| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 346179 | 79 (0.980) | 3 (0.050) +TTAGGGCTATTATTTACAAATAATATAATACTGCAAAGACTCGAA |
3/188 | 10.7 | 5.3% | intergenic (+129/‑7) | USA300HOU_0310/USA300HOU_0311 | hypothetical membrane protein/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | = 349794 | 80 (0.990) | intergenic (+346/‑240) | USA300HOU_0316/USA300HOU_0317 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATTATAATTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAA > CP000730/346044‑346319 | attatAATTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATga > 2:340893/1‑141 (MQ=255) ttatAATTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATgag > 2:482940/1‑141 (MQ=255) tataATTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATgaga > 2:373346/1‑141 (MQ=255) ataATTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGAt > 1:186257/1‑141 (MQ=255) aTTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGa < 1:75577/141‑1 (MQ=255) tATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAAc < 2:100916/141‑1 (MQ=255) tATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAAc > 1:768803/1‑141 (MQ=255) aTTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAAcc > 2:29530/1‑141 (MQ=255) aTTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAAAAATGAGAAGGAGTTAATGAGATGGAAAAca > 2:795294/1‑140 (MQ=255) ttACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCa > 1:147702/1‑141 (MQ=255) aCATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCaaa > 1:184264/1‑141 (MQ=255) aCATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCaaa > 1:588354/1‑141 (MQ=255) ataGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACa < 2:802245/141‑1 (MQ=255) ataGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACa < 1:608476/141‑1 (MQ=255) tgtgGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGTGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACacagca > 2:799222/1‑136 (MQ=21) tgtgGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCa > 2:360589/1‑141 (MQ=255) tAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCt < 1:547605/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCtt < 1:188016/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCtt < 1:833392/141‑1 (MQ=255) aaTTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTa > 1:473440/1‑141 (MQ=255) aaTTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTa < 1:428926/141‑1 (MQ=255) aTTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTTTTTTATTTTTAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGGAGAAGTTAATGAGATGGAATACCAAAAACAAGGCAATGGCTTaa > 2:561361/1‑141 (MQ=21) aTTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTaa < 1:499879/141‑1 (MQ=255) aTTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTaa < 1:29530/141‑1 (MQ=255) atttatGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTg > 1:696399/1‑141 (MQ=255) atttatGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTGTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAAAAATAAGAAGAAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTg > 2:742356/1‑141 (MQ=25) tttatGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTGTAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGc < 2:281687/141‑1 (MQ=255) tatGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGAAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTTCaa > 2:404898/1‑141 (MQ=255) atGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTTCTTTTTTTTTAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCTATGGCTTAAAAATTGCAAc > 2:352030/1‑141 (MQ=25) atGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTATTATATTTTTAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCaaa > 2:834002/1‑140 (MQ=255) atGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAAc > 2:59979/1‑141 (MQ=255) tGATAAAAAAGTATAGGTAATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGt < 1:697177/141‑1 (MQ=255) tAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGtatt < 1:553993/141‑1 (MQ=255) aaaaaaGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGtattt < 1:482940/141‑1 (MQ=255) aaaaaGTATATACTATTAATATCTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATAGTTAAATAAATTGAAAGTTAAAATAATTTGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCCAAACCAAGGCAATGACTTAAAAATTGCAACATTGGtatttt > 2:374615/1‑140 (MQ=21) aaaaaGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTCTAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTCATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGtattta > 1:619571/1‑141 (MQ=255) aaaaaGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGtattta < 2:852349/141‑1 (MQ=255) aaaaaGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGtattta < 1:10444/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=25) taCTATTAATATCTTTTTTTTTATTTTTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGACAATGGCTTAAAAATTGCAACATGTGTATTTATTGTATTaaa > 2:825079/1‑140 (MQ=25) tatCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTac > 1:534666/1‑141 (MQ=255) atCTTTTTTTTTTTTTTTATAAATAGATAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGCAAAACCAAAAACAAGTCAATGTCTTAAAAATTTCATTTTTTTTATTTATTGTATTAACAGTAGTTaca > 2:501317/1‑141 (MQ=21) tCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTacac < 1:59979/141‑1 (MQ=255) cTTTTTTACTTTTTTTTTAAATAGTTAAATAAATTGTAATACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAATACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACTTAGGTATTTATTGTATTAATTGTAGTTACAcc > 2:394720/1‑141 (MQ=37) cTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACAcc > 2:843136/1‑141 (MQ=255) tACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTAtt < 2:696399/141‑1 (MQ=255) aCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTAttt < 1:413306/141‑1 (MQ=255) cTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTg < 2:670094/141‑1 (MQ=255) aaTTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTAt < 1:654295/141‑1 (MQ=255) aTTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTAtt < 2:186257/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTACTGGAAGTATTGTTTGTAGTatta > 1:154521/1‑141 (MQ=255) aaaGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTattaa > 2:673939/1‑141 (MQ=255) aGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGAATAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTattaatt < 1:54868/141‑1 (MQ=255) gACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTattaatta < 1:322143/141‑1 (MQ=255) aataatGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATaaaa > 1:8883/1‑141 (MQ=255) tGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATAc > 2:105971/1‑141 (MQ=255) tAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATg < 2:188929/141‑1 (MQ=255) aGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGa < 1:405012/141‑1 (MQ=255) tAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGaaaa < 1:742356/141‑1 (MQ=255) tAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGaaaa < 1:795294/141‑1 (MQ=255) | ATTATAATTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAA > CP000730/346044‑346319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |