| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 895785 = | 12 (0.450) | 44 (1.910) | 33/224 | NT | 76.3% | coding (806/822 nt) | USA300HOU_0849 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| ? | CP000730 | = 909740 | 17 (0.740) | intergenic (‑663/‑371) | ear/USA300HOU_0868 | Ear protein/hypothetical protein | |||||
AGTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAA > CP000730/895646‑895922 | aGTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGt < 1:292626/140‑1 (MQ=255)aGTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGt > 2:285658/1‑140 (MQ=255) ttgttttcaagggcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataatagattatcttgaaaagtttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaatt < 1:188554‑M1/2‑1 (MQ=255) ttgttttcaagggcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaatt < 2:125542‑M1/2‑1 (MQ=255) 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2:302364/140‑1 (MQ=255) tgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGAt < 1:177329‑M1/54‑1 (MQ=255) taataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAg < 2:297286‑M1/58‑1 (MQ=255) aataaattatcttgaaaattttataaatgcacatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAgg > 1:214508‑M1/82‑140 (MQ=255) aattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGtt < 2:276527‑M1/63‑1 (MQ=255) tatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTAtt > 1:297422‑M1/75‑140 (MQ=255) 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1:263162‑M1/49‑140 (MQ=255) tataacaatgttttgatggcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAggg > 1:263225‑M1/49‑140 (MQ=255) atcaatgttttgattacccttgaacttcgtgtataacttggctaaTTATTCTTGATAAAGAATACAAATTAAATAAAAATACCCTTTAATTACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGcac > 2:209381‑M1/46‑140 (MQ=255) aacaattttttgattgcccttgaacttccttgataatctttctaaTTATTCCTGCTAAATAATACTAATTAAATAAAAATACCCGTTAATAATAACTATGAAGGGGTTATTTTTGTTGTATTGAAAATAAAAAAGGGcac > 2:9134‑M1/46‑140 (MQ=255) aacaatgttttgattgcccttgaactttcttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGcac > 2:132494‑M1/46‑140 (MQ=255) acaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGcaca > 2:166077‑M1/45‑140 (MQ=255) 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1:21905‑M1/104‑13 (MQ=255) ttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAagggga < 2:318642‑M1/104‑2 (MQ=255) tgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAaaggggaa < 2:190399‑M1/105‑3 (MQ=255) tgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCa < 2:14610‑M1/105‑1 (MQ=255) gattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAg < 2:226704‑M1/106‑1 (MQ=255) attgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGAACAAAAGGGGCagg < 2:59753‑M1/107‑2 (MQ=255) 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1:26907/1‑138 (MQ=255) ttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGaa < 2:268517‑M1/124‑1 (MQ=255) aaTACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATGCCAATTAAATAAAAATAGCCTTTAATAACAGCGATTAAGGGGTAATGGTTGTGGTATGGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAAt > 2:80794/1‑140 (MQ=255) tctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTaaa > 1:276527‑M1/10‑140 (MQ=255) gctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACaaa < 2:120201‑M1/135‑1 (MQ=255) taaTTATTCCTGCGAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTACGGGGTTATTTTTGTGGTACTTAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGaattttaaaaacaaa < 2:111368‑M1/137‑7 (MQ=255) aGTTATTCCTGCTAAATAATACCAAGTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAGCGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAGAAAAGGACGCAACAGGGGCAGTATGTGCTAGTTATCGAATTTTAAAAcaaaaa > 2:164914/1‑140 (MQ=255) | AGTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAA > CP000730/895646‑895922 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |