| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 782423 | 79 (0.770) | 3 (0.030) | 3/240 | NT | 3.8% | intergenic (‑218/+124) | USA300HOU_0730/USA300HOU_0731 | hypothetical membrane protein/hypothetical lipoprotein |
| ? | CP000730 | = 782442 | 79 (0.830) | intergenic (‑237/+105) | USA300HOU_0730/USA300HOU_0731 | hypothetical membrane protein/hypothetical lipoprotein | |||||
TTGAGCTCATGGGTTGCTTAAGCTAAACAAACCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGCCGCCGAAGATGACGTGAGC > CP000730/782302‑782582 | ttGAGCTGATGGGTTGATAAAACAAAACAAAACACAACCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGAAATCTTATGGGATTTAATAGTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCtgt < 2:678485/141‑1 (MQ=255)ttGAGCTCATGGGTTGCTTAAGCAAAACAAACCTTCTGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGAGTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGTAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCtgt < 1:228732/141‑1 (MQ=255) gCTCATGGGTTGCTTAAGCTAAACAAACCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGGTTTCTACAAGCTAGGGGGGCGGTgaaa < 2:61408‑M2/141‑5 (MQ=255) gCTCATGGGTTGCTTAAGCTAAACAAACCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTgaaa < 1:791451‑M2/141‑5 (MQ=255) tCATGGGTTGCTTAAGCTAAACAAACCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCGCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTgaaatc < 1:1124477‑M2/141‑7 (MQ=255) cATGGGTTGCTTAAGCTAAACAAACCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTgaaatca > 1:52245‑M2/1‑134 (MQ=255) aTGGGTTGCTTAAGCTAAACAAACCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTgaaatcat < 1:340707‑M2/141‑9 (MQ=255) tGGGTTGCTTAATCTAAACCAACCTCAAGCTTTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTgaaatcata > 1:505562‑M2/1‑132 (MQ=255) gggTTGCTTAAGCTAAACAAACCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTgaaatcatac > 1:399782‑M2/1‑131 (MQ=255) gggTTGCCTAAGCTAAACAAACCTCAAGCACGAAGAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCGACAAGCTAGGGTGGCTGTgaaatcatac > 1:614383‑M2/1‑131 (MQ=255) ggTTGCTTAAGCTAAACAAACCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACg < 1:937076/141‑1 (MQ=255) ggTTGCTTAAGCTAAACAAACCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACg < 2:494305/141‑1 (MQ=255) ttGCTTAAGCTAAACAAACCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCt < 1:509308/141‑1 (MQ=255) ttAAGCTAAACAAACCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTCGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTcc > 1:192229/1‑141 (MQ=255) tAAGCTAAACAAACCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCa < 1:120318/141‑1 (MQ=255) aGCGAAACAAACCTCAAGCTTGAAAAAAATTTACCTATTTGCTCTTCAAGCTTCTGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGTTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCCtt < 2:334070/141‑1 (MQ=255) cTAAACAAACCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGa > 1:360471/1‑141 (MQ=255) caaataaacCTCCAGCCCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGGATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAg < 1:510467/140‑1 (MQ=255) acaaacCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTTAAATCATACGCTTTCCATTGAGTaa > 1:501816/1‑141 (MQ=255) acaaacCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTaa < 1:587311/141‑1 (MQ=255) acaaacCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTaa > 2:201260/1‑141 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ctAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGGAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTggaatcatactttccttttttcactaaatatacaactatt < 1:813497‑M2/141‑41 (MQ=255) ctAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGtat > 1:1112581/1‑141 (MQ=255) aaaaaaTTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTTTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAAAGTATAtt > 2:6154/1‑141 (MQ=255) aaaaaTTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATAAATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATAttt < 2:44632/141‑1 (MQ=255) aaaaaTTTACTTACGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTAAATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATAttt < 2:675091/141‑1 (MQ=255) aaaaaTTGATTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAAAAGATGTAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATAttt < 1:1134358/141‑1 (MQ=255) aaaaaGTTACTTATGTGCTCTGCAATATTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATAttt < 1:1139526/141‑1 (MQ=255) aaaTTTATTTATGTGCTTCGGAATCTTATGTGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATTATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTgaaatcatactttccttttttcaatatatatacaactattaaatcc > 2:760581‑M2/1‑95 (MQ=255) aaaTTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTa < 2:860928/141‑1 (MQ=255) aaTTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATATGCTTTCCATTGAGTAATGAGGGTAATGTATAttttga > 2:1090137/1‑139 (MQ=255) taaCTTATGTGCTCTGCAATCTGATGGGATTTAATAGTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTaaaaa < 2:467557/139‑1 (MQ=255) 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1:611971/1‑141 (MQ=255) cAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGcgccgc < 1:179601/141‑1 (MQ=255) caGCTAGGGGGGATGCCAAATCATCCGCTTTCCATTGAGTAATGATTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCgccgcc < 1:489422/140‑1 (MQ=255) aGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGccgccg < 2:669224/141‑1 (MQ=255) aGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGccgccg > 1:564202/1‑141 (MQ=255) gCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGCCGCCGa > 2:532990/1‑141 (MQ=255) gCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGCCGCCGa > 1:746644/1‑141 (MQ=255) tAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGCCGCCGAAg > 1:965728/1‑141 (MQ=255) tAGGGGGGCTGTGAAATCATAAGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTACTTTAATTTAGCGCCGCCGAAg < 1:172880/141‑1 (MQ=255) aGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGCCGCCGAAGa > 1:141453/1‑141 (MQ=255) ggggggCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGCCGCCGAAGAt > 1:679784/1‑141 (MQ=255) ggggggCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGCCGCCGAAGAt > 2:859271/1‑141 (MQ=255) gggggCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGCCGCCGAAGATg > 2:877759/1‑141 (MQ=255) gtgAAATCATACGCTTTCCATTGAGTTATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAATTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGCCGCCGAAGATGACGTGAg < 2:960510/141‑1 (MQ=255) tgAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAGAAATTTGTAATGTCTAGTAATAGTATGTTGTAAATAATAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGCCGCCGAAGAGGACGtaggc > 1:32888/1‑137 (MQ=255) tgAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGCCGCCGAAGATGACGTGAGc > 1:845303/1‑141 (MQ=255) tgAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGCCGCCGAAGATGACGTGAGc > 1:818543/1‑141 (MQ=255) tgAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGCCGCCGAAGAGGACGTGAGc > 2:1131996/1‑141 (MQ=255) | TTGAGCTCATGGGTTGCTTAAGCTAAACAAACCTCAAGCTCTAAAAAAATTTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAATTGATTATTTTAATTTAGCGCCGCCGAAGATGACGTGAGC > CP000730/782302‑782582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |