| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2681054 | 68 (1.070) | 3 (0.050) | 3/268 | 10.4 | 4.2% | intergenic (‑89/+490) | USA300HOU_2538/mvaA | hypothetical protein/hydroxymethylglutaryl‑CoA reductase |
| ? | CP000730 | = 2681066 | 70 (1.140) | intergenic (‑101/+478) | USA300HOU_2538/mvaA | hypothetical protein/hydroxymethylglutaryl‑CoA reductase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCTCTTAAATACATATAAATCTCTATTATAATCTCCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATGAGAAATTAAATTCTTATATGATGAATAAATGATG > CP000730/2680927‑2681206 | aTCTCTTAAATACATATAAATCTCTATTATAATCTCCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGt > 2:274932/1‑141 (MQ=255) tagaTACATATAAATCTCTAGTATAATCTCCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCtta < 1:169260/138‑1 (MQ=255) atatAAATCTCTATTATAATCTCCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTAc > 1:510334/1‑141 (MQ=255) ataAATCTCTATTATACTCTCTATACATCTCACATCACCACCCGCATGCAACATTATACTCTTTATATTAAAAATAAGATAGGTTGTTTCCGAATTTTCAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAATTTTCTTATTATTGctt < 2:609268/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tctcCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTgg > 1:369046/1‑141 (MQ=255) tctcCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTAAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTgg < 1:466528/141‑1 (MQ=255) ctcCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGa < 2:473444/141‑1 (MQ=255) tAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGaataat < 1:194146/141‑1 (MQ=255) tAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGaacaat < 2:533615/141‑1 (MQ=255) tGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAAtaattaat > 1:308319/1‑141 (MQ=255) gTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATtaata < 1:400800/141‑1 (MQ=255) atatCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATtaataata > 1:94872/1‑141 (MQ=255) atatCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATtaataata > 2:458716/1‑141 (MQ=255) tctcgcAACAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTAtt < 2:101595/141‑1 (MQ=255) tctcAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTa > 2:289855/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAaatgcaatgc < 2:369046/141‑1 (MQ=255) tttATACTCAAGATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGCGGAATAATTAATAATAATTGTATTTATATGCAATGCt < 2:373994/140‑1 (MQ=255) aTTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCATATTTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCt > 2:328131/1‑141 (MQ=255) aTTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCt < 2:385355/141‑1 (MQ=255) aTTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCt < 2:108480/141‑1 (MQ=255) tataCTCAATATATTAATAGTTAGGAAGCTTTTTTCAACTTATTTCGAAATTTCGAATTGATTTTCCGGATTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGGATTTAAATGCAATGCtgt < 1:272535/141‑1 (MQ=255) tataCTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCtgt > 1:185035/1‑141 (MQ=255) ataCTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAaatgc > 1:320464/1‑132 (MQ=255) ataCTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAaatgc < 2:320464/132‑1 (MQ=255) taCTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCtgttg < 2:653984/141‑1 (MQ=255) aCTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGTAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCtgttgt < 1:265586/141‑1 (MQ=255) atatatTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCttt < 2:506695/141‑1 (MQ=255) atatatTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCttt < 2:141089/141‑1 (MQ=255) atTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATa < 1:493574/141‑1 (MQ=255) ttAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATAc > 1:134550/1‑141 (MQ=255) tAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACt < 2:134032/141‑1 (MQ=255) tAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACt > 1:278584/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGt < 1:640549/141‑1 (MQ=255) aGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTc < 2:350394/141‑1 (MQ=255) ttCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGaa > 1:420194/1‑141 (MQ=255) tCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGaaa < 1:473893/141‑1 (MQ=255) gAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATga > 1:620594/1‑141 (MQ=255) aTTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATgaga < 2:73555/141‑1 (MQ=255) tttttAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATGAGaa < 2:147533/141‑1 (MQ=255) tttAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATGAGaaat < 2:260866/141‑1 (MQ=255) tttAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATGAGaaat < 1:75202/141‑1 (MQ=255) gTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATGAGaaattaaa < 1:208536/141‑1 (MQ=255) tATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTATTGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATGAGaaattaaat > 2:419776/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATGAGAAATTAAATTCTTATATGATGAATaaa < 1:167101/141‑1 (MQ=255) cTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATGAGAAATTAAATTCTTATATGATGAATaaa < 1:340097/141‑1 (MQ=255) aGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATGAGAAATTAAATTCTTATATGATGAATAAatgat > 1:300369/1‑141 (MQ=255) gTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATGAGAAATTAAATTCTTATATGATGAATAAatgatg > 1:502116/1‑141 (MQ=255) | ATCTCTTAAATACATATAAATCTCTATTATAATCTCCATAAATGTCATATCTCCTCTCTCAAAAAACATTATACTCAATATATTAAAAATAAGAAAGGTTTTTTCAGAATTTTTAGTATTTTCAGATATTTATTCTTAAGTATCTTATTATTACTTCTTTTTAACGCTAGTGGAATAATTAATAATAATTGTATTTAAATGCAATGCTGTTGTTCTTTCATACTTACAAGCAAGTCATAAGAAATGAGAAATTAAATTCTTATATGATGAATAAATGATG > CP000730/2680927‑2681206 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |