New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | = 2600882 | 92 (1.450) | intergenic (‑294/+573) | dapF/USA300HOU_RS13395 | Diaminopimelate epimerase/hypothetical protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GTAGGTAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGTAATTTTTTAGAAG‑CTGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAACC‑CGCAAAGTGGAAAGCATGACTTAGTAATCGGTTGTTGTATCAAAATGCAACCGTAAACCTTATTTAAAGTTGCTTCTTGTGGCTCTACAAGCGAATGCAGTTGTCCGTTAACTACATTCACTTAGATGCTTTTAC > USA300TCH1516_ALE/2600727‑2601005 | gtagGTAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGTAATTGGTTAGGAT‑CTGAACGTAATCGCGAAATCTATTAGGTAAGTCATGCTa > 1:317098/1‑141 (MQ=21) ggtggTAATTCATACTTGTTCCCAAAAGTCAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGTAATTTTTTAGAAG‑CTTAACCTAATAGCTCTATCTATTCGGTGAGTCATGCTa < 2:567199/138‑1 (MQ=17) tAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGTAATTTTTTAGAAG‑CTGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAAcc‑cc > 1:393034/1‑140 (MQ=255) tAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGTAATTTTTTAGAAG‑CTGAACCTAATAGCTCTATCCATTAGGTAAGTCCTGCTAACC‑Cg > 1:99517/1‑141 (MQ=255) tAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGT‑ACTCCAAAGATGCCATAACCTACTAGCTGTATCATTTAGGTAAGTCATGCTAACC‑Cg > 1:819200/1‑141 (MQ=21) aGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGTAATTTTTTAGAAG‑CTGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAACC‑CGCa > 1:674771/1‑141 (MQ=255) gTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGTACTTTTTTAGAAG‑CTGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAACC‑CGCaa < 1:786298/141‑1 (MQ=255) gTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGTAATTTTTTAGAAG‑CTGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAACC‑CGCaa > 1:138387/1‑141 (MQ=255) tCATGCTAATTCGCAAGAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTGTTCCTCTAAAACTGTAATTTTTTAGAAG‑CTGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAACC‑CGCaaa > 1:415070/1‑141 (MQ=255) tCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGTAATTTTTTAGAAG‑CTGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAACC‑CGCaaa < 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1:612600/1‑141 (MQ=255) tatTAGGTAAGTCATGCTAACC‑CGCAAAGTGGAAAGCATGACTTAGTAATCGGTTGTTGTATCAAAATGCAACCGTAAACCTTATTTAAAGTTGCTTCTTGTGGGTCTACAAGCGAATGCAGGTGTCCGTTAACTACATTc > 2:23643/1‑141 (MQ=255) atTAGGTAAGTCATGCTAACC‑CGCAAAGTGGAAAGCATGACTTAGTCATCGGTTGTTGTATCAAAATGCAACCGTAAACCTTATTTAAAGTTGCTTCTTGTGGCTCTACAAGCGAATGCAGTTGTACGTTAACTACATTCa > 2:1707/1‑141 (MQ=255) gTAAGTCATGCTAACC‑CGCAAAGTGGAAAGCATGACTTAGTAATCGGTTGTTGTATCAAAATGCAACCGTAAACCTTATTTAAAGTTGCTTCTTGTGGCTCTACAAGCGAATGCAGTTGTCCGTTAACTACATTCACTTAg < 2:400646/141‑1 (MQ=255) aGTCATGCTttccactttgcgggttagcatgacttacctaatagatagagctattaggttcagcttctaaaaaattacagttttagaggaatacagttgcttgcttcgcaacaactgcataagagccatggttttcgcttt < 2:62130‑M1/141‑133 (MQ=255) aGTCATGCTAACC‑CGCAAAGTGGAAAGCATGACTTAGTAATCGGTTGTTGTATCAAAATGCAACCGTAAACCTTATTTAAAGTTGCTTCTTGTGGCTCTACAAGCGAATGCAGTTGTCCGTTAACTACATTCACTTAGATg > 1:70010/1‑141 (MQ=255) 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2:376571/141‑1 (MQ=255) tGCTAACC‑CGCAAAGTGGAAAGCATGACTTAGTAATCGGTTGTTGTATCAAAATGCAACCGTAAACCTTATTTAAAGTTGCTTCTTGTGGCTCTACAAGCGAATGCAGTTGTCCGTTAACTACATTCACTTAGATGCtttt > 1:87805/1‑141 (MQ=255) tGCTAACC‑CGCAAAGTGGAAAGCATGACTTAGTAATCGGTTGTTGTATCAAAATGCAACCGTAAACCTTATTTAAAGTTGCTTCTTGTGGCTCTACAAGCGAATGCAGTTGTCCGTTAACTACATTCACTTAGATGCtttt > 1:482894/1‑141 (MQ=255) tGCTAACC‑CGCAAAGTGGAAAGCATGACTTAGTAATCGGTTGTTGTATCAAAATGCAACCGTAAACCTTATTTAAAGTTGCTTCTTGTGGCTCTACAAGCGAATGCAATGGTTTTTTAACGACATTCACTTAGATGCtttt < 1:405597/141‑1 (MQ=255) gCTttccactttgcgggttagcatgacttacctaatggatagagcttttaggttcagcttctaaaaaattacagttttcgaggaatacaggtgcttgcttagcaacaactgcataagagccagtgttttctctgttgcgat > 2:211291‑M1/1‑3 (MQ=255) gCTttccactttgcgggttagcatgacttacctaatagatagagctattaggttcagcttctaaaaaattacagttttagaggaatacagttgcttgcttcgcaacatctgcataagagccatggttttcgcttttgcgaa < 2:552330‑M1/141‑139 (MQ=255) gCTAACC‑CGCAAAGTGGAAAGCATGACTTAGTAATCGGTTGTTGTATCAAAATGCAACCGTAAACCTTATTTAAAGTTGCTTCTTGTGGCTCTACAAGCGAATGCAGTTGTCCGTTAACTACATTCACTTAGATGCTTTTa < 1:510538/141‑1 (MQ=255) gCTAACC‑CGCAAAGTGGAAAGCATGACTTAGTAATCGGTTGTTGTATCAAAATGCAACCGTAAACCTTATTTAAAGTTGCTTCTTGTGGCTCTACAAGCGAATGCAGTTGTCCGTTAACTACATTCACTTAGATGAttttt > 2:26381/1‑140 (MQ=255) cTttccactttgcgggttagcatgacttacctaatagatagagctattaggttcagcttctaaaaaattacagttttagaggaatacagttgcttgcttcgcaacaactgcataagagccatggttttcgcttttgcgaat < 1:755140‑M1/141‑140 (MQ=255) cTttccactttgcgggttagcatgacttacctaatagatagagctattaggttcagcttctaaaaaattacagttttagaggaatacagttgcttgcttcgcaacaactgcataagagccatggttttcgcttttgcgaat > 1:707507‑M1/1‑2 (MQ=255) cTAACC‑CGCAAAGTGGAAAGCATGACTTAGTAATCGGTTGTTGTATCAAAATGCAACCGTAAACCTTATTTAAAGTTGCTTCTTGTGGCTCTACAAGCGAATGCAGTTGTCCGTTAACTACATTCACTTAGATGCTTTTAc < 1:625528/141‑1 (MQ=255) cTAACC‑CGCAAAGTGGAAAGCATGACTTAGTAATCGGTTGTTGTATCAAAATGCAACCGTAAACCTTATTTAAAGTTGCTTCTTGTGGCTCTACAAGCGAATGCAGTTGTCCGTTAACTACATTCACTTAGATGCTTTTAc > 2:557649/1‑141 (MQ=255) tttccactttgcgggttagcatgacttacctaatagatagagctattaggttcagcttctaaaaaattacagttttagaggaatacagttgcttgcttcgcaacaactgcataagagccatggttttcgcttttgcgaatt < 2:148684‑M1/141‑141 (MQ=255) | GTAGGTAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGTAATTTTTTAGAAG‑CTGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAACC‑CGCAAAGTGGAAAGCATGACTTAGTAATCGGTTGTTGTATCAAAATGCAACCGTAAACCTTATTTAAAGTTGCTTCTTGTGGCTCTACAAGCGAATGCAGTTGTCCGTTAACTACATTCACTTAGATGCTTTTAC > USA300TCH1516_ALE/2600727‑2601005 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |