| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 77 (1.210) | 43 (0.980) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
33/180 | NT | 44.7% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
TACTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATTAACATTTAAGTCAATAACTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/512758‑512620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAA > USA300TCH1516_ALE/1998278‑1998406 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TACTAAAGAATGTTTGTGAGTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTGGACATATTGTGATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGGATTAATTATACATTTTATCAACAATTAAGGCAATACCTTGTTTT < 2:26426/141‑1 TAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATC < 1:75579/141‑1 TAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATC < 1:290482/141‑1 AAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCT > 1:557142/1‑141 AAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCT > 1:281918/1‑141 ttattTTTGTAACTTAAACCTATTGTTTTTGTAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTCACCGACAATAATTTATTTTACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGT < 2:309902/136‑1 atatattTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCC < 1:9798/134‑1 AACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TT < 2:170352/141‑1 TATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTGATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTT > 1:615485/1‑141 GTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACC > 2:64525/1‑141 GTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATATTCTCCTATTTA‑TTTTTTTACt > 2:309254/1‑140 ACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAA < 2:261594/141‑1 CGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATCTTTCCTACCGACAACCATCATTCATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAA > 1:775941/1‑141 TTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGA > 1:239119/1‑141 TTGGAATTAACGTGGACATATTGTCATTCGGGTTTCAATGTTCATTTGTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAAACTGAT > 1:348039/1‑141 TGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT < 1:643280/141‑1 TGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT < 1:244762/141‑1 gatATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTG < 1:455711/138‑1 CATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGC < 2:660262/141‑1 ATACTGTGATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATATATTTTATCAACATTTAAGGCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTGTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCA < 2:163329/141‑1 TATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAA > 1:176649/1‑141 ATTGTCATGCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACCCCCTGGCAAC < 2:98778/141‑1 TTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATATTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACTAAAATTTGATTAAAAAACTTCCTGGCAACt > 2:472259/1‑140 TCATTCAGTTTTCAATGTTTTTTTGGCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTC < 2:43439/141‑1 AGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAATTCAATAACTTTTTTTATCTTGTGCATTTTA‑TTTTTTAACTAAATTTTGATTAAAAAACTGCTTGGTAACGTTCTGCTCT > 2:388090/1‑141 AGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAATCAAAATTTGATTAAAAAACTGCATGGTAACGTTCTACTCT > 2:389563/1‑141 AGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGCTTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCT > 1:20167/1‑141 TCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCCACGTTCTCCTCTAGCGG > 1:264567/1‑141 TTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTT < 1:151130/141‑1 TCTTACCCACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGAC < 2:444856/141‑1 CTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACT > 1:288041/1‑141 CTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACT < 1:163352/141‑1 TACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAC < 1:31476/141‑1 ACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACC < 1:64525/141‑1 CCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCA > 1:345610/1‑141 ACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCG < 2:742628/141‑1 GAATGAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGC < 2:453420/141‑1 ATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAAACAAAATTTGATTAAAAAACTTCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGTAACGTAAGTTCGTCTACCATCTCCTCTAAGGA > 2:708134/1‑141 TATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTACGTTCGACTACTATCGACACTAAGGCGC > 1:67716/1‑141 TATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGC < 2:318866/141‑1 TATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGC < 2:318879/141‑1 TACATTTTATCATCATGTAAGTCAATAACTTTTTTTAGCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTT < 2:259549/141‑1 TTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACT < 1:135051/141‑1 TTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTCACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTT > 2:397889/1‑141 TTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTT < 1:143289/141‑1 TTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTC < 2:620734/141‑1 TATCAACATTTAAGTCAAGAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTGGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTC < 2:127203/141‑1 atcAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTG > 1:678242/4‑141 atcAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTG > 1:274486/4‑141 atcAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTG < 2:281918/138‑1 tcAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGT < 1:197192/139‑1 tcAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGT < 1:430772/139‑1 TAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCA < 1:522165/141‑1 TAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACA < 2:775941/141‑1 ACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGG < 1:388090/141‑1 ACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGG < 1:389563/141‑1 CTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGT < 2:494369/141‑1 CTTTTTTTATCTTCTCCATTTTA‑TCTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGT < 1:293700/141‑1 taTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAAGCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACTATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGACTGTGAACCGGTt > 2:769125/3‑140 TTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGTACGTAAGTTCGACTACCATCCACGCTATGGAGCTTACCTTCTTTGTTCGTCATGGGCACAGGTt > 2:528322/1‑140 TTTTTTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTG < 2:239119/141‑1 TTTTTTTATCATGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAGATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTGCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTG < 2:486972/141‑1 TTTTTTATCGTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGT < 1:541451/141‑1 tgTTATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACCGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGGAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGA < 1:162817/139‑1 TTTTCTATTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCGAAATGTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGA < 1:295027/141‑1 ATCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGTAGCTTAACTTCTGTGTTCTTCATGTGAACAGGTGTGACCTC > 2:444156/1‑141 TCTTGTCCATTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCC > 1:507381/1‑141 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TTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAG < 1:697144/141‑1 TTTTA‑TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACACTAAGGATCTCAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTTCTATAt > 2:27007/1‑140 TTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAG > 1:221121/1‑141 TTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGGTATAGTCACCAGA > 1:311736/1‑141 TTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCCTAACTTCTGTGTTCGGCCTGGGCACAGGTGTGACCAGCTTTCTCTCGTAACCAGAC > 2:483761/1‑141 TTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCCAAACTTAAGTTCGACGACCATCGACTCTAATGAGCTTAACTTCGTTGTTCGCCATGGAAACAGGTGTGACCTCCTTGCTAGAGTCACCAGAC < 1:323002/141‑1 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USA300TCH1516_ALE/512758‑512620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAA > USA300TCH1516_ALE/1998278‑1998406 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |