| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 895785 = | 51 (0.670) | 10 (0.150) | 8/226 | NT | 18.1% | coding (806/822 nt) | USA300HOU_0849 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| ? | CP000730 | = 909740 | 46 (0.690) | intergenic (‑663/‑371) | ear/USA300HOU_0868 | Ear protein/hypothetical protein | |||||
CGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/895941‑895785‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttatttagcaggaataaTTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACC < CP000730/909740‑909601 CGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTAT < 2:246983/141‑1 AATCTGAGCGTATTTTTTTGTTAAAAATGCTATAATTTGCATAGACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTA < 2:871703/141‑1 CTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCA > 1:824585/1‑141 AGCGTATTTTTTTGTTTAAGATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGA > 1:543947/1‑141 AGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACTAAATATGCCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGA > 1:662530/1‑141 AGCGTATTATATGGGTAAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCTTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGA > 2:421728/1‑141 CGTATTTTTTTTTTTAATTTTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAAT > 2:733895/1‑141 ttctgTTTTTTTTTAAAATTCGATAGTTTGCATATACTGCCTCTTTTGTGCTCTTTTTGATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGTGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTTGCAGGAATA < 2:585032/136‑1 tTATTTTTTTTTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACCGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATA < 1:851103/140‑1 cTATTTTTTTGTTTAAGATTCGATGATTTTCATATACTGCCCCTTTTCTGCTCTTTTTTATTTTCTATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATA < 2:451975/140‑1 GTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAAGCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATCTAAAACGTATTATTTAGCAGGAATA < 2:647537/141‑1 TATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAA < 1:347532/141‑1 TAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTA < 2:350327/141‑1 TGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAA < 2:787413/141‑1 TTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCCCAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATT > 2:382326/1‑141 TTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTGTTAAAGGGTATTTTTATTTAATTCGTATTATTTAGCAGGAATACTTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAATATT > 2:759223/1‑141 TTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATT > 2:466642/1‑141 TGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTT < 2:663795/141‑1 TGCTCTTTTTTTGTTTCAATACCAAAAAAATAACCCCTTAATCGTTATTATTAAAGGGTATTTTTATTTAAGTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTAT < 1:832159/141‑1 ATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTAAAAATAAT > 2:37825/1‑141 TAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATT > 1:480600/1‑141 TAACCCCTTAATCGGTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATCGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATT < 1:81497/141‑1 TATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATGAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCTTTTTTTTG > 2:837429/1‑141 TATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTt > 2:795801/1‑140 ATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCATAATTATGCCCTTTTTTTGC > 1:844754/1‑141 ATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGC < 1:54300/141‑1 TAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAGATTATGCCCTTTTTTTGCCCT < 1:466642/141‑1 AGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCCTACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTT < 1:515630/141‑1 AGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATGAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGCTAATCTATTATTTATACCCTTGCCCTTTGTTTCATAATTTTGCCCTTTTTTTGCCCTTGAA > 1:117228/1‑141 GGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTCCCCTTTGTCTCACAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAA > 2:570787/1‑141 AATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAAa > 1:636640/1‑140 atcATTAGCCAGACTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATTAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATCTACTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACA < 1:759223/138‑1 ATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACA < 1:382326/141‑1 TAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCACGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCACTTGAAAACAA < 1:816473/141‑1 TAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAg > 2:860351/1‑140 AATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCCTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAAC < 2:216657/141‑1 ATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACC > 1:46440/1‑141 ATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATCCAGACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACC > 1:673269/1‑141 CGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/895941‑895785‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttatttagcaggaataaTTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACC < CP000730/909740‑909601 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |