New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 748995 =82 (1.250)3 (0.050) 3/256 NT 3.6% coding (64/96 nt) USA300HOU_0695 hypothetical protein
?CP000730 749026 = 80 (1.240)coding (95/96 nt) USA300HOU_0695 hypothetical protein

AAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTCTACTAGGTATGGGTATTGCGGTTACGGT  >  CP000730/748887‑749164
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aaGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATaa                                                                                                                                           >  1:193657/1‑141 (MQ=255)
 aGGTTTTTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAag                                                                                                                                          <  2:462992/141‑1 (MQ=255)
  ggTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAaga                                                                                                                                         <  1:285857/141‑1 (MQ=255)
      tGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCATAATTAATAAATTACAAGAAGACAAAGGAATACAGATGGATGCTAACGAACCAACTGCATAAGAGccc                                                                                                                                     >  1:475372/1‑141 (MQ=255)
       gTATTTAATTTTAAACTATTCGTTTAAATTGAACGTAGTTGGTTTCTAATGCACTAACAGCAATTGTGTCTTTAATGATTAAACGACAAGCGGACAAAACAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGcccc                                                                                                                                    <  2:23446/141‑1 (MQ=255)
         gaaacaaagagtttataattctttatttgtaataacgctgcaaacatatccataaccccgcttcttagagccccttttaatttatgaattaggggctcttatacagttggatgctaacgcaccaactgcatAAGAGCCCCt                                                                                                                                   <  2:719997‑M2/10‑1 (MQ=255)
         atttatttTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCta                                                                                                                                  <  2:714367/141‑1 (MQ=255)
         aTTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCta                                                                                                                                  <  1:35940/141‑1 (MQ=255)
          tttAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCtaa                                                                                                                                 <  2:411903/141‑1 (MQ=255)
           ttAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCtaat                                                                                                                                >  1:728669/1‑141 (MQ=255)
            tAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCtaatt                                                                                                                               >  1:454283/1‑141 (MQ=255)
               ttttAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATGAGAGCCCCtaattaat                                                                                                                            <  1:377771/141‑1 (MQ=255)
               ttttAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCtaattaat                                                                                                                            >  2:347209/1‑141 (MQ=255)
                   aaccTAATCGGTTACATTGACCGTAGTTGGTTGCTCATGCACCAACAGCAAAAGTGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAAt                                                                                                                        <  1:483824/138‑1 (MQ=38)
                   aaaCTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAAt                                                                                                                        <  2:570134/141‑1 (MQ=255)
                   aaaCTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAAt                                                                                                                        <  2:45836/141‑1 (MQ=255)
                     aCTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTAGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGGCCCTAATTAATAAATTa                                                                                                                      >  2:471917/1‑141 (MQ=255)
                      cTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTaa                                                                                                                     >  1:636517/1‑141 (MQ=255)
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                          tCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCCAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAgg                                                                                                                 <  2:418020/141‑1 (MQ=255)
                          tCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGATAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAgg                                                                                                                 <  2:413020/141‑1 (MQ=255)
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                                aaaTTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGctct                                                                                                           >  2:463962/1‑141 (MQ=255)
                                 aaTTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTa                                                                                                          <  1:442977/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                             aaaGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCttt                                              >  1:700488/1‑141 (MQ=255)
                                                                                             aaaGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCttt                                              >  1:705987/1‑141 (MQ=255)
                                                                                             aaaGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCGAATTAATAAATTAAACGGGGCTCAAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCttt                                              <  2:568536/141‑1 (MQ=255)
                                                                                               aGGGGATAAAGGCATACAGTTGGATGCTAACGCACACAATGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGACATGTTTGCAGCGTTATGACAAATAAAGAATTATAAACTCTttgt                                            <  1:75881/141‑1 (MQ=38)
                                                                                                  ggACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGc                                         >  1:277865/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                  aggggctcttATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATAAGAGCCCCTAATTCATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTctttgtttc                                         <  2:719997‑M1/131‑3 (MQ=255)
                                                                                                   gACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAGAGAATTATAAACTCTTTGTTGCt                                        >  1:671867/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                   gACAAAGGAATACAGCTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCt                                        <  1:571932/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                        aGGAATGCAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCAGAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAatat                                   <  1:730825/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                        aGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCCGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAatat                                   <  2:405917/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                        aGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAatat                                   <  2:217989/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                         ggAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATg                                  <  2:1577/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                         ggAATACAGTTGGAGGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGAGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAGCTCTTTGTTGCTAATATg                                  <  2:655631/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                           aaTACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAACGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGtt                                >  2:47588/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                              aCAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTct                             <  1:242113/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                               cAGTTGTAAGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCATAATTAATAAAATACAATAGATAAAAAAAGGAAGTTTTATTCATATGATTGCAGCGTTATTCAAGATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGATAGTATGTATcta                            >  2:182/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                 gTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTctact                          <  2:591331/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    ggATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATCAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTCTACTAgg                       <  1:755011/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                      aTGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTCTACTAGGTa                     >  2:324048/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                        gCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTCTACTAGGTATg                   <  1:55286/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         cTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGATATGGATATGTTTGCGCCGTTATTACAAATAAACAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTCTACTAGGTATgg                  >  1:10716/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                            tagcatccaactgcatAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTCTACTAGGTATGGGt                >  1:212964‑M2/17‑141 (MQ=255)
                                                                                                                               cACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTCTACTAGGTATGGGTAttt            >  2:267841/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                aCCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCGGCTTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTCTACTAGGTATGGGTATTGc           <  1:597456/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  ccAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTCTACTAGGTATGCGTATTGCg          >  1:726951/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                    aaCTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTCTACTAGGTATGGGTATTGCGGt        <  2:541176/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                    aaCTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTCTACTAGGTATGGGTATTGCGGt        >  1:38244/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                    aaCTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTATTTGTTGCTAATATGTTTCTACTAGGTATGGGTCttaaggt        >  2:548987/1‑136 (MQ=255)
                                                                                                                                          atAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTCTACTAGGTATGGGTATTGCGGTTACGGt  >  2:563311‑M2/3‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                          
AAGGTTTGTATTTAATTTTAAACTATTCGGTTAAATTGAACGTAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTTTGCAGCGTTATTACAAATAAAGAATTATAAACTCTTTGTTGCTAATATGTTTCTACTAGGTATGGGTATTGCGGTTACGGT  >  CP000730/748887‑749164

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.