New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 748995 =82 (1.250)3 (0.050) 3/256 NT 3.6% coding (64/96 nt) USA300HOU_0695 hypothetical protein
?CP000730 749026 = 80 (1.240)coding (95/96 nt) USA300HOU_0695 hypothetical protein

AACAACCAAAGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTT  >  CP000730/748856‑749134
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accgtaaccgcaatacccatacctagtagaaacatattagcaacaaagagtttataattctttatttgtaataacgctgcaaacatatccataaccccgcttcttagagccccttttaatttattaattaggggctcttat                                                                                                                                             >  2:563311‑M1/140‑141 (MQ=255)
   aacCAAAGGCGTAGTTTTCGACCAATTGAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACa                                                                                                                                          <  2:567755/141‑1 (MQ=255)
    acCAAAGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAg                                                                                                                                         >  1:541176/1‑141 (MQ=255)
     ccAAAGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGt                                                                                                                                        <  2:644443/141‑1 (MQ=255)
      cAAAGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGtt                                                                                                                                       >  2:501271/1‑141 (MQ=255)
        aaGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTgg                                                                                                                                     >  1:608409/1‑141 (MQ=255)
         aGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGa                                                                                                                                    <  1:479173/141‑1 (MQ=255)
         aGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGa                                                                                                                                    >  2:36919/1‑141 (MQ=255)
            cGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGc                                                                                                                                 >  1:95050/1‑141 (MQ=255)
            cGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACAATTCGATTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAACGGAATACAGTTGGATGc                                                                                                                                 >  2:161637/1‑141 (MQ=255)
            cGTAGTTTTAGACTAAGTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGc                                                                                                                                 <  2:80752/141‑1 (MQ=255)
              acccatacctagtagaaacatattagcaacaaagagtttataattctttatttgtaataacgctgcaaacatatccataaccccgcttcttagagccccttttaatttattaattaggggctcttATGCAGTTGGATGCTa                                                                                                                               >  1:212964‑M1/126‑141 (MQ=255)
               tgTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTGAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAACGAGTTGGAGGAATACAGTTggtgcgtta                                                                                                                              <  2:538931/140‑8 (MQ=37)
               aGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGGGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATTCAGTTggtgcgtta                                                                                                                              <  1:396710/141‑8 (MQ=255)
                  tttAGACTAATTTAAGGTGTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCACTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTCGATGATAAcac                                                                                                                           <  2:559860/141‑3 (MQ=255)
                   ttAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCa                                                                                                                          <  1:314980/141‑1 (MQ=255)
                      gACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCa                                                                                                                      >  1:95904/1‑141 (MQ=255)
                        cTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATGCGGTTGATTGCTAACGCAccgat                                                                                                                    >  1:655631/1‑138 (MQ=38)
                           aTTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGc                                                                                                                 >  2:312272/1‑141 (MQ=255)
                            tttAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAACAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTATAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGCTGCTAACGCACCAGCTGct                                                                                                                >  2:270989/1‑140 (MQ=255)
                            ttgacggTTTGCATTTAATTTTAAAATATTCGGTTAAATAGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATCAAAAGGGGACAAAGGAAAACAGTTCAATGCTAACGCACCAACTGCa                                                                                                                >  2:271130/6‑141 (MQ=37)
                               aaGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATaa                                                                                                             >  1:193657/1‑141 (MQ=255)
                                aGGTTTTTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAag                                                                                                            <  2:462992/141‑1 (MQ=255)
                                 ggTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAaga                                                                                                           <  1:285857/141‑1 (MQ=255)
                                     tGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCATAATTAATAAATTACAAGAAGACAAAGGAATACAGATGGATGCTAACGAACCAACTGCATAAGAGccc                                                                                                       >  1:475372/1‑141 (MQ=255)
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                                        atttatttTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCta                                                                                                    <  2:714367/141‑1 (MQ=255)
                                        aTTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCta                                                                                                    <  1:35940/141‑1 (MQ=255)
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                                          ttAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCtaat                                                                                                  >  1:728669/1‑141 (MQ=255)
                                           tAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCtaatt                                                                                                 >  1:454283/1‑141 (MQ=255)
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                                                    aCTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTAGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGGCCCTAATTAATAAATTa                                                                                        >  2:471917/1‑141 (MQ=255)
                                                     cTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTaa                                                                                       >  1:636517/1‑141 (MQ=255)
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                                                               aaaTTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGctct                                                                             >  2:704059/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                           ccAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCa                                                 >  1:591127/1‑141 (MQ=255)
                                                                                           ccAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGAGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCa                                                 >  1:189785/1‑141 (MQ=255)
                                                                                            cAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAg                                                <  2:426096/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                               cAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGt                                             <  2:95050/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                      agagCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACa                                      <  2:550998/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                           cccTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATaa                                 >  2:591720/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                           cccTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCATAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATaa                                 >  1:553354/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                 ttaatAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAGtt                           >  1:394703/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                   aataaATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATtat                         >  1:114007/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                   aataaATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATtat                         <  1:61649/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                   aataaATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATtat                         >  2:55619/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                            aaaGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAAGTCttt                >  2:382604/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                            aaaGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCttt                >  1:700488/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                            aaaGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCttt                >  1:705987/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                            aaaGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCGAATTAATAAATTAAACGGGGCTCAAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCttt                <  2:568536/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                              aGGGGATAAAGGCATACAGTTGGATGCTAACGCACACAATGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGACATGTTTGCAGCGTTATGACAAATAAAGAATTATAAACTCTttgt              <  1:75881/141‑1 (MQ=38)
                                                                                                                                 ggACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGc           >  1:277865/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 aggggctcttATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATAAGAGCCCCTAATTCATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTctttgtttc           <  2:719997‑M1/131‑3 (MQ=255)
                                                                                                                                  gACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAGAGAATTATAAACTCTTTGTTGCt          >  1:671867/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                  gACAAAGGAATACAGCTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCt          <  1:571932/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       aGGAATGCAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCAGAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAatat     <  1:730825/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       aGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCCGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAatat     <  2:405917/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       aGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAatat     <  2:217989/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                        ggAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATg    <  2:1577/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                        ggAATACAGTTGGAGGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGAGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAGCTCTTTGTTGCTAATATg    <  2:655631/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          aaTACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAACGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGtt  >  2:47588/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                            
AACAACCAAAGGCGTAGTTTTAGACTAATTTAAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTT  >  CP000730/748856‑749134

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.