| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | CP000730 | 567,301 | (GGT)4→3 | 5.5% | coding (196‑198/462 nt) | ctsR → | CtsR family transcriptional regulator |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 567293 = | 73 (1.120) | 4 (0.070) | 3/238 | NT | 5.5% | coding (188/462 nt) | ctsR | CtsR family transcriptional regulator |
| ? | CP000730 | = 567289 | 70 (1.180) | coding (184/462 nt) | ctsR | CtsR family transcriptional regulator | |||||
TGAAGAGTCGAATGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAA > CP000730/567153‑567428 | atttgaagagtcgaatgaagatgtcgttgaaattcagagagcgaatatcgcacagcgttttgattgcgtaccatcacaattaaattatgtaatcaaaacacgattcactaatgaacatggttatgaaatcgaaagtaaacg < 1:442962‑M1/1‑1 (MQ=255) tgaagagtcgaatgaagatgtcgttgaaattcagagagcgaatatcgcacagcgttttgattgcgtaccatcacaattaaattatgtaatcaaaacacgattcactaatgaacatggttatgaaatcgaaagtaaacgtgg > 1:223873‑M1/138‑141 (MQ=255) gaagagtcgaatgaagatgtcgttgaaattcagagagcgaatatcgcacagcgttttgattgcgtaccatcacaattaaattatgtaatcaaaacacgattcactaatgaacatggttatgaaatcgaaagtaaacgtggt > 2:83062‑M1/137‑141 (MQ=255) gagtcgaatgaagatgtcgttgaaattcagagagcgaatatcgcacagctttttgattgcgtaccatcacaattaaattatgtaatcaaaacacgattcactaatgaacatggttatgaaatcgaaagtaaacgtggtg‑gt > 2:213748‑M1/134‑141 (MQ=255) 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2:401676/141‑1 (MQ=255) taaattaTGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGa > 1:17630/1‑141 (MQ=255) aaattaTTTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGAt < 2:598497/141‑1 (MQ=255) aaattaTGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGAt < 1:661269/141‑1 (MQ=255) aaattaTGGAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGAt < 2:597918/141‑1 (MQ=255) aattaTGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGAtt < 1:271578/141‑1 (MQ=255) 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2:201116/1‑134 (MQ=255) cATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGTAAATAAAGATGCAACAGGTTATATCAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACTTTCTATTTCTCAACAACAAGCTtattat < 1:500512/141‑1 (MQ=255) cATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTtattat < 1:410053/141‑1 (MQ=255) ggTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGATtattatatt > 2:4254/1‑141 (MQ=255) aTGAAATTGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTg < 2:33261/141‑1 (MQ=255) tGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTAGTGa > 2:457590/1‑141 (MQ=255) gAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGAt < 2:498268/141‑1 (MQ=255) aaaTCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTCTTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATg < 1:767259/141‑1 (MQ=255) gTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAg < 2:386646/141‑1 (MQ=255) gTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAg < 2:285592/141‑1 (MQ=255) gTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAg < 2:770558/141‑1 (MQ=255) gTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAg < 1:506708/141‑1 (MQ=255) aaaCGGGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGAt < 2:442962/141‑1 (MQ=255) aaCGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACACGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATa < 1:214608/141‑1 (MQ=255) aCGTGGTGGTT‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACATGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATGTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATaa < 2:413612/141‑1 (MQ=255) | TGAAGAGTCGAATGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAA > CP000730/567153‑567428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |