| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2850830 | 140 (1.000) | 4 (0.030) | 4/230 | NT | 3.0% | intergenic (+29/+90) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2850851 | 137 (1.100) | intergenic (+50/+69) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
CCCGATACACCATCTATGCCATTAGAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACAAATGTATAAATAATAAA > USA300TCH1516_ALE/2850691‑2850970 | cccGATACACCATCTATGCCATTAGAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAt < 2:196757/141‑1 (MQ=255)cccGATACACCATCTATGCCATTAGAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCAACCTAAt > 2:641596/1‑141 (MQ=255) acacCATCTATGCCATTAGAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTa < 1:1185987/141‑1 (MQ=255) acacCATCTATGCCATTAGAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTa > 1:440150/1‑141 (MQ=255) cacCATCTATGCCATTAGAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAg < 3:326690/141‑1 (MQ=255) ccATCTATGCCATTAGAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGtt < 1:1049712/141‑1 (MQ=255) ccATCTATGCCATTAGAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGAAACGATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGtt < 1:611829/141‑1 (MQ=255) tATGCCATTAGAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGt < 3:165512/141‑1 (MQ=255) tATGCCATTAGAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGt < 1:479411/141‑1 (MQ=255) aTGCCATTAGAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTc < 4:65340/141‑1 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> 2:723226‑M2/1‑133 (MQ=255) gATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgc < 2:358638‑M1/141‑31 (MQ=255) aTAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgct < 1:715986‑M2/141‑11 (MQ=255) aTAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgct < 4:332178‑M2/141‑11 (MQ=255) aGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttt > 1:1084288‑M2/1‑129 (MQ=255) gTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgctttt < 1:167513‑M2/141‑14 (MQ=255) gTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgctttt < 1:886247‑M2/141‑14 (MQ=255) ttGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttttg < 3:283122‑M2/141‑15 (MQ=255) tGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTgg < 1:412659/141‑1 (MQ=255) gtcaaaccTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatga > 2:878386/8‑141 (MQ=255) ggTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTGCACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTGGgatgg > 2:922173/1‑140 (MQ=255) tgccTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGCATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTgg < 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aTTGAAGATATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCTCCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGtttt < 2:849027/141‑1 (MQ=255) ttGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTa > 4:497974/1‑141 (MQ=255) gAAGCTATTTCTAATGANNAGGATTTACNCCTANCCCNGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACt > 1:1043719/1‑141 (MQ=255) aGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACtat > 1:450859/1‑141 (MQ=255) aGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACtat > 4:42932/1‑141 (MQ=255) gCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACtata < 3:10/141‑1 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3:265789/141‑1 (MQ=255) tGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAAtt > 2:938721/1‑141 (MQ=255) cacaAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTa > 4:484050/1‑141 (MQ=255) caaacaaaAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtata < 1:266717/66‑1 (MQ=255) caaacaaaAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtata > 2:266717/1‑66 (MQ=255) caaacaaaAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTaaaa < 1:1061361/135‑1 (MQ=255) caaacaaaAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTaaaa > 2:1061361/1‑135 (MQ=255) caaacaaaAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACa > 1:827783/1‑141 (MQ=255) caaacaaaAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACa < 1:474152/141‑1 (MQ=255) caaaAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACAAATg > 1:813503/1‑141 (MQ=255) aaGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtaaatcctcatcattagaaatagcttcaatggctgcagtcaaacctgcaacta > 4:278266‑M1/1‑11 (MQ=255) aaGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACAAATGtat > 2:579061/1‑141 (MQ=255) atcgccctaaagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtatttcctcatcattagaaatagcttcaatggctgcagtcgaagctgcaactat < 2:838070‑M1/137‑132 (MQ=255) aGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtaaatcctcatcattagaaatagcttcaatggctgcagtcaaacctgcaactat < 2:310207‑M1/141‑132 (MQ=255) cACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtaaatcctcatcattagaaatagcttcaatggctgcagtcaaacctgcaactatct < 4:265789‑M1/141‑134 (MQ=255) cACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtaaatcctcatcattagaaatagcttcaatggctgcagtcaaacctgcaactatct < 1:375739‑M1/141‑134 (MQ=255) cACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtaaatcctcatcattagaaatagcttcaatggctgcagtcaaacctgcaactatct < 2:438296‑M1/141‑134 (MQ=255) cACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtaaatcctcatcattagaaatagcttcaatggctgcagtaaaacctgcaactttct < 2:953739‑M1/141‑134 (MQ=255) aCCCTAAagtttgacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtaaatcctcatcattagaaatagcttcaatggctgcagtcaaacctgcaactatctt > 2:1171962‑M1/1‑7 (MQ=255) cccTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACAAATGTataaata > 1:192950/1‑141 (MQ=255) aaTTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgta > 1:194419‑M2/1‑23 (MQ=255) aagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtaaatcctcatcattagaaatagcttcaatggctgcagtcaaacctgcaactatcttttctaa < 1:794016‑M1/141‑141 (MQ=255) aagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtaaatcctcatcattagaaatagcttcaatggctgcagtcaaacctgcaactatcttttctaa < 1:196289‑M1/141‑141 (MQ=255) | CCCGATACACCATCTATGCCATTAGAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACAAATGTATAAATAATAAA > USA300TCH1516_ALE/2850691‑2850970 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |