| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 748995 = | 82 (1.250) | 3 (0.050) | 3/256 | NT | 3.6% | coding (64/96 nt) | USA300HOU_0695 | hypothetical protein | 
| ? | CP000730 | 749026 = | 80 (1.240) | coding (95/96 nt) | USA300HOU_0695 | hypothetical protein | |||||
AAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTCTACTAGGTATGGGTATTGCGGTTACGGT  >  CP000730/748887‑749164                                                                                                                                            |                                                                                                                                          aaGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATaa                                                                                                                                           >  1:193657/1‑141 (MQ=255) aGGTTTTTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAag                                                                                                                                          <  2:462992/141‑1 (MQ=255)  ggTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAaga                                                                                                                                         <  1:285857/141‑1 (MQ=255)      tGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCATAATTAATAAATTACAAGAAGACAAAGGAATACAGATGGATGCTAACGAA‑CCAACTGCATAAGAGccc                                                                                                                                     >  1:475372/1‑141 (MQ=255)       gTATTTAATTTTAAACTATTCGTTTAAATTGAACGTAGTTGGTTTCTAATGCACTAACAGCAATTGTGTCTTTAATGATTAAACGACAAGCGGACAAAACAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGcccc                                                                                                                                    <  2:23446/141‑1 (MQ=255)         gaaacaaagagtttataattctttatttgtaataacgctgcaaacatatccataaccccgcttcttagagccccttttaatttatgaattaggggctcttatacagttggatgctaacgcaccaactgcatAAGAGCCCCt                                                                                                                                   <  2:719997‑M2/10‑1 (MQ=255)         atttatttTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCta                                                                                                                                  <  2:714367/141‑1 (MQ=255)         aTTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCta                                                                                                                                  <  1:35940/141‑1 (MQ=255)          tttAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCtaa                                                                                                                                 <  2:411903/141‑1 (MQ=255)           ttAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCtaat                                                                                                                                >  1:728669/1‑141 (MQ=255)            tAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCtaatt                                                                                                                               >  1:454283/1‑141 (MQ=255)               ttttAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATGAGAGCCCCtaattaat                                                                                                                            <  1:377771/141‑1 (MQ=255)               ttttAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCtaattaat                                                                                                                            >  2:347209/1‑141 (MQ=255)                   aaccTAATCGGTTACATTGACCGTAGTTGGTTGCTCATGCACCAACAGCAAAAGTGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCA‑CCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAAt                                                                                                                        <  1:483824/138‑1 (MQ=38)                   aaaCTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGG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| 
| Alignment Legend | 
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG | 
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑ | 
| Reads not counted as support for junction | 
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. | 
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |