGTCTATGGTTACATGTGGCATTCAAACCATTTCAAATCGTAGGCATCATTCTTATTATGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATA > 2:654‑M1/1‑141 (MQ=255) cGTTATCGCAAGCAGTCTATGGTTACATGTGGCATTCAAACCATTTCAAATCGTAGGCATCATTCTTATTATGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACATGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATaa > 1:1141574/1‑141 (MQ=255) aGCAGTCTATGGTTACATGTGGCATTCAAACCATTTCAAATCGTAGGCATCATTCTTATTATGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATAATCACTTTAGc > 2:667226/1‑141 (MQ=255) cAGTCTATGGTTACATGTGGCATTCAAACCATTTCAAATCGTAGGCATCATTCTTATTATGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAATCATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATAATCACTTTAGCaa < 2:1072991/141‑1 (MQ=255) cTATGGTTACATGTGGCATTCAAACCATTTCAAATCGTAGGCATCATTCTTATTATGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATAATCACTTTAGCAAGTaa < 4:169638/141‑1 (MQ=255) cTATGGTTACATGTGGCATTCAAACCATTTCAAATCGTAGGCATCATTCTTATTATGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATAATCACTTTAGCAAGTaa < 2:1160243/141‑1 (MQ=255) ggTTACATGTGGCATTCAAACCATTTCAAATCGTAGGCATCATTCTTATTATGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATAATCACTTTAGCAAGTAACtat < 1:388071/141‑1 (MQ=255) ggTTACATGTGGCATTCAAACCATTTCAAATCGTAGGCATCATTCTTATTATGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATAATCACTTTAGCAAGTAACtat > 1:598310/1‑141 (MQ=255) aCATGTGGCATTCAAACCATTTCAAATCGTAGGCATCATTCTTATTATGATTTTAATTTTATTACTATCCCTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATAATCACCTTAGCAAGTAACTattatt > 4:396014/1‑141 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tCTTATTATGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATAATCACTTTAGCAAGTAACTATTATTTAACAACGTAGTTACCTTATAGGTGATATCAGAGttttt < 3:247250/141‑1 (MQ=255) cTTATTATGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATAATCACTTTAGCAAGTAACTATTATTTAACAACGTAGTTACCTTATAGGTGATATCAGAGtttttt < 1:1114517/141‑1 (MQ=255) tattatGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATAATCACTTTAGCAAGTAACTATTATTTAACAACGTAGTTACCTTATAGGTGATATCAGAGTTttttat > 2:206106/1‑141 (MQ=255) attatGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATAATCACTTTAGCAAGTAACTATTATTTAACAACGTAGTTACCTTATAGGTGATATCAGAGTTttttatt > 2:552979/1‑141 (MQ=255) attatGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATAATCACTTTAGCAAGTAACTATTATTTAACAACGTAGTTACCTTATAGGTGATATCAGAGTTttttatt > 2:517886/1‑141 (MQ=255) ttatGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATAATCACTTTAGCAAGTAACTATTATTTAACAACGTAGTTACCTTATAGGTGATATCAGAGTTttttattt < 4:209916/141‑1 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tatcacctataaggtaactacgttgttaaataatagttacttgctaaagtgattatcagagttttcttattcatctaatgtttcaggttgtcttttaagtgatagtaataaaattaaaatcataataagaatgatgcctac < 4:354832‑M1/141‑140 (MQ=255) tAATCACTTTAGCAAGTAACTATTATTTAACAACGTAGTTACCTTATAGGTGATATCAGAGTTTTTTATTTTAGTTAATAATATTTTTCACTTGGTATAAAAAGCGTCGTCGCTCTGGTATCGGAAATACTGGATAAatat < 1:95378/141‑1 (MQ=255) aaaTCACTTTAGCAAGTAACTATTATTTAACAACGTAGTTACCTTATAGGTGATATCAGAGTTTTTTATTTTAGTTAATAATATTTTTCACTTGGTATAAAAAGCGTCGTCGCTCTGGTATCGGAAATACTGGATAAatat < 2:487304/140‑1 (MQ=255) aaTCACTTTAGCAAGTAACTATTATTTAACAACGTAGTTACCTTATAGGTGATATCAGAGTTTTTTATTTTAGTTAATAATATTTTTCACTTGGTATCAAAAGCGTCGCCGCTTTGGTAGCGGAAATACTGGATAAATATg < 2:53855/141‑1 (MQ=255) aaTCACTTTAGCAAGTAACTATTATTTAACAACGTAGTTACCTTATAGGTGATATCAGAGTTTTTTATTTTAGTTAATAATATTTTTCACTTGGTATAAAAAGCGTCGTCGCTCTGGTATCGGAAATACTGGATAAATATg < 1:481837/141‑1 (MQ=255) | CCGTTATCGCAAGCAGTCTATGGTTACATGTGGCATTCAAACCATTTCAAATCGTAGGCATCATTCTTATTATGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCTGAAACATTAGATGAATAAGAAAACTCTGATAATCACTTTAGCAAGTAACTATTATTTAACAACGTAGTTACCTTATAGGTGATATCAGAGTTTTTTATTTTAGTTAATAATATTTTTCACTTGGTATAAAAAGCGTCGTCGCTCTGGTATCGGAAATACTGGATAAATATG > USA300TCH1516_ALE/2669936‑2670216 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |