| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | CP000730 | = 2097358 | 80 (1.150) | coding (62/1485 nt) | USA300HOU_1958 | hypothetical bacteriophage protein | |||||
TGTGAGATAAATAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCTTTTCTATAGACGCGTTC > CP000730/2097221‑2097494 | tgtgAGATAAATAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGTATTTCAAacc > 2:437935‑M2/1‑138 (MQ=255) gagaTAAATAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCACAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCGACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGAATTTCACaccctc < 2:276834‑M2/141‑7 (MQ=255) gagaTAAATAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGTATTTCAAaccctc > 2:777110‑M2/1‑135 (MQ=255) tAAATAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTTGAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGTTTTTCAAACCCTCTTTc > 2:354988/1‑141 (MQ=255) 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2:692933‑M2/141‑125 (MQ=255) agagGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCGTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCTTTTCtata > 2:305411/1‑141 (MQ=255) agagGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCTTTTCtatt > 2:111821/1‑140 (MQ=255) agagGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCTTTTCtata > 2:275829/1‑141 (MQ=255) agagGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCTTTTCtata < 2:760393/141‑1 (MQ=255) agagGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCTTTTCtata < 1:614278/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCAAACCCTCTTCCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTCCTAAACTGTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCTTTTCTATAGACGCGTTc < 2:2999/141‑1 (MQ=255) | TGTGAGATAAATAGTCATTACGTACCACCAAAGGTATATCAAAACTATAAGATTCAAGCCTACGCCCTTTATATATAGACCCCGAACGTCCATCTACATTTTCAGTTTTTAAAACATAATTAAAAGAGGGTATTTCAAACCCTCTTTCGACATACAACCAAGGAATTGTTTTGTTGTTCACTTTAATAGTGTCTATCATTGAATAGCAATTCCTCCTTTTCTAAACTTTACTTTTGTTGATTCTTGCCTTTCTCGCTTTTCTATAGACGCGTTC > CP000730/2097221‑2097494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |