| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 769469 = | 61 (0.960) | 3 (0.050) | 3/258 | 10.7 | 4.6% | intergenic (+56/‑237) | norA/USA300HOU_0719 | MFS family major facilitator transporter/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 769512 = | 66 (1.100) | intergenic (+99/‑194) | norA/USA300HOU_0719 | MFS family major facilitator transporter/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GAAAAGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCTTTTTAAATTGCAATCCACATACCTAATTCATT > CP000730/769372‑769652 | aaaaaGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCtt < 2:468544/140‑1 (MQ=255) aaaaGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCttt > 1:409330/1‑141 (MQ=255) aaaaGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCttt > 1:505123/1‑141 (MQ=255) aaaGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTTTTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTa < 1:57706/141‑1 (MQ=255) aGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACa > 2:69904/1‑141 (MQ=255) cAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACAtt > 2:358874/1‑141 (MQ=255) aCATAAAGAAAAATTGAAATAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTa < 2:545763/141‑1 (MQ=255) aTAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTaaa < 1:26668/141‑1 (MQ=255) aTAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTaaa < 2:532086/141‑1 (MQ=255) aTAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTaaa > 1:444368/1‑141 (MQ=255) agagCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTaaaaa < 1:699706/141‑1 (MQ=255) gCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGAt < 1:578989/141‑1 (MQ=255) aTTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGAt > 2:491989/1‑141 (MQ=255) ttGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGACTAATTCGCATCGTTATTCTTATGAATTTTATTAAGAAACTTCGATGCTTTACATTTagtcaatcgaatct < 1:630417/141‑14 (MQ=255) ttGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGAtt > 2:702516/1‑141 (MQ=255) gAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATGTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATGCGATGCTTTACATTTAAAAAGATGCGATTGa > 2:154632/1‑141 (MQ=255) aaaGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGAc > 2:382082/1‑141 (MQ=255) aaGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACt > 1:434062/1‑141 (MQ=255) aaaaTATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGt < 1:329377/141‑1 (MQ=255) tAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTActct > 1:130819/1‑141 (MQ=255) aGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTTTTTTTTATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCtt > 2:159198/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tttGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAAt < 1:363755/141‑1 (MQ=255) ttGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATg > 1:300467/1‑141 (MQ=255) tGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGt < 1:67669/141‑1 (MQ=255) tGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGt > 1:670737/1‑141 (MQ=255) ggTGTAAATCGATATCAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAACAAGATTCGATTGACTATATGTTTTAATCACTCTATTCAAATGtt > 2:32617/1‑141 (MQ=255) tataTTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTatat < 1:491989/141‑1 (MQ=255) atatTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATg > 1:27091/1‑141 (MQ=255) tatTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATttaaatgttaaatga < 2:253869/141‑2 (MQ=255) tGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAAc < 1:441801/141‑1 (MQ=255) gATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACa < 2:69539/141‑1 (MQ=255) atatAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACaa > 1:231082/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) agCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGAtttt > 1:461541/1‑141 (MQ=255) agCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGAtttt > 1:461234/1‑141 (MQ=255) cGTAATATTGTGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGa > 1:618844/1‑141 (MQ=255) tatGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATaaa < 1:111173/141‑1 (MQ=255) atgaatgaTTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCTATTGACTAAAAGTATTACACTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAAc > 1:421138/1‑141 (MQ=255) atgaTTTGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGt < 1:145734/141‑1 (MQ=255) tgaTTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGtt < 2:409330/141‑1 (MQ=255) gCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAat > 1:28072/1‑141 (MQ=255) cATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAata > 2:530894/1‑141 (MQ=255) aTCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTAc > 2:330996/1‑77 (MQ=255) aTCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTAc < 1:330996/77‑1 (MQ=255) ttgcTTATGAATTTTATTAAGGAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTGTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACTAATATTACAtt < 2:114050/138‑1 (MQ=255) ttCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTc > 2:199141/1‑141 (MQ=255) tATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCtttt > 2:673766/1‑141 (MQ=255) aTGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCttttt > 1:631758/1‑141 (MQ=255) tGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCTTTTTa > 1:563108/1‑141 (MQ=255) gAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCTTTTTaa < 1:462333/141‑1 (MQ=255) attaAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCTTTTTAAATTGCaa > 2:672387/1‑141 (MQ=255) ttaAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCTTTTTAAATTGCAAt > 2:284655/1‑141 (MQ=255) ttaAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCTTTTTAAATTGCAAt > 1:480001/1‑141 (MQ=255) aaaaTTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCTTTTTAAATTGCAATCcaca > 2:221673/1‑141 (MQ=255) ttCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCTTTTTAAATTGCAATCCACATAcc > 2:108313/1‑141 (MQ=255) gATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCTTTTTAAATTGCAATCCACATACCTaa > 1:86513/1‑141 (MQ=255) aTGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCTTTTTAAATTGCAATCCACATACCTAAt > 2:132498/1‑141 (MQ=255) cTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCTTTTTAAATTGCAATCCACATACCTAATTCa > 2:538394/1‑141 (MQ=255) tttACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCTTTTTAAATTGCAATCCACATACCTAATTCAt < 2:618844/141‑1 (MQ=255) ttACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCTTTTTAAATTGCAATCCACATACCTAATTCAtt < 2:220209/141‑1 (MQ=255) | GAAAAGCAACATAGAGCAAAATTGAAAGAACAAAATATGTAGCATAAGTATTTTGGTGTATATTGATATAAAGTAAAGCGTAATATTATGAATGATTAGCATCGTTTTTCTTATGAATTTTATTAAGAAAATTCGATGCTTTACATTTAAAAAGATTCGATTGACTAAATGTTTTACTCTTTATATTTAAATGTTATATGTAACAAAAAATGATTTTGAGTAATAAACATGTTACAAATATTACATTCTTTTTAAATTGCAATCCACATACCTAATTCATT > CP000730/769372‑769652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |