New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 2857675 = | 28 (0.820) | 4 (0.130) | 4/258 | 4.8 | 10.8% | coding (90/96 nt) | USA300HOU_2700 | hypothetical protein |
? | CP000730 | 2857737 = | 40 (1.260) | coding (28/96 nt) | USA300HOU_2700 | hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAATTATTT > CP000730/2857599‑2857875 | aGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTAttt > 1:204233/1‑141 (MQ=255) aGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTa > 2:20102/1‑141 (MQ=255) gCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTAAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTAtt < 1:191221/141‑1 (MQ=255) aCTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTATTCCATTATGCTACGCACTAAGTAAACATATTAAAATTGTTTCATTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGAGTATTTTTCTATTTaa > 1:368738/1‑141 (MQ=255) cTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTTTTTTTTTTTTTCACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCATTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGTGCGTATTTTTCTATTTAAATTGtt > 2:126534/1‑140 (MQ=255) aCCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTAtt > 2:345886/1‑134 (MQ=255) aCCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTAtt < 1:345886/134‑1 (MQ=255) gttgCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCt > 2:150576/1‑141 (MQ=255) ttgCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCtt > 2:135091/1‑141 (MQ=255) ttAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAAttt < 1:122699/141‑1 (MQ=255) tAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTa > 1:30495/1‑141 (MQ=255) acCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAAtt < 1:223473/141‑1 (MQ=255) gCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGt < 1:123477/141‑1 (MQ=255) cttcttCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTc < 2:46499/141‑1 (MQ=255) cttcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGt > 2:247662/1‑141 (MQ=255) ttATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTaaaa > 1:85348/1‑141 (MQ=255) tATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAAt > 1:289599/1‑141 (MQ=255) tGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTACTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAAttt < 1:352773/141‑1 (MQ=255) tACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAAt < 1:351598/141‑1 (MQ=255) ctctCAGTAGTCATCTTTAAATCGTGTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTGAGTATTTCTGTTTAAAAGTTAATtata < 2:226678/141‑1 (MQ=255) tgagtagtCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGAGGACTTCATATTGAGAGCTTATTTTTCTATTGAAAATGTATTTATCCAACATTCAATGCTTTCGAACTCAAAATTTCAGTATTTCTGCTTAAAATTTAATTATAATc < 2:75653/139‑1 (MQ=255) tcAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATc > 2:98068/1‑141 (MQ=255) tcAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATc < 1:258407/141‑1 (MQ=255) tcAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATc < 2:96044/141‑1 (MQ=255) cAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCt > 1:318192/1‑141 (MQ=255) agtagtCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCtt > 2:291625/1‑141 (MQ=255) tCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATa > 2:344270/1‑141 (MQ=255) tCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATa > 1:22790/1‑141 (MQ=255) aTCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACa < 1:299748/141‑1 (MQ=255) tttAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACagga < 2:339815/141‑1 (MQ=255) aaTCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGgcg > 1:364854/1‑141 (MQ=255) aaTCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGgcg > 2:155693/1‑141 (MQ=255) aaTCGTTTCTTTTAGAGATAACTTCATTTCGAGAGAGTATTTTTTTGTTTAAAATCTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTCAATTTTACTTGTAATCTTTacaaaagagggcc > 2:266941/1‑129 (MQ=255) aTCGTTTCTTTTATAGATTACTGCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCTAATTTAAATTTGCATTATTTCTGTTTAAAATTTAATGATAATCTTTAATACAGGAGgcgc < 2:368738/141‑1 (MQ=255) aTCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGgcgc < 1:262357/141‑1 (MQ=255) aTCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGgcgc < 1:156065/141‑1 (MQ=255) tttAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTAt > 1:9663/1‑141 (MQ=255) tAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGa < 2:85348/141‑1 (MQ=255) agaTGAATTTATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGTTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAata > 2:131489/1‑141 (MQ=255) cTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGa > 2:306827/1‑141 (MQ=255) gagaGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAgaga > 1:239081/1‑141 (MQ=255) agagCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCTAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGATGCGCTATGCTTATGAATATTACGAAGTTAGAGaa > 2:340053/1‑141 (MQ=255) gagCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAat > 1:105650/1‑141 (MQ=255) tATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAATTAttt < 1:173197/141‑1 (MQ=255) tATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAATTAttt < 1:315662/141‑1 (MQ=255) tATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAATTAttt < 1:30442/141‑1 (MQ=255) tATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAATTAttt < 1:98068/141‑1 (MQ=255) | AGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAATTATTT > CP000730/2857599‑2857875 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |