| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 704277 = | 52 (1.110) | 6 (0.130) | 6/264 | 5.8 | 10.4% | intergenic (+27/+1133) | nhaK/psaA | possible CPA1 family monovalent cation (K+ or Na+):proton (H+) antiporter‑1/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| ? | CP000730 | 2290693 = | NA (NA) | intergenic (‑107/‑119) | arg/USA300HOU_2155 | arginase/transposase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGTCGCATTTTACGTGAGTTGATTGATACAGATGAAGTATCAGAAGGTACAGCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATAAGTTTTAAAAATTGGAGGAGATAGATTAAGCGAAGT > CP000730/704137‑704415 | cGTCGCATTTTACGTGAGTTGATTGATACAGATGAAGTATCAGAAGGTACAGCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATtgat > 2:358739/1‑141 (MQ=255) gCATTTTACGTGAGTTGATTGATACAGCTGAAGTATCAGAAGGTACAGCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAACAGGGATTGATGaaa < 2:235173/141‑1 (MQ=255) tGAGTTGATTGATACAGATGAAGTATCAGAAGGTACAGCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGaaaagcccttcag < 2:139011/141‑10 (MQ=255) aGTTGATTGATACAGATGAAGTATCAGAAGGTACAGCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGaaaagcccttcagtt < 1:188433/141‑12 (MQ=255) gattgatACAGATGAAGTATCAGAAGGTACAGCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTtc > 2:4050/1‑141 (MQ=255) attgatACAGATGAAGTATCAGAAGGTACAGCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGTAGAGCAGGTTATGGGAAATAGTATGACGGAGTTTCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTtca > 1:418962/1‑141 (MQ=255) ttgatACAGATGAAGTATCAGAAGGTACAGCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGCTTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTtcat > 1:198719/1‑141 (MQ=255) tACAGATGAAGTATCAGAAGGTACAGCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAAt > 2:137098/1‑141 (MQ=255) tACAGATGAAGTATCAGAAGGTACAGCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAAt < 2:174307/141‑1 (MQ=255) aTCACAAGGTACAGCGTTAAAACTAAGAGCAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGCTCCTAATTATACTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCttttatttt > 2:483024/1‑141 (MQ=255) tCAGAAGGTACAGCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCttttatttta > 1:470265/1‑141 (MQ=255) aaGGTACAGCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAgggg > 1:341249/1‑141 (MQ=255) aGCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGAGGAAATGGGTATGGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGaa > 2:327434/1‑141 (MQ=255) gCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAat > 2:107692/1‑141 (MQ=255) gCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAat < 1:583621/141‑1 (MQ=255) ggTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAata < 1:340661/140‑1 (MQ=255) cGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAata < 1:551514/141‑1 (MQ=255) gCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACtata < 2:100080/141‑1 (MQ=255) cATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACg < 2:348239/141‑1 (MQ=255) aTCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGa > 1:367365/1‑141 (MQ=255) tATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAattatt < 1:362578/141‑1 (MQ=255) tATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAattatt < 1:147146/141‑1 (MQ=255) tATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAattatt > 2:414205/1‑141 (MQ=255) tgatgaAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTaa < 2:527236/141‑1 (MQ=255) aaTGGTGATAGGAGAGAGTATGACGTAGTTGCCAATTATGCTAAAAGGGATTGAGGAAAAACAGAAGGGCTGGTAATCAAACCCCTGAATTGCAGGGGAATTCAATAGATAGTGTTAAACTATACGAATGTTTAATAttta > 2:147146/1‑140 (MQ=255) ggTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTgaga > 1:314797/1‑141 (MQ=255) tATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGAttt > 1:213773/1‑141 (MQ=255) aGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCGAAAAGGGATTAATGAAAAGCTGAAGGGCTTTTCATCTATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTGGAGATTTAATTGa < 2:313365/141‑1 (MQ=255) gTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATaa > 1:565137/1‑141 (MQ=255) tATGACGTATTTTCTAAGTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAGACTGAAGTGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATTAg < 2:144251/141‑1 (MQ=255) tGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATAAGtt > 2:137518/1‑141 (MQ=255) gACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATAAGttt > 2:260663/1‑141 (MQ=255) tAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATAAGTTTTaaa < 2:463089/141‑1 (MQ=255) tAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATAGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATAAGTTTTaaa > 2:351565/1‑141 (MQ=255) ccTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTgag > 2:348090/1‑113 (MQ=255) ccTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTgag < 1:348090/113‑1 (MQ=255) cTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATAAGTTTTAAAAATTgg > 1:119787/1‑141 (MQ=255) aaTTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATAAGAAATTTAATTTAAATAAGTTTTAAAAATTggag > 1:473667/1‑141 (MQ=255) ttATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGtt < 2:162038/79‑1 (MQ=255) ttATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGtt > 1:162038/1‑79 (MQ=255) tATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATAAGTTTTAAAAATTGgaggag < 1:137098/141‑1 (MQ=255) aagCTAAAAAGTATTGATAAAATACAGAGGGGCATTTAATCAATAGCTTTAATTATAGAGAAATTGAATAGAAATTATTAAAATATAATAATTATTAATATATGAGATTTAATTGAAATAAATTTTAAAAATTGGAGgaga < 2:411450/139‑1 (MQ=255) aTGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATAAGTTTTAAAAATTGGAGgaga < 2:164905/141‑1 (MQ=255) aTGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATAAGTTTTAAAAATTGGAGgaga < 2:69824/141‑1 (MQ=255) gCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATAAGTTTTAAAAGTTGGAGGagata > 2:483164/1‑141 (MQ=255) aaaGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGaa < 1:260727/62‑1 (MQ=255) aaaGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGaa > 2:260727/1‑62 (MQ=255) aaaGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACGATACGAAGTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATAAGTTTTAAAAATTGGAGGAGATAGAtt > 1:569561/1‑141 (MQ=255) aGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATAAGTTTTAAAAATTGGAAGAGATAGATTaa > 2:15707/1‑141 (MQ=255) ttGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTgaga < 2:575543/94‑1 (MQ=255) ttGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTgaga > 1:575543/1‑94 (MQ=255) gatgaAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATAAGTTTTAAAAATTGGAGGAGATAGATTAAGCGAAGt < 1:256052/141‑1 (MQ=255) | CGTCGCATTTTACGTGAGTTGATTGATACAGATGAAGTATCAGAAGGTACAGCGTTAAAACTAAGAGAAGCCATCAATTATGATGAAATGGTTATTGTAGATAGTATGACGTAGTTCCTAATTATGCTAAAAGGGATTGATGAAAAACTGAAGGGCTTTTCATCAATCCCTTTTATTTTAGGGGAATTGAATAGATAGTTTTAAACTATACGAATTATTAATATTTGAGATTTAATTGAAATAAGTTTTAAAAATTGGAGGAGATAGATTAAGCGAAGT > CP000730/704137‑704415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |