| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 748995 = | 82 (1.250) | 3 (0.050) | 3/256 | NT | 3.6% | coding (64/96 nt) | USA300HOU_0695 | hypothetical protein | 
| ? | CP000730 | 749026 = | 80 (1.240) | coding (95/96 nt) | USA300HOU_0695 | hypothetical protein | |||||
AACAACCAAAGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTT  >  CP000730/748856‑749134                                                                                                                                           |                                                                                                                                            accgtaaccgcaatacccatacctagtagaaacatattagcaacaaagagtttataattctttatttgtaataacgctgcaaacatatccataaccccgcttcttagagccccttttaatttattaattaggggctcttat                                                                                                                                             >  2:563311‑M1/140‑141 (MQ=255)   aacCAAAGGCGTAGTTTTCGACCAATTGAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACa                                                                                                                                          <  2:567755/141‑1 (MQ=255)    acCAAAGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAg                                                                                                                                         >  1:541176/1‑141 (MQ=255)     ccAAAGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGt                                                                                                                                        <  2:644443/141‑1 (MQ=255)      cAAAGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGtt                                                                                                                                       >  2:501271/1‑141 (MQ=255)        aaGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTgg                                                                                                                                     >  1:608409/1‑141 (MQ=255)         aGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGa                                                                                                                                    <  1:479173/141‑1 (MQ=255)         aGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGa                                                                                                                                    >  2:36919/1‑141 (MQ=255)            cGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGc                                                                                                                                 >  1:95050/1‑141 (MQ=255)            cGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACAATTCGATTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAACGGAATACAGTTGGATGc                                                                                                                                 >  2:161637/1‑141 (MQ=255)            cGTAGTTTTAGACTAAGTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGc                                                                                                                                 <  2:80752/141‑1 (MQ=255)              acccatacctagtagaaacatattagcaacaaagagtttataattctttatttgtaataacgctgcaaacatatccataaccccgcttcttagagccccttttaatttattaattaggggctcttATGCAGTTGGATGCTa                                                                                                                               >  1:212964‑M1/126‑141 (MQ=255)               tgTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTGAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAACGAGTTGGAGGAATACAGTTggtgcgtta                                                                                                                              <  2:538931/140‑8 (MQ=37)               aGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGGGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATTCAGTTggtgcgtta                                                                                                                              <  1:396710/141‑8 (MQ=255)                  tttAGACTAATTTAAGGTGTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAA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| 
| Alignment Legend | 
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG | 
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑ | 
| Reads not counted as support for junction | 
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. | 
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |