New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 895785 =51 (0.670)10 (0.150) 8/226 NT 18.1% coding (806/822 nt) USA300HOU_0849 ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
?CP000730 = 909740 46 (0.690)intergenic (‑663/‑371) ear/USA300HOU_0868 Ear protein/hypothetical protein

GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC  >  CP000730/909601‑909880
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ggTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAt                                                                                                                                             >  1:46440‑M2/1‑140 (MQ=255)
 gttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAGGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt                                                                                                                                            <  2:216657‑M2/141‑3 (MQ=255)
  ttgttTTCAAGTGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCGTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtta                                                                                                                                           <  1:816473‑M2/141‑4 (MQ=255)
  ctgtttTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtta                                                                                                                                           >  2:860351‑M2/2‑138 (MQ=255)
   tgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAGTAGATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTAATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAGTCTGGCTAAtgat                                                                                                                                          <  1:759223‑M2/141‑5 (MQ=255)
   tgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttat                                                                                                                                          <  1:382326‑M2/141‑5 (MQ=255)
    tttttcAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttatt                                                                                                                                         >  1:636640‑M2/2‑136 (MQ=255)
      tttCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTGTGAGACAAAGGGGAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcc                                                                                                                                       >  2:570787‑M2/1‑134 (MQ=255)
       ttCAAGGGCAAAAAAAGGGCAAAATTATGAAACAAAGGGCAAGGGTATAAATAATAGATTAGCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTCATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcct                                                                                                                                      >  1:117228‑M2/1‑133 (MQ=255)
          aaGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTAGGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgct                                                                                                                                   <  1:515630‑M2/141‑12 (MQ=255)
           aGGGCAAAAAAAGGGCATAATCTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgcta                                                                                                                                  <  1:466642‑M2/141‑13 (MQ=255)
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              gCAAAAAAAGGGCATAATTATGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaat                                                                                                                               >  1:844754‑M2/1‑126 (MQ=255)
               cAAAAAAAAGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTCATAATCTGGCTAAttattcctgctaaata                                                                                                                              >  2:837429‑M2/1‑125 (MQ=255)
               aaaaaaaagGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaata                                                                                                                              >  2:795801‑M2/2‑125 (MQ=255)
                   aaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATATTAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATc                                                                                                                          <  2:143779/141‑1 (MQ=255)
                   aaaaGGGCATAATCTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATc                                                                                                                          <  1:97833/141‑1 (MQ=255)
                     aaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAaataat                                                                                                                        >  1:695621/1‑141 (MQ=255)
                     aaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCat                                                                                                                        >  2:875755/1‑141 (MQ=255)
                     aaGGGAATCATTTTGAAACAAAGGTCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCat                                                                                                                        <  1:557177/141‑1 (MQ=255)
                                  tGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAGGTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAg                                                                                                           >  1:711385/1‑141 (MQ=255)
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                                   gAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGt                                                                                                          >  1:330159/1‑141 (MQ=255)
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                                               aaGGGGATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTg                                                                                              <  1:160629/141‑1 (MQ=255)
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                                                                   aTCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCACTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTACTGCTAAATAAATAATATTTATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGATTtttaattttaga                                                                          >  2:751997/1‑137 (MQ=255)
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                                                                            aTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTCATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAAAAGGTATTta                                                                 >  2:742004/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                                  aaTGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttggggtattgaaaataaaaaagggcacaaaa                                           >  2:382326‑M2/1‑42 (MQ=255)
                                                                                                  aaTATTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAgtattcctgctaaataatacgaattaaataaaaataccctttaacaacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaa                                           >  2:759223‑M2/1‑42 (MQ=255)
                                                                                                       tttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATTTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTAGTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTAtt                                      <  2:11768/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                       tttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTAtt                                      <  1:822128/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                       tttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTAtt                                      <  2:526582/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                       tttGATTGCCCTAGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTAtt                                      <  1:848937/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                        ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggca                                     <  2:787413‑M2/141‑106 (MQ=255)
                                                                                                        ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                                     >  1:60418/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                        ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                                     >  1:229992/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                        ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                                     >  2:42057/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                              gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATa                               >  2:221759/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                 cTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAg                            <  2:139691/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                 cTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAg                            <  2:747880/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                 cTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAg                            <  2:816473/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                   tcaaCTTCGTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTCATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTATCTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTa                          >  2:672789/3‑141 (MQ=255)
                                                                                                                       cTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATAGTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATGTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAAt                      <  2:730830/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                tAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaatttta             <  2:350327‑M2/141‑130 (MQ=255)
                                                                                                                                       gCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTg      <  2:281059/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                           attattCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTCAAATGCTATATGAATGCGTGCTat  >  2:180743/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                            
GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC  >  CP000730/909601‑909880

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.