| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | CP000730 | = 2097358 | 80 (1.150) | coding (62/1485 nt) | USA300HOU_1958 | hypothetical bacteriophage protein | |||||
TTAAAGCCGTTGTGAGATAAATAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCTTTTCTATAGACGCG > CP000730/2097211‑2097491 | ttAAAGCCGTTGTGAGATAAATAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGT < 2:108154‑M1/141‑1 (MQ=255) ccGTTGTGAGATAAATAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCTGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGTATTTCa < 1:309720/141‑1 (MQ=255) tgtgAGATAAATAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGTATTTCAAacc > 2:437935‑M2/1‑138 (MQ=255) gagaTAAATAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCACAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCGACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGAATTTCACaccctc < 2:276834‑M2/141‑7 (MQ=255) gagaTAAATAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGTATTTCAAaccctc > 2:777110‑M2/1‑135 (MQ=255) tAAATAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTTGAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGTTTTTCAAACCCTCTTTc > 2:354988/1‑141 (MQ=255) tAAATAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGTttgaaataccctctttt < 2:692933‑M1/141‑18 (MQ=255) tAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACa > 1:493436/1‑141 (MQ=255) aaGTCATCACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACa < 2:272184/140‑1 (MQ=255) gTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACATa > 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2:293514/1‑141 (MQ=255) cATAATTAAAAGAGGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCg < 1:307797/141‑1 (MQ=255) cATAATTAAAAGAGGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCg > 1:283151/1‑141 (MQ=255) cATAATTAAAAGAGGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATCGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCg > 1:283375/1‑141 (MQ=255) aaTTAAAAGAGGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGTAATTGGTTTGTTGTTCACTATAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCtt > 2:416839/1‑141 (MQ=255) aaaaGAGGGTATTTCAAaccctcttttaattatgttttaaaaactgaaaatgtagatggacgttcggggtctatatataaagggcgtaggcttgaatcttatagttttgatatacctttggtggtacgtaatgactattta < 2:692933‑M2/141‑125 (MQ=255) 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(MQ=255) gagGGTgtgaaattccctcttttaattatgttttaaaaactgaaaatgtcgatggacgttcggggtctatatataaagggcgtaggcttgaatcttatagttgtgatatacctttggtggtacgtaatgactatttatctc < 2:276834‑M1/141‑136 (MQ=255) gggTATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCTTTTCTATAGAc > 1:97786/1‑141 (MQ=255) ggTttgaaataccctcttttaattatgttttaaaaactgaaaatgtagatggacgttcggggtctatatataaagggcgtaggcttgaatcttatagttttgatatacctttggtggtacgtaatgactatttatctcaca > 2:437935‑M1/1‑3 (MQ=255) tATTTCAACCCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCTTTTCTATAGAcgcg < 2:337255/141‑1 (MQ=255) tATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCTTTTCTATAGAcgcg > 2:850219/1‑141 (MQ=255) tATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCTTTTCTATAGAcgcg < 1:512767/141‑1 (MQ=255) tATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCTTTTCTATAGAcgcg > 2:99371/1‑141 (MQ=255) | TTAAAGCCGTTGTGAGATAAATAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCTTTTCTATAGACGCG > CP000730/2097211‑2097491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |