| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 895785 = | 12 (0.450) | 44 (1.910) | 33/224 | NT | 76.3% | coding (806/822 nt) | USA300HOU_0849 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| ? | CP000730 | = 909740 | 17 (0.740) | intergenic (‑663/‑371) | ear/USA300HOU_0868 | Ear protein/hypothetical protein | |||||
GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCT > CP000730/909601‑909878 | ggTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTaa > 1:32531/1‑140 (MQ=255) ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAGATTATCTTGAAAAGTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt < 1:188554‑M2/140‑3 (MQ=255) ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt < 2:125542‑M2/140‑3 (MQ=255) ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt < 2:162881‑M2/140‑3 (MQ=255) ttgttTTCAAGGGAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt > 2:8737‑M2/1‑138 (MQ=255) ttgttTTAAAAGAAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt > 2:212221‑M2/1‑138 (MQ=255) ttgttTGCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTCGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATCGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt > 1:221936‑M2/1‑138 (MQ=255) aaaaaaaTGGTATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAAAAGAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaata > 1:11182‑M2/1‑124 (MQ=255) aaaaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaata > 1:162881‑M2/1‑124 (MQ=255) aGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGACGTCGCAGATCGTTTATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataatacca < 2:305971‑M2/140‑23 (MQ=255) gggCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaa < 1:302966‑M2/140‑24 (MQ=255) gggCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaa < 1:145690‑M2/140‑24 (MQ=255) ggCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaat > 1:205062‑M2/1‑116 (MQ=255) aTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaata > 2:280448‑M2/1‑110 (MQ=255) tgtgaAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTGGCTCCTCTGGGTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaa > 1:154054‑M2/3‑108 (MQ=255) 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1:99364‑M2/1‑104 (MQ=255) gggCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatacccttta > 1:160026‑M2/1‑97 (MQ=255) agtgTATGAATAAAAAATGATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTTATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTg < 2:50120/137‑1 (MQ=255) ggggATGAATAATAAATCATCTGGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGc < 1:66939/140‑1 (MQ=255) gggTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTCTTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGc > 1:64716/1‑140 (MQ=255) tGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCCTATATCACAATGTTGTTATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGc < 1:182921/140‑1 (MQ=255) tGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgat 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(MQ=255) aaaTGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaat < 1:251219‑M2/140‑84 (MQ=255) tGCATATATAAAAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgataaataatacccattaaataccaataccttttactaacaacgattaagggtttatttttttgatatttataataaa > 2:187278‑M2/1‑54 (MQ=255) gtataACAATGTTTTGATTGCTCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTACTTATAAGAGTTATTTATATGATATTTAGGa < 2:147231/139‑1 (MQ=255) tataACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTGCCGTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaaggg > 1:263162‑M2/1‑48 (MQ=255) tataACAATGTTTTGATGGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaaggg > 1:263225‑M2/1‑48 (MQ=255) ataACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAAt < 1:117249/140‑1 (MQ=255) atcaaTGTTTTGATTACCCTTGAACTTCGTGTATAACTTGGCTAAttattcttgataaagaatacaaattaaataaaaataccctttaattacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcac > 2:209381‑M2/3‑45 (MQ=255) aaCAATTTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTTTCTAAttattcctgctaaataatactaattaaataaaaatacccgttaataataactatgaaggggttatttttgttgtattgaaaataaaaaagggcac > 2:9134‑M2/1‑45 (MQ=255) aaCAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTTCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcac > 2:132494‑M2/1‑45 (MQ=255) aaCAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATga < 2:32264/140‑1 (MQ=255) aCAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcaca > 2:166077‑M2/1‑44 (MQ=255) 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2:16077‑M2/140‑102 (MQ=255) ttttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAACTCATATTACTGGCTCAGTAACGGGCTGTTGCTGTGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGGTGCtc > 2:82169/1‑139 (MQ=255) tttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTAt > 1:27702/1‑140 (MQ=255) ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataagaaagattaaggggttattttttttctattgaaaataacaaagggactaaaaagaga < 1:21905‑M2/140‑105 (MQ=255) ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaagggga < 2:318642‑M2/140‑105 (MQ=255) tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggca < 2:14610‑M2/140‑106 (MQ=255) 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1:176541/1‑140 (MQ=255) cTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatcc < 2:231081‑M2/140‑114 (MQ=255) ttGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaattaaaaaagggcacaaaaggggcagtaaattca < 1:24838‑M2/140‑115 (MQ=255) ttGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaa < 2:268517‑M2/140‑125 (MQ=255) gATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCtata < 2:280158/140‑1 (MQ=255) tCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaa > 1:276527‑M2/1‑9 (MQ=255) gCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaacaaa < 2:120201‑M2/140‑136 (MQ=255) tAAttattcctgcgaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattacggggttatttttgtggtacttaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaaaacaaa < 2:111368‑M2/140‑138 (MQ=255) tAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGc < 2:268536/140‑1 (MQ=255) aaTTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGcg > 2:84370/1‑139 (MQ=255) | GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCT > CP000730/909601‑909878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |