| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2681054 | 68 (1.070) | 3 (0.050) | 3/268 | 10.4 | 4.2% | intergenic (‑89/+490) | USA300HOU_2538/mvaA | hypothetical protein/hydroxymethylglutaryl‑CoA reductase |
| ? | CP000730 | = 2681066 | 70 (1.140) | intergenic (‑101/+478) | USA300HOU_2538/mvaA | hypothetical protein/hydroxymethylglutaryl‑CoA reductase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCTTTAATTCCATCTCTTAAATACATATAAATCTCTATTATAATCTCCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATGAGAAATTAAATTCTTATATGA > CP000730/2680916‑2681193 | tctTTAATTCCATCTCTTAAATACATATAAATCTCTATTATAATCTCCATAAATGTCATAAAAACTATATCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGAtatt < 2:522685/141‑1 (MQ=255) tttAATTCCATCTCTTAAATACATATAAATCTCTATTATAATCTCCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGAtattta < 1:143758/141‑1 (MQ=255) aaTTCCATCTCTTAAATACATATAAATCTCTATTATAATCTCCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTc < 2:206256/141‑1 (MQ=255) aaTTCCATATCTTAAATACATATAAATCTCTATTATAATCTCCATAACTGTCATATATACTCTCTCAAACACCATTATACTCAACATATTAAAAATAAGAAAGGTTCTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTc < 2:116240/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) taAATCTCTATTATAATCTCCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTActtc > 1:559068/1‑141 (MQ=255) aTCTCTATTATAATCTCCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCttt < 1:186087/141‑1 (MQ=255) tctATTATAATCTCCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTa < 2:519679/141‑1 (MQ=255) tataATCTCCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCt < 1:426936/141‑1 (MQ=255) tctcCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTgg > 1:369046/1‑141 (MQ=255) tctcCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTgg < 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(MQ=255) aaaaaaaCATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAaat < 2:527705/140‑1 (MQ=255) aaaaaCATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAaatgc < 1:140215/141‑1 (MQ=255) aaaaCATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAaatgca < 1:86881/141‑1 (MQ=255) aaaaCATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAaatgca > 2:35978/1‑141 (MQ=255) aCATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAaatgcaatg < 1:587227/141‑1 (MQ=255) cATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAaatgcaatgc < 2:369046/141‑1 (MQ=255) tttATACTCAAGATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGCGGAATAATTAATAATAATTGTATTTATATGCAATGCt < 2:373994/140‑1 (MQ=255) aTTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCATATTTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCt > 2:328131/1‑141 (MQ=255) aTTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCt < 2:108480/141‑1 (MQ=255) aTTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCt < 2:385355/141‑1 (MQ=255) tataCTCAATATATTAATAGTTAGGAAGCTTTTTTCAACTTATTTCGAAATTTCGAATTGATTTTCCGGATTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGGATTTAAATGCAATGCtgt < 1:272535/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaaTAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTa < 1:194096/141‑1 (MQ=255) aaaTAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTAc > 2:364412/1‑141 (MQ=255) aaTAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTAca < 2:657060/141‑1 (MQ=255) aaGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTGAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTAcaagc < 2:503500/141‑1 (MQ=255) aaaGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTAcaagcaag > 1:512582/1‑141 (MQ=255) aaGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGt < 1:640549/141‑1 (MQ=255) aGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTc < 2:350394/141‑1 (MQ=255) ttCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGaa > 1:420194/1‑141 (MQ=255) tCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGaaa < 1:473893/141‑1 (MQ=255) gAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATga > 1:620594/1‑141 (MQ=255) aTTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATgaga < 2:73555/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tatttattCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATGAGAAATTAAATTCTTATatga < 1:402427/141‑1 (MQ=255) tatttattCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATGAGAAATTAAATTCTTATatga < 2:489226/141‑1 (MQ=255) | TCTTTAATTCCATCTCTTAAATACATATAAATCTCTATTATAATCTCCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATGAGAAATTAAATTCTTATATGA > CP000730/2680916‑2681193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |