New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 748995 =82 (1.250)3 (0.050) 3/256 NT 3.6% coding (64/96 nt) USA300HOU_0695 hypothetical protein
?CP000730 749026 = 80 (1.240)coding (95/96 nt) USA300HOU_0695 hypothetical protein

AACAACCAAAGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTT  >  CP000730/748856‑749134
                                                                                                                                           |                                                                                                                                            
accgtaaccgcaatacccatacctagtagaaacatattagcaacaaagagtttataattctttatttgtaataacgctgcaaacatatccataaccccgcttcttagagccccttttaatttattaattaggggctcttat                                                                                                                                             >  2:563311‑M1/140‑141 (MQ=255)
   aacCAAAGGCGTAGTTTTCGACCAATTGAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACa                                                                                                                                          <  2:567755/141‑1 (MQ=255)
    acCAAAGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAg                                                                                                                                         >  1:541176/1‑141 (MQ=255)
     ccAAAGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGt                                                                                                                                        <  2:644443/141‑1 (MQ=255)
      cAAAGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGtt                                                                                                                                       >  2:501271/1‑141 (MQ=255)
        aaGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTgg                                                                                                                                     >  1:608409/1‑141 (MQ=255)
         aGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGa                                                                                                                                    <  1:479173/141‑1 (MQ=255)
         aGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGa                                                                                                                                    >  2:36919/1‑141 (MQ=255)
            cGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGc                                                                                                                                 >  1:95050/1‑141 (MQ=255)
            cGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACAATTCGATTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAACGGAATACAGTTGGATGc                                                                                                                                 >  2:161637/1‑141 (MQ=255)
            cGTAGTTTTAGACTAAGTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGc                                                                                                                                 <  2:80752/141‑1 (MQ=255)
              acccatacctagtagaaacatattagcaacaaagagtttataattctttatttgtaataacgctgcaaacatatccataaccccgcttcttagagccccttttaatttattaattaggggctcttATGCAGTTGGATGCTa                                                                                                                               >  1:212964‑M1/126‑141 (MQ=255)
               tgTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTGAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAACGAGTTGGAGGAATACAGTTggtgcgtta                                                                                                                              <  2:538931/140‑8 (MQ=37)
               aGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGGGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATTCAGTTggtgcgtta                                                                                                                              <  1:396710/141‑8 (MQ=255)
                  tttAGACTAATTTAAGGTGTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCACTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTCGATGATAAcac                                                                                                                           <  2:559860/141‑3 (MQ=255)
                   ttAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCa                                                                                                                          <  1:314980/141‑1 (MQ=255)
                      gACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCa                                                                                                                      >  1:95904/1‑141 (MQ=255)
                        cTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATGCGGTTGATTGCTAACGCA‑ccgat                                                                                                                    >  1:655631/1‑138 (MQ=38)
                           aTTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGc                                                                                                                 >  2:312272/1‑141 (MQ=255)
                            tttAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAACAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTATAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGCTGCTAACGCA‑CCAGCTGct                                                                                                                >  2:270989/1‑140 (MQ=255)
                            ttgacggTTTGCATTTAATTTTAAAATATTCGGTTAAATAGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATCAAAAGGGGACAAAGGAAAACAGTTCAATGCTAACGCA‑CCAACTGCa                                                                                                                >  2:271130/6‑141 (MQ=37)
                               aaGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATaa                                                                                                             >  1:193657/1‑141 (MQ=255)
                                aGGTTTTTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAag                                                                                                            <  2:462992/141‑1 (MQ=255)
                                 ggTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAaga                                                                                                           <  1:285857/141‑1 (MQ=255)
                                     tGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCATAATTAATAAATTACAAGAAGACAAAGGAATACAGATGGATGCTAACGAA‑CCAACTGCATAAGAGccc                                                                                                       >  1:475372/1‑141 (MQ=255)
                                      gTATTTAATTTTAAACTATTCGTTTAAATTGAACGTAGTTGGTTTCTAATGCACTAACAGCAATTGTGTCTTTAATGATTAAACGACAAGCGGACAAAACAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGcccc                                                                                                      <  2:23446/141‑1 (MQ=255)
                                        atttatttTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCta                                                                                                    <  2:714367/141‑1 (MQ=255)
                                        aTTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCta                                                                                                    <  1:35940/141‑1 (MQ=255)
                                         tttAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCtaa                                                                                                   <  2:411903/141‑1 (MQ=255)
                                          ttAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCtaat                                                                                                  >  1:728669/1‑141 (MQ=255)
                                           tAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCtaatt                                                                                                 >  1:454283/1‑141 (MQ=255)
                                              ttttAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATGAGAGCCCCtaattaat                                                                                              <  1:377771/141‑1 (MQ=255)
                                              ttttAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCtaattaat                                                                                              >  2:347209/1‑141 (MQ=255)
                                                  aaccTAATCGGTTACATTGACCGTAGTTGGTTGCTCATGCACCAACAGCAAAAGTGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAAt                                                                                          <  1:483824/138‑1 (MQ=38)
                                                  aaaCTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAAt                                                                                          <  2:45836/141‑1 (MQ=255)
                                                  aaaCTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAAt                                                                                          <  2:570134/141‑1 (MQ=255)
                                                    aCTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTAGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGGCCCTAATTAATAAATTa                                                                                        >  2:471917/1‑141 (MQ=255)
                                                     cTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTaa                                                                                       >  1:636517/1‑141 (MQ=255)
                                                       actCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTAGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGTGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTATCGCA‑CCAATTGCATAAGAGCCCCTAATTAACAATCTaaaa                                                                                     <  1:558519/139‑1 (MQ=38)
                                                        ttCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGGTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAg                                                                                    <  1:30248/141‑1 (MQ=255)
                                                         tCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGACCCTAATTAATAAATGAAAAgg                                                                                   >  1:425850/1‑141 (MQ=255)
                                                         tCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCCAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAgg                                                                                   <  2:418020/141‑1 (MQ=255)
                                                         tCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGATAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAgg                                                                                   <  2:413020/141‑1 (MQ=255)
                                                          cGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAggg                                                                                  >  1:1577/1‑141 (MQ=255)
                                                               aaaTTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGctct                                                                             >  2:463962/1‑141 (MQ=255)
                                                               aaaTTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGctct                                                                             >  2:704059/1‑141 (MQ=255)
                                                                aaTTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTa                                                                            <  1:442977/141‑1 (MQ=255)
                                                                        gTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGATCCCCTAATTAATAAAATAAAAGAGGCTCTAAGAAGCgg                                                                    >  2:313777/1‑141 (MQ=255)
                                                                        gTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCgg                                                                    >  2:242113/1‑141 (MQ=255)
                                                                          aGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCgggg                                                                  <  1:133979/141‑1 (MQ=255)
                                                                            ttggttgCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCgggggt                                                                >  2:194449/1‑139 (MQ=255)
                                                                              ggttgCTAATGCACGACCAGCAAAAGAGCCCGTAATTAAAAAATTAAAAGGGGACAAAGGAACACAGTTGGCTGCAAACGAA‑ACAACTGCATACGAGGCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTAt                                                              >  2:324770/1‑141 (MQ=255)
                                                                                  gCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCT‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAACGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGat                                                          <  2:454283/141‑1 (MQ=255)
                                                                                  ccTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCCAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGat                                                          <  1:118172/140‑1 (MQ=255)
                                                                                   cTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGata                                                         <  1:534148/141‑1 (MQ=255)
                                                                                     aaTGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAACAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATg                                                       >  2:102598/1‑141 (MQ=255)
                                                                                         cACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTg                                                   >  2:306375/1‑141 (MQ=255)
                                                                                         cACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTg                                                   >  2:131870/1‑141 (MQ=255)
                                                                                           ccAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCa                                                 >  1:485207/1‑141 (MQ=255)
                                                                                           ccAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCa                                                 <  1:280079/141‑1 (MQ=255)
                                                                                           ccAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCa                                                 >  1:591127/1‑141 (MQ=255)
                                                                                           ccAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGAGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCa                                                 >  1:189785/1‑141 (MQ=255)
                                                                                            cAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAg                                                <  2:426096/141‑1 (MQ=255)
                                                                                               cccgcttcttagagccccttttaatttattaattaggggctcttATGCAGTTGG‑TGCGTTATCATCCAACTGTCTAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATAGATATGTTTGCAGCGt                                             <  2:113855‑M1/97‑1 (MQ=255)
                                                                                               cAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGt                                             <  2:95050/141‑1 (MQ=255)
                                                                                               cAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGt                                             <  1:166770/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                aGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGtt                                            >  2:430899/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                   aaaaGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCG‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGttatt                                         >  2:663854/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                     aaGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTAc                                       <  2:193657/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                     aaGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGACGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTAc                                       <  1:583370/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                      agagCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACa                                      <  2:550998/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                           cccTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTATCGCA‑TCAGCTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAACGTTATTACAAATaa                                 <  1:561669/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                           cccTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATaa                                 >  2:591720/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                           cccTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCATAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATaa                                 >  1:553354/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                 ttaatAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAGtt                           >  1:394703/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                   aataaATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATtat                         >  1:114007/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                   aataaATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATtat                         <  1:61649/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                   aataaATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATtat                         >  2:55619/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                            aaaGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAAGTCttt                >  2:382604/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                            aaaGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCttt                >  1:700488/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                            aaaGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCttt                >  1:705987/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                            aaaGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCGAATTAATAAATTAAACGGGGCTCAAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCttt                <  2:568536/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                              aGGGGATAAAGGCATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CACAATGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGACATGTTTGCAGCGTTATGACAAATAAAGAATTATAAACTCTttgt              <  1:75881/141‑1 (MQ=38)
                                                                                                                                 ggACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGc           >  1:277865/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 aggggctcttATGCAGTTGG‑TGCGTTAGCATCCAACTGTATAAGAGCCCCTAATTCATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTctttgtttc           <  2:719997‑M1/131‑3 (MQ=255)
                                                                                                                                  gACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAGAGAATTATAAACTCTTTGTTGCt          >  1:671867/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                  gACAAAGGAATACAGCTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCt          <  1:571932/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       aGGAATGCAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCAGAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAatat     <  1:730825/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       aGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCCGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAatat     <  2:405917/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       aGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAatat     <  2:217989/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                        ggAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATg    <  2:1577/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                        ggAATACAGTTGGAGGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGAGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAGCTCTTTGTTGCTAATATg    <  2:655631/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          aaTACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAACGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGtt  >  2:47588/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                            
AACAACCAAAGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTT  >  CP000730/748856‑749134

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.