New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2679992 = | 127 (0.910) | 4 (0.030) | 4/228 | NT | 3.3% | intergenic (+44/+716) | ssaA2_4/USA300HOU_RS13810 | Staphylococcal secretory antigen ssaA2/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2681425 = | 121 (0.980) | intergenic (‑460/+119) | USA300HOU_RS13810/mvaA | hypothetical protein/3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
TATTAAAGTTTCAGAATACAACTTTTATCGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAA > USA300TCH1516_ALE/2679852‑2680131 | aTTAAAGTTTCAGAATACAACTTTTATCGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCgtgt < 2:670604/141‑1 (MQ=255) tAAAGTTTCAGAATACAACTTTTATCGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGa < 2:1131040/141‑1 (MQ=255) tAAAGTTTAAGAATACAACTTATAGCGCACATTAAAATACAATACACGTGTACCAAGTAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATAAAAAAAAAAAAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGa < 2:1130861/141‑1 (MQ=25) aattagacaacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcGTGATa > 1:99220‑M1/136‑141 (MQ=255) aattagacaacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcGTGATa > 4:381539‑M1/136‑141 (MQ=255) aattagacaacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcGTGATa > 3:394544‑M1/136‑141 (MQ=255) attagacaacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcGTGATAg > 2:12221‑M1/135‑141 (MQ=255) attagacaacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcGTGATAg > 1:192657‑M1/135‑141 (MQ=255) ttagacaacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcGTGATAGa > 3:273800‑M1/134‑141 (MQ=255) ttagacaacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcGTGATAGa < 1:1102541‑M1/8‑1 (MQ=255) tagacaacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcGTGATAGaa > 1:551198‑M1/133‑141 (MQ=255) agacaacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcGTGATAGAAg < 4:327334‑M1/10‑1 (MQ=255) tCAGAATACAACTTTTATCGCACATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGt < 2:579576/141‑1 (MQ=255) gacaacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcgtacaggaaattgaagcgttcGTGATAGAAg < 3:382346‑M1/10‑1 (MQ=255) gacaacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcgtacaggaaattgaagcgttcGTGATAGAAg > 4:382346‑M1/131‑140 (MQ=255) gacaacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcGTGATAGAAGt < 3:475248‑M1/11‑1 (MQ=255) gacaacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcGTGATAGAAGt > 1:744934‑M1/131‑141 (MQ=255) cAGAATACAACTTTTATCGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGtt < 3:277832/141‑1 (MQ=255) acaacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcGTGATAGAAGtt > 1:754182‑M1/130‑141 (MQ=255) acaacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcatacaggaaattgaagagatcGGGATAGAAGtt < 1:949775‑M1/12‑1 (MQ=255) caacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcGTGATAGAAGttt > 3:78201‑M1/129‑141 (MQ=255) aGAATACAACTTTTATCGCCCATTAAAATACAATACATGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTTACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGttt < 1:246133/141‑1 (MQ=255) aGAATACAACTTTTATCGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGttt < 1:246053/141‑1 (MQ=255) aacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtccatcgtagcgcttagataaattaatatgaacaaaaataaaaacttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcGTGATAGAAGtttt > 4:47797‑M1/128‑141 (MQ=255) aacaatagtaaatggcgaatagcgattttaaagaaaagtttaagtcagtacatcgtaacacttaggtaaattaatattagcaaaaataaaaacttctatcacacgcatacangaaattgaagcgntcGTGATAGAAGtttt > 1:1129582‑M1/128‑141 (MQ=255) aaTACAACTTTTATCGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGttttt < 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cccATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATAGTTACTAATCAAAGAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTATATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAactatt > 4:433255/1‑140 (MQ=255) ccATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAattatat > 1:435694/1‑141 (MQ=255) ccATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAataatat > 2:196429/1‑141 (MQ=255) ttAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAattatattat < 1:799108/141‑1 (MQ=255) tAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATattatt > 4:217625/1‑141 (MQ=255) aaaaTACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATGAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATAttatta < 2:931218/141‑1 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1:974986/1‑141 (MQ=255) aTCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATc < 1:82138/141‑1 (MQ=255) cACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCta > 1:681479/1‑141 (MQ=255) aCGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCtat > 3:176202/1‑141 (MQ=255) gAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTTTTTTATGAATTTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCtatat > 2:419008/1‑141 (MQ=255) gAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGAAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCtatat > 3:108803/1‑141 (MQ=255) aCGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCtatatat < 1:290431/141‑1 (MQ=255) cAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAAtt > 2:267413/1‑141 (MQ=255) tttCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTa > 2:162944/1‑141 (MQ=255) cTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAACATTTTATGCt > 2:754293/1‑141 (MQ=255) cTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCt > 3:176559/1‑141 (MQ=255) cTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCt > 1:827566/1‑141 (MQ=255) cTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCt > 4:331891/1‑141 (MQ=255) cTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCt > 2:396338/1‑141 (MQ=255) cTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCt > 3:263943/1‑141 (MQ=255) gCGTGTGATGGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTattatt > 1:1049501/1‑141 (MQ=255) gCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTattatt < 1:1040269/141‑1 (MQ=255) tgtgATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTaa > 1:554476/1‑141 (MQ=255) | TATTAAAGTTTCAGAATACAACTTTTATCGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAA > USA300TCH1516_ALE/2679852‑2680131 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |