New junction evidence | |||||||||||
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? | USA300TCH1516_ALE | = 2850851 | 137 (1.100) | intergenic (+50/+69) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
ATTAGAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACAAATGTATAAATAATAAATGCTATATTTAGAATGATG > USA300TCH1516_ALE/2850711‑2850989 | aTTAGAAAAGATAGTTNCAGGTTTGACTGNAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACt > 1:1137491/1‑141 (MQ=255) ttAGAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTt < 1:794016‑M2/141‑2 (MQ=255) gAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGTAGCCATTGAAGCTAGTTCTAATGATGATGATTTACACCTAGCCCTGGGCACCACGGCATAGTTATTAGTGCACACACAAAAGCACCCTGACTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAg < 4:493657/141‑1 (MQ=255) aGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtg < 2:953732‑M2/141‑9 (MQ=255) 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> 2:1136057/1‑141 (MQ=255) tttCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatga > 2:510265/1‑141 (MQ=255) tttCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatga < 3:301544/141‑1 (MQ=255) ttCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat < 1:1019971/141‑1 (MQ=255) tCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgatg < 1:136411/141‑1 (MQ=255) cTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGt > 2:706266/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACAAATGTATAAATAATAAATGCTATATTTa < 1:464315/141‑1 (MQ=255) aGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACAAATGTATAAATAATAAATGCTATATTTAGa < 1:1085717/141‑1 (MQ=255) gTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACAAATGTATAAATAATAAATGCTATATTTAGaa > 2:486156/1‑141 (MQ=255) aaCTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACAAATGTATAAATAATAAATGCTATATTTAGAatgat > 2:393179/1‑141 (MQ=255) | ATTAGAAAAGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACAAATGTATAAATAATAAATGCTATATTTAGAATGATG > USA300TCH1516_ALE/2850711‑2850989 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |