| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 77 (1.210) | 43 (0.980) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
33/180 | NT | 44.7% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
GATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998141‑1998418 | gATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaaaa > 1:602246/1‑141 (MQ=38) ttACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACt > 1:224062/1‑141 (MQ=40) aaGTCAGTTGCTCAACAAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACAGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAAGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAATTAAAACTGcac > 2:144358/1‑139 (MQ=14) tCAGTTGCTCTACTAATTGAACGAGGACGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGc < 2:109559/141‑1 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGc > 1:406544/1‑141 (MQ=255) gTTGCTCTACCAGTTGGGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTACGATTTAAATCTGCCTGGCAAc < 2:481506/141‑1 (MQ=255) tggcgctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACg < 2:444629/136‑1 (MQ=255) gCTCTAGCAATTCAGCTATTCCTGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGtt < 2:231267/141‑1 (MQ=17) gCTCTACCAATTGAGGTACGCCTGCAACATGTAAAAATAGATAGTGAAGTTTTACTTTTGCTAACCGCCGACCCTCTTCTTGTAAGTCAGATCCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCTATTTAAAACTGCCTGGCAACGtt < 1:771934/141‑1 (MQ=12) ctctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTc < 1:619027/141‑1 (MQ=255) aaTTGGGCTAGGCCGGCAAGATGTAAGAATAGATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTACATCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTa < 2:725690/141‑1 (MQ=14) aGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGAGCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCTATGTAAAACTGCCTGCCACCGTTCTACTCTAGCgaa > 2:565453/1‑139 (MQ=17) gCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAACTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGGAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGaa < 1:432989/141‑1 (MQ=255) tatgCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGGCGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCAGAGCTAATTCCCCGACTTAAAACTACCTAGCAAGCGTCTACTCTAGCTGAACg > 2:712565/4‑141 (MQ=17) ctggCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAg < 1:410079/139‑1 (MQ=255) gCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTc > 1:249668/1‑141 (MQ=255) gCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTc > 1:242171/1‑141 (MQ=255) gCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTc > 2:58950/1‑141 (MQ=255) tatGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACt > 1:18925/1‑141 (MQ=255) tatGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACt > 1:408901/1‑141 (MQ=255) tatGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACt > 1:39665/1‑141 (MQ=255) atGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGACCGTAAGTTCGACTa > 1:464741/1‑141 (MQ=255) aGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACCCTAGCGTATCGTGAGTTCGACTACCATc > 1:293426/1‑141 (MQ=255) aaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGc < 2:643659/141‑1 (MQ=255) aaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCt > 1:755274/1‑141 (MQ=255) ggtggAGAAGCACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAg < 1:328885/141‑1 (MQ=255) gggAGAAGGGCGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCTGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGa < 2:639591/140‑1 (MQ=255) gagaATTACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGATCTCCCAGCTGAGATAATTCTCCACTTTAAAACTGCCTTGCAACGTTCTACTCTATCGAAACGTAATTTCTACTACCATGTACGCTAAgaacc > 2:781902/1‑137 (MQ=14) agaATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCt < 2:224062/141‑1 (MQ=255) gACGGGGTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTCTACCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACt < 2:51241/141‑1 (MQ=255) ggTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtg < 1:395195/141‑1 (MQ=255) ttCGACCCTCTGACCCTCTGCTTGTAAGGCGTATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAATACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtgtg < 2:39060/141‑1 (MQ=14) cGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGtt > 1:651250/1‑141 (MQ=255) gAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTc > 2:371434/1‑141 (MQ=255) cccgccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCgg < 1:644091/140‑1 (MQ=255) ggccgGCCCTTTGTTTGTAAGGCAGATGCTCTTCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCa < 2:280925/140‑1 (MQ=255) gccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCAt > 1:353099/1‑141 (MQ=255) gccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCCAATACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCAt > 2:587642/1‑141 (MQ=255) tGCTTTTAAGGTAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTTCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGCACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt < 2:183265/141‑1 (MQ=255) ggctgctAAGGCAGATGTTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGATTACCATCGACGCTAAGGAGCTCAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt < 2:485283/135‑1 (MQ=14) tGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACGGGTGTGa < 1:232878/141‑1 (MQ=255) tGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCAGGCTACTTTCTACTCTCGCGGCACGTTAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 1:611482/141‑1 (MQ=14) tGTAAGGCAGAGGCTCTCCCAGCTGAGCCAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTATGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 1:45631/141‑1 (MQ=255) cAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCtt > 2:10563/1‑141 (MQ=255) cAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCCTGACGTCCGTGTTCGGCATGGGAACAGATGTGACCTCCtt > 2:717709/1‑141 (MQ=17) aTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCt > 2:443537/1‑141 (MQ=255) aTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCt > 2:212384/1‑141 (MQ=255) tGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTCCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCta > 1:416925/1‑141 (MQ=255) tctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg > 2:687744/1‑141 (MQ=255) ctcCTATCTGAGCTAATTTTCCGTTTTAAAACTGTCTGGAAGCGGTTGATTCTAGCGGAAAGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGt < 2:755274/141‑1 (MQ=14) ctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGt > 1:558998/1‑141 (MQ=255) ctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGt > 1:372858/1‑141 (MQ=255) gcccGGCTGAGCTAATTCTCCGAGTTAAGACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACGACCATCGACGCTACGGAGCTTCACGTCTGTGTGCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTc < 2:57114/140‑1 (MQ=14) ccAGCTGAGCTAATTCTCTGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTTTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAc < 2:602246/141‑1 (MQ=255) tAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 1:500721/141‑1 (MQ=255) tAATTCTCCGATCTAAACCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 1:690799/141‑1 (MQ=255) tcCGATTTAATACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTa < 1:121709/141‑1 (MQ=38) tAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTGAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGCCATAGTAACAGTTGTGACCTCCTTGCTATCGTCACCAGACCTATGAACGTAATCtata > 2:470903/1‑141 (MQ=11) aaaaCTGCCTGGCAACGTTGTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAc < 2:176649/141‑1 (MQ=18) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtataa > 1:596331/1‑140 (MQ=18) | GATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998141‑1998418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |