| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2080726 = | 72 (0.890) | 12 (0.160) | 10/252 | 8.9 | 15.7% | intergenic (‑194/+49) | USA300HOU_1938/USA300HOU_1939 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 2080759 = | 64 (0.870) | intergenic (‑227/+16) | USA300HOU_1938/USA300HOU_1939 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTGAATTTCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAGTGTCATCATCCCTTCTTGCCACC > CP000730/2080588‑2080866 | ttGAATTTCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAAc > 1:604051/1‑141 (MQ=255) gAATTTCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAAccc < 1:784713/141‑1 (MQ=255) aaTTTCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAAcccc < 2:834080/141‑1 (MQ=255) tttCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAATCCAGTCAAGCTAAATGATTATTGATTGCGATATATGGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCaa < 1:470377/141‑1 (MQ=255) ttCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAg > 1:476399/1‑141 (MQ=255) tCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGt < 2:495776/141‑1 (MQ=255) aaaaGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCt > 1:366266/1‑141 (MQ=255) aaaaGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCt < 1:139823/141‑1 (MQ=255) aaaaGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCt > 1:579977/1‑141 (MQ=255) aaGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTgg > 1:692591/1‑141 (MQ=255) aGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGt > 2:762170/1‑141 (MQ=255) gTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTa > 1:62175/1‑141 (MQ=255) ttCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACATCCCCAAGTCTGGTAc > 2:296252/1‑141 (MQ=255) aaGGTACTAATCACTTTCCACTAAACCAGCGCAACAAGGCCTTTCAATCAATATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACcag < 1:31211/141‑1 (MQ=255) aaGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTgctggtac < 2:292556/141‑8 (MQ=255) aaGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACcag < 1:762478/141‑1 (MQ=255) aGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATAGTACACAACCCCAAGTCTGGTACcagc > 1:682274/1‑141 (MQ=255) ggTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTgctggtacca < 1:307649/141‑10 (MQ=255) gTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACcagcag > 2:133439/1‑141 (MQ=255) cTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACt > 1:206700/1‑141 (MQ=255) tCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTATACAACCCCAAGTCTGGTACCATCAGATTTtgg > 1:118987/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaTAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTAtgtgt > 2:313857/1‑141 (MQ=255) aaaTAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTAtgtgt > 2:764563/1‑141 (MQ=255) aGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAg > 2:666659/1‑141 (MQ=255) gcAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGAt < 1:489044/141‑1 (MQ=255) gcAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGAt < 1:542847/141‑1 (MQ=255) acaaAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGTAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCAt > 1:333581/1‑141 (MQ=255) aaaaTCATTCAATATAAATGATTATTTATTGCGGTATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTAGACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCAttt < 2:254270/141‑1 (MQ=255) aaaCCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCAtttt < 2:713763/141‑1 (MQ=255) aaCCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCAttttt < 2:466159/141‑1 (MQ=255) aaCCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCAttttt < 2:618989/141‑1 (MQ=255) cATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTAt > 2:387805/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) attgattgCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTa < 2:242010/141‑1 (MQ=255) tgattgCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAAc > 1:743979/1‑141 (MQ=255) gattgCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAAcc < 2:58680/141‑1 (MQ=255) gattgCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAAcc < 2:550749/141‑1 (MQ=255) ttgCGATATATTGTATTCAATGATATTATTTAAGTCTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTTTTTCCAGTTTATGTTGTTTTATTTAGATGTGTATGATCATTTTTTATTTTTCCACTTCAGTTCTAACCaa < 2:561322/141‑1 (MQ=255) tgCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTAAACTAAAAAAAAAAAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTATaaaaaaa < 2:814142/141‑6 (MQ=255) cGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGt < 1:279445/141‑1 (MQ=255) atatatTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCg < 1:195422/141‑1 (MQ=255) atTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑aaaa < 2:579977/141‑1 (MQ=255) ttGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑aaaaa > 1:360501/1‑141 (MQ=255) gtgtTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAaata > 1:652520/1‑141 (MQ=255) aaTGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCTATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGt > 2:193864/1‑141 (MQ=255) aTGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTa > 2:692025/1‑141 (MQ=255) aTGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTa > 1:216439/1‑141 (MQ=255) atatTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGc < 1:423604/141‑1 (MQ=255) tattatTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAGATAATTAGTAAGcc > 1:537018/1‑141 (MQ=255) tattTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCAcc < 1:211619/141‑1 (MQ=255) attTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTTAGTTCTAACCAAAGTCGAAAAAATAATTAGTAAGCCAcc > 2:319095/1‑141 (MQ=255) tAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGta > 1:193791/1‑141 (MQ=255) aaGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTTTTTTTTTTTTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTTGTACTCCACCTGtaa > 2:217889/1‑141 (MQ=255) aGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAGGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGtaat < 1:855656/141‑1 (MQ=255) gtgtATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAACTAATTAGTAAGCCACCTGtaata > 2:29806/1‑141 (MQ=255) tgtATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGtaataa < 1:22501/141‑1 (MQ=255) aGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAGTGtcatca < 1:754762/141‑1 (MQ=255) ataCTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAGTGTCATCATCCctt < 1:681728/141‑1 (MQ=255) ataCTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAGTGTCATCATCCctt < 2:476399/141‑1 (MQ=255) ataCTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAGTGTCATCATCCctt > 1:827446/1‑141 (MQ=255) tactacACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAGTGTCATCATCCcttc > 1:280060/1‑141 (MQ=255) aaCCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAGTGTCATCATACCTTCTTGccacc > 1:208053/1‑141 (MQ=255) | TTGAATTTCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAGTGTCATCATCCCTTCTTGCCACC > CP000730/2080588‑2080866 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |