| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | CP000730 | 567,301 | (GGT)4→3 | 5.5% | coding (196‑198/462 nt) | ctsR → | CtsR family transcriptional regulator |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 567293 = | 73 (1.120) | 4 (0.070) | 3/238 | NT | 5.5% | coding (188/462 nt) | ctsR | CtsR family transcriptional regulator |
| ? | CP000730 | = 567289 | 70 (1.180) | coding (184/462 nt) | ctsR | CtsR family transcriptional regulator | |||||
TATTTGAAGAGTCGAATGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAA > CP000730/567149‑567428 | tATTTGAAGAGTCGAATGAAGCTGCCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAAc < 2:420844/141‑1 (MQ=255)tATTTGAAGAGTCGAATGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAAc < 2:417269/141‑1 (MQ=255) aTTTGAAGAGTCGAATGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACg < 1:442962‑M2/141‑2 (MQ=255) tGAAGAGTCGAATGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACgtgg > 1:223873‑M2/1‑137 (MQ=255) 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2:498686‑M2/141‑10 (MQ=255) gTCGAAAGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACgtggtggtgg > 2:711795‑M2/1‑131 (MQ=255) tCGAATGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACgtggtggtggt > 1:684478‑M2/1‑130 (MQ=255) tGACGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCCCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTa < 1:27278/141‑1 (MQ=255) aaGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACa < 1:105806/141‑1 (MQ=255) aGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTCTGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACAt > 1:361771/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) agCGAATATCGCACAGCGTGTTGATTGCGAACCAACACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACGAATGAGCAGGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGaaaa < 2:276521/141‑1 (MQ=255) gCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAAt < 2:147543/141‑1 (MQ=255) gAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATaa > 2:19614/1‑141 (MQ=255) tCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATg > 2:476339/1‑141 (MQ=255) ctaacagcgGTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGGAATCAAAACACGATTCACTACTGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACgtggtggtggttacatccgaatcactaaaattgaaaataaagatgcaac > 1:255341‑M2/4‑92 (MQ=255) cGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGc < 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(MQ=255) gTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAg < 1:506708/141‑1 (MQ=255) gTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAg < 2:386646/141‑1 (MQ=255) gTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAg < 2:285592/141‑1 (MQ=255) gTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAg < 2:770558/141‑1 (MQ=255) aaaCGGGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGAt < 2:442962/141‑1 (MQ=255) aaCGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACACGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATa < 1:214608/141‑1 (MQ=255) aCGTGGTGGTTGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACATGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATGTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATaa < 2:413612/141‑1 (MQ=255) | TATTTGAAGAGTCGAATGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAA > CP000730/567149‑567428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |