| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 769469 = | 61 (0.960) | 3 (0.050) | 3/258 | 10.7 | 4.6% | intergenic (+56/‑237) | norA/USA300HOU_0719 | MFS family major facilitator transporter/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 769512 = | 66 (1.100) | intergenic (+99/‑194) | norA/USA300HOU_0719 | MFS family major facilitator transporter/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCTATAGGTGTTTCATTAGCAGGTGTTGTTATTGTTTTAATTGAAAAGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTT > CP000730/769330‑769604 | gCTATAGGTGTTTCATTAGCAGGTGTTGTTATTGTTTTAATTGAAAAGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAg > 2:215035/1‑141 (MQ=255)gCTATAGGTGTTTCATTAGCAGGTGTTGTTATTGTTTTAATTGAAAAGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAg > 1:237190/1‑141 (MQ=255) tataGGTGTTTCATTAGCAGGTGTTGTTATTGTTTTAATTGAAAAGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCa < 1:687629/141‑1 (MQ=255) tAGCAGGTGTTGTTATTGTTTTAATTGAAAAGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATg < 1:215035/141‑1 (MQ=255) gCAGGTGTTGTTATTGTTTTAATTGAAAAGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGaa < 1:102619/141‑1 (MQ=255) tgttgtTATTGTTTTAATTGAAAAGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTACATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATAAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGaaatgtt > 1:248853/1‑136 (MQ=255) tgttATTGTTTTAATTGAAAAGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTttatta < 2:623498/141‑1 (MQ=255) gTTTTAATTGAAAAGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAAt > 2:449748/1‑141 (MQ=255) aTTGAAAAGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATg > 2:13264/1‑141 (MQ=255) ttGAAAAGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGc > 1:696096/1‑141 (MQ=255) aaaaaGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCtt < 2:468544/140‑1 (MQ=255) aaaaGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCttt > 1:505123/1‑141 (MQ=255) aaaaGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCttt > 1:409330/1‑141 (MQ=255) aaaGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTTTTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTa < 1:57706/141‑1 (MQ=255) aGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACa > 2:69904/1‑141 (MQ=255) cAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACAtt > 2:358874/1‑141 (MQ=255) aCATAAAGAAAAATTGAAATAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTa < 2:545763/141‑1 (MQ=255) aTAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTaaa > 1:444368/1‑141 (MQ=255) aTAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTaaa < 1:26668/141‑1 (MQ=255) aTAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTaaa < 2:532086/141‑1 (MQ=255) agagCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTaaaaa < 1:699706/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACt > 1:434062/1‑141 (MQ=255) aaaaTATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGt < 1:329377/141‑1 (MQ=255) tAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTActct > 1:130819/1‑141 (MQ=255) aGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTTTTTTTTATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCtt > 2:159198/1‑141 (MQ=255) aGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCtt > 1:66007/1‑141 (MQ=255) aGTACTTGGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATAtt < 2:555134/141‑1 (MQ=255) gTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATAttt < 2:327354/141‑1 (MQ=255) gTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATAttt > 2:67669/1‑141 (MQ=255) gTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATAttt < 1:342086/141‑1 (MQ=255) ttttGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTaaa > 1:223440/1‑141 (MQ=255) tttGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAAt < 1:363755/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tatTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATttaaatgttaaatga < 2:253869/141‑2 (MQ=255) tGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAAc < 1:441801/141‑1 (MQ=255) gATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACa < 2:69539/141‑1 (MQ=255) atatAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACaa > 1:231082/1‑141 (MQ=255) aaagtaaagCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACaaaaaa > 1:616477/1‑141 (MQ=255) aaagtaaagCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACaaaaaa < 2:188097/141‑1 (MQ=255) agtaaagCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATg > 1:354361/1‑141 (MQ=255) aaagCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGAtt > 2:118478/1‑141 (MQ=255) aaagCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGAtt > 2:58661/1‑141 (MQ=255) agCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGAtttt > 1:229557/1‑141 (MQ=255) agCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGAtttt > 1:461234/1‑141 (MQ=255) agCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGAtttt > 1:461541/1‑141 (MQ=255) cGTAATATTGTGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGa > 1:618844/1‑141 (MQ=255) tatGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATaaa < 1:111173/141‑1 (MQ=255) atgaatgaTTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCTATTGACTAAAAGTATTACACTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAAc > 1:421138/1‑141 (MQ=255) atgaTTTGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGt < 1:145734/141‑1 (MQ=255) tgaTTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGtt < 2:409330/141‑1 (MQ=255) | GCTATAGGTGTTTCATTAGCAGGTGTTGTTATTGTTTTAATTGAAAAGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTT > CP000730/769330‑769604 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |