| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 77 (1.210) | 43 (0.980) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
33/180 | NT | 44.7% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGA‑ACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT > USA300TCH1516_ALE/512480‑512759 | aGGGCGTTGAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTATTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGACAAAAAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTa < 2:502307/141‑1 (MQ=255) tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcacatttcggttaaaaaataaaatggacaatagaaaa < 1:295027‑M1/2‑1 (MQ=255) gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAAGAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa > 1:542586/1‑141 (MQ=255) acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacacgataaaaaa < 1:541451‑M1/4‑1 (MQ=255) 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1:107724/1‑141 (MQ=255) cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGA‑ACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa > 2:611210/1‑141 (MQ=255) ggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGA‑ACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTataagttaaatatat < 1:9798‑M1/130‑8 (MQ=255) attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAACTGAGTCAACG‑ATACGAAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta > 1:774996/1‑141 (MQ=21) acaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAAAATAAATTATTGTCGGTGAGAAAAATGA‑ACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTACAAAAACAATAGGTTTAAgttacaaaaataa < 2:309902‑M1/132‑6 (MQ=255) agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGA‑ACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt > 1:281918‑M1/7‑141 (MQ=255) 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2:469213/141‑1 (MQ=255) tAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGA‑ACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACACTATTTAGGAt > 1:688484/1‑141 (MQ=255) tAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAAGTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGA‑ACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt < 2:389894/141‑1 (MQ=255) | AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGA‑ACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT > USA300TCH1516_ALE/512480‑512759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |