New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 1383498 = | 38 (1.110) | 4 (0.120) | 4/266 | 4.9 | 9.6% | coding (2421/2706 nt) | acnA | aconitate hydratase |
? | CP000730 | 1383517 = | 39 (1.190) | coding (2440/2706 nt) | acnA | aconitate hydratase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCTGCAATGAAATATAAAGAAGATGGTACAGGTTTAGTTGTATTAGCTGGTAACGATTATGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTCTAGATGGTACAGAAGAAATTTCTGTTAATATTGATGAAAATGTTCAACCACATGA > CP000730/1383361‑1383638 | gctgcAATGAAATATAAAGAAGATGGTACAGGTTTAGTTGTATTAGCTGGTAACGATTATGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGaa > 1:277282/1‑141 (MQ=255) gAAATATAAAGAAGATGGTACAGGTTTAGTTGTATTAGCTGGTAACGATTATGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCa < 1:48015/141‑1 (MQ=255) gAAATATAAAGAAGATGGTACAGGTTTAGTGGTATTAGCTGGTAACGATTATGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACgatggat < 2:145207/141‑7 (MQ=255) ataAAGAAGATGGTACAGGTTTAGTTGTATTAGCTGGTAACGATTATGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGtt > 2:175379/1‑141 (MQ=255) ataAAGAAGATGGTACAGGTTTAGTTGTATTAGCTGGTAACGATTATGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTAATAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGtt > 2:175394/1‑141 (MQ=255) aagaagATGGTACAGGTTTAGTTGTATTAGCTGGTAACGATTATGGTATGGGTTCATCTTGTGATTGGGCAGCAAAAAGTACAAACTTATTATGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATTAACGTATCCATCGTTCaa > 2:108825/1‑141 (MQ=255) aTGGTACAGGTTTAGTTGTATTAGCTGGTAACGATTATGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAg > 1:158914/1‑141 (MQ=255) aTGGTACAGGTTTAGTTGTATTAGCTGGTAACGATTATGGTATGGGTTAATCTCGTGACTGGGAAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGGTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAg < 2:144319/141‑1 (MQ=255) tGGTACAGGTTTAGTTGTATTAGCTGGTAACGATTANGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTNCAAATTTAGt > 1:90078/1‑141 (MQ=255) aCAGGTTTAGTTGTATTAGCTGGTAACGATTATGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTatg > 2:79913/1‑141 (MQ=255) ttAGTTGTATTAGCTGGTAACGATTATGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGgt < 2:152835/141‑1 (MQ=255) gTTGTATTAGCTGGTAACGATTATGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTa < 1:360013/141‑1 (MQ=255) aGCTGGTAACGATTATGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCAtt < 1:201233/141‑1 (MQ=255) gTAACGATTATGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTCTGATGGCTGTATTACCAtaaaaaa < 2:353850/141‑7 (MQ=255) aaCGATTATGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGttt > 1:367668/1‑141 (MQ=255) aCGATTATGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTa < 2:158914/141‑1 (MQ=255) tggGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAAt < 2:109992/141‑1 (MQ=255) ttCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGc < 1:291763/141‑1 (MQ=255) ttCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGc < 1:291772/141‑1 (MQ=255) tCATCTCGTTACTGGGCAGTAAAATGTATAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCAAAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGAGGGGTGTATTACCAATAAAAATTAAAAAAGGTGAATCAGCt < 2:179255/141‑1 (MQ=255) aTCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGa > 1:188843/1‑141 (MQ=255) tcGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATtc > 1:232895/1‑141 (MQ=255) gACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACATATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCtt > 1:213055/1‑141 (MQ=255) gACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACATATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCtt > 1:212983/1‑141 (MQ=255) gggCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTc < 2:2852/141‑1 (MQ=255) aaaGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTCTAGATGGt > 1:115167/1‑141 (MQ=255) aaaGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTCTAGATGGt > 1:335916/1‑141 (MQ=255) aaaGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTCTAGATGGt > 2:17100/1‑141 (MQ=255) gTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATAGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTAAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTCTAGATGGTACag < 2:230569/141‑1 (MQ=255) aCAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTCTAGATGGTACagaa < 1:179821/141‑1 (MQ=255) aaaCTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTCTAGATGGTACagaaga < 1:266734/141‑1 (MQ=255) tattaGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTCTAGATGGTACAGAAGAAAttt > 2:2105/1‑141 (MQ=255) gtgtTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTCTAGATGGTACAGAAGAAATTTCTGTTa > 1:208798/1‑141 (MQ=255) gTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTCTAGATGGTACAGAAGAAATTTCTGTTAATATTGATGaa > 1:142612/1‑141 (MQ=255) aTTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTCTAGATGGTACAGAAGAAATTTCTGTTAATATTGATGAAAAt > 2:144377/1‑141 (MQ=255) gCACAAACTTATGAACGTAACCATCGTTCAAATGTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTGTAAAAAAGGTGAATCAGCTAACTCTCTTGGTCTAGTTGTTACAGAAGAAATTTCCGGTAATATTGATGAAAATGtt > 2:87400/1‑141 (MQ=255) acaAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGTTTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTCTAGATGGTACAGAAGAAATTTCTGTTAATATTGATGAAAATGTTCa < 1:3314/141‑1 (MQ=255) aTGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTCTAGATGGTACAGAAGAAATTTCTGTTAATATTGATGAAAATGTTCAACCACATg > 1:44900/1‑141 (MQ=255) tGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTCTAGATGGTACAGAAGAAATTTCTGTTAATATTGATGAAAATGTTCAACCACATGa > 2:38042/1‑141 (MQ=255) | GCTGCAATGAAATATAAAGAAGATGGTACAGGTTTAGTTGTATTAGCTGGTAACGATTATGGTATGGGTTCATCTCGTGACTGGGCAGCAAAAGGTACAAACTTATTAGGTGTTAAAACAGTTATTGCACAAAGTTATGAACGTATCCATCGTTCAAATTTAGTTATGATGGGTGTATTACCATTAGAGTTTAAAAAAGGTGAATCAGCTGATTCTCTTGGTCTAGATGGTACAGAAGAAATTTCTGTTAATATTGATGAAAATGTTCAACCACATGA > CP000730/1383361‑1383638 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |