| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | CP000730 | 1,747,382 | (TAC)3→2 | 95.3% | coding (2065‑2067/2280 nt) | secDF ← | RND superfamily resistance‑nodulation‑cell division protein:proton (H+) antiporter |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 1747377 = | 2 (0.030) | 39 (0.650) | 31/242 | NT | 95.3% | coding (2072/2280 nt) | secDF | RND superfamily resistance‑nodulation‑cell division protein:proton (H+) antiporter |
| ? | CP000730 | = 1747373 | 2 (0.030) | coding (2076/2280 nt) | secDF | RND superfamily resistance‑nodulation‑cell division protein:proton (H+) antiporter | |||||
TTTTTTCAACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGTCAA > CP000730/1747235‑1747512 | ttttttCAACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAa < 1:87887‑M2/140‑2 (MQ=255) tttCAACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAACGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAacta < 2:86082‑M2/140‑5 (MQ=255) tttCAACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAAAGAGGATTGAAGAGAATACAGCAGAACTCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTGAACTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGCATAGTATAGCAacta < 2:271357‑M2/140‑5 (MQ=255) tattgtcGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAACGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactac < 1:522256/134‑1 (MQ=255) ttttcCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgt > 2:436278‑M2/1‑123 (MQ=255) tgtttcaGTATTCCCCATAGCGGAACGGCAAGGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTACAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgt > 2:331622‑M2/3‑123 (MQ=255) ttCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAGGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaa < 1:192496‑M2/140‑21 (MQ=255) atttttTCCCCTAGCGCAACGTCAATTAAGATTGAAGAGAATTCACCAGAAATCAATCTGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatac > 1:6183‑M2/1‑117 (MQ=255) ttCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAACAactactacaataactcttaatactgta < 2:255971‑M2/140‑28 (MQ=255) ccccATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTCGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtatt < 1:351381‑M2/140‑30 (MQ=255) aGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAAt > 1:46687/1‑140 (MQ=255) gAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgt < 1:349604‑M2/140‑40 (MQ=255) aTGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgt > 2:646007‑M2/1‑93 (MQ=255) aaattGAAGAGAATACACCAGAAATCAATTTGATAAATAATTCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgt > 1:50717‑M2/3‑89 (MQ=255) aGATTTAAGAAAATACACCAGAAATCAATCCTATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgt > 1:261633‑M2/1‑89 (MQ=255) aaTACACCAGAAATAAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatct > 1:543499‑M2/1‑78 (MQ=255) aTACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatcta < 1:634932‑M2/140‑64 (MQ=255) aGAAATCAATCCGATAAATAATGCAAAAGTAAAGTTGAATATCGTAAGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCCTTGCGTGGGGAATTGATCTATTaa < 2:540760/140‑1 (MQ=255) atcaatcCTATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatc > 1:724374‑M2/1‑66 (MQ=255) atcaatcCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATGTCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtcgaattgatctattaacgatatc < 1:526070‑M2/140‑75 (MQ=255) tcaatcCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCTTAGGATCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataacggttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatca > 1:223541‑M2/1‑65 (MQ=255) taatccGATAAATATTGCTAAATTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCATCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcat > 1:584416‑M2/2‑64 (MQ=255) caatcCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcat < 2:628176‑M2/140‑77 (MQ=255) aatcCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttcctactgtattaattgaacgtgtatttgtctgtctagttgatctattaacgatatcatc > 2:536640‑M2/1‑63 (MQ=255) atcCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaatggatctattaacgatatcatca < 2:6015‑M2/140‑79 (MQ=255) ataatGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatttcatcaatttgtcct < 1:125105‑M2/140‑88 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaataatgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatataatcaatttgttctgttg < 1:478795‑M2/140‑92 (MQ=255) agtaaagtTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATATCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaa > 2:209807‑M2/1‑43 (MQ=255) agtaaagtTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaa > 1:303791‑M2/1‑43 (MQ=255) taaggtTGAATATCGCAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgctttattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatc > 2:192496‑M2/1‑41 (MQ=255) aggTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcact > 2:669251‑M2/1‑38 (MQ=255) gAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaa > 1:303659‑M2/1‑34 (MQ=255) aaTATCGTATGAGCATTGAAGAATAGTTTTGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgagtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaac > 1:305394‑M2/1‑33 (MQ=255) aaTATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaac > 2:320422‑M2/1‑33 (MQ=255) aaTATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaac > 2:490300‑M2/1‑33 (MQ=255) aaTATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaac > 1:538673‑M2/1‑33 (MQ=255) aCCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcttaatcactataaccttttttaagtttt < 1:655493‑M2/140‑122 (MQ=255) ccTAAGAATAGTATACCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattttctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttc > 1:216233‑M2/1‑18 (MQ=255) ccGAAGAATAGTATTGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttc > 1:651009‑M2/1‑18 (MQ=255) ccGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcaccaattcgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttc > 2:499090‑M2/1‑18 (MQ=255) agaaTAGTATCGCAtctacgacaataattgttaaaactgtattaattgactgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgt > 2:433124‑M2/1‑14 (MQ=255) tAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtttgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaggttttcacgtaccc < 2:677381‑M2/140‑131 (MQ=255) gTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttcttttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgtacacgg < 1:576729‑M2/140‑133 (MQ=255) tataGCAagtactacaataactgttagtactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgtacacggt > 2:703350‑M2/1‑7 (MQ=255) ataGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaaccatatcatcaatttgttctgttgtcgtaataaatttaaccttttctaagttttcacgtacaaggta < 1:530638‑M2/140‑135 (MQ=255) cAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgagatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgtacacggtcaaac < 2:5260‑M2/140‑139 (MQ=255) aactactacaagaacttttaattctgtactaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgtacacggtcaaacg > 2:748100‑M2/1‑1 (MQ=255) | TTTTTTCAACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGTCAA > CP000730/1747235‑1747512 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |