New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 895785 =12 (0.450)44 (1.910) 33/224 NT 76.3% coding (806/822 nt) USA300HOU_0849 ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
?CP000730 = 909740 17 (0.740)intergenic (‑663/‑371) ear/USA300HOU_0868 Ear protein/hypothetical protein

GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCT  >  CP000730/909601‑909878
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ggTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTaa                                                                                                                                            >  1:32531/1‑140 (MQ=255)
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  ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt                                                                                                                                          <  2:125542‑M2/140‑3 (MQ=255)
  ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt                                                                                                                                          <  2:162881‑M2/140‑3 (MQ=255)
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  ttgttTTAAAAGAAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt                                                                                                                                          >  2:212221‑M2/1‑138 (MQ=255)
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                aaaaaaaTGGTATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAAAAGAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaata                                                                                                                            >  1:11182‑M2/1‑124 (MQ=255)
                aaaaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaata                                                                                                                            >  1:162881‑M2/1‑124 (MQ=255)
                      aGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGACGTCGCAGATCGTTTATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataatacca                                                                                                                      <  2:305971‑M2/140‑23 (MQ=255)
                       gggCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaa                                                                                                                     <  1:302966‑M2/140‑24 (MQ=255)
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                                tgtgaAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTGGCTCCTCTGGGTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaa                                                                                                            >  1:154054‑M2/3‑108 (MQ=255)
                                 ttGTAACAAGGTGCAAGGGTATGAATAATATATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaa                                                                                                           >  1:97580‑M2/1‑107 (MQ=255)
                                 ttGAAACAAAGGGTAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaa                                                                                                           >  1:141516‑M2/1‑107 (MQ=255)
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                                  tGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaa                                                                                                          >  2:270356‑M2/1‑106 (MQ=255)
                                  tGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaa                                                                                                          >  2:5556‑M2/1‑106 (MQ=255)
                                    aaaCAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaata                                                                                                        >  1:99364‑M2/1‑104 (MQ=255)
                                           gggCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatacccttta                                                                                                 >  1:160026‑M2/1‑97 (MQ=255)
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                                                                                            tataACAATGTTTTGATGGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaaggg                                                >  1:263225‑M2/1‑48 (MQ=255)
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                                                                                                          gATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcag                                  <  2:226704‑M2/140‑107 (MQ=255)
                                                                                                           aTTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggaacaaaaggggcagg                                 <  2:59753‑M2/140‑108 (MQ=255)
                                                                                                               cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTATttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatat                             >  2:265239‑M2/1‑29 (MQ=255)
                                                                                                               cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatat                             <  1:257469‑M2/140‑112 (MQ=255)
                                                                                                               cccTTGAACTTCCTAGATAGTCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATa                             >  1:176541/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                 cTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatcc                           <  2:231081‑M2/140‑114 (MQ=255)
                                                                                                                  ttGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaattaaaaaagggcacaaaaggggcagtaaattca                          <  1:24838‑M2/140‑115 (MQ=255)
                                                                                                                            ttGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaa                <  2:268517‑M2/140‑125 (MQ=255)
                                                                                                                              gATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCtata              <  2:280158/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                   tCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaa         >  1:276527‑M2/1‑9 (MQ=255)
                                                                                                                                       gCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaacaaa     <  2:120201‑M2/140‑136 (MQ=255)
                                                                                                                                         tAAttattcctgcgaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattacggggttatttttgtggtacttaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaaaacaaa   <  2:111368‑M2/140‑138 (MQ=255)
                                                                                                                                         tAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGc   <  2:268536/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          aaTTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGcg  >  2:84370/1‑139 (MQ=255)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                          
GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCT  >  CP000730/909601‑909878

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.