New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 2406948 = | 62 (0.970) | 3 (0.050) | 3/264 | 10.3 | 4.8% | coding (613/1716 nt) | ureC | urease alpha subunit |
? | CP000730 | 2406995 = | 61 (1.010) | coding (660/1716 nt) | ureC | urease alpha subunit | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AACTCCAGGTCCATGGCATATTCATAGAATGTTAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGATTTATGGAAGACACAATGGCTGCTGT > CP000730/2406857‑2407135 | accTCCAGGTCCATGGCATATTCATAGACTGTTAGAAGCTGCCGAAGGCTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCAATCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTAGATTaga < 2:610456/139‑3 (MQ=255) ccAGGTCCATGGCATATTCATAGAATGTTAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTa < 2:208235/141‑1 (MQ=255) gTCCATGGCATATTCATAGAATGTTAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATg < 2:641483/141‑1 (MQ=255) ccATGGCATATTCATAGAATGTTAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGaa < 2:386070/141‑1 (MQ=255) aTGGCATATTCATAGAATGTTAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGa > 1:494324/1‑141 (MQ=255) aTGGCATATTCATAGAATGTTAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGa < 2:232028/141‑1 (MQ=255) tatTCATAGAATGTTAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTgggg < 1:557255/141‑1 (MQ=255) tAGAATGTTAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATCGGATTACAAGTACATGAAGACTGTGGTGCAac > 2:594866/1‑141 (MQ=255) aaTGTTAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACAcc < 1:15549/141‑1 (MQ=255) tGTTAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCTTTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCAt < 1:522496/141‑1 (MQ=255) tGTTAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGTCTGGGGTGCAACACCAt < 2:220501/141‑1 (MQ=255) tGTTAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAAGTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCAt > 1:444215/1‑141 (MQ=255) gTTAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATc < 1:101186/141‑1 (MQ=255) gTTAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATc < 2:568540/141‑1 (MQ=255) ttAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACGATCt > 1:408342/1‑141 (MQ=255) aGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAACTCCAACTGCACTCATTGAACAAAGCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGc < 1:28239/141‑1 (MQ=255) aGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGc > 2:57172/1‑141 (MQ=255) aGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCttt > 2:657634/1‑141 (MQ=255) gCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTg > 1:128943/1‑141 (MQ=255) cGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATCGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCa > 2:277608/1‑141 (MQ=255) gAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCAt < 2:332227/141‑1 (MQ=255) gAAGGTTTACCGATTAATGTCGGCTTTAAAGGTAAAGGACAAGCAACAATTCCATCTGCACTCATTGAACAAATAAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTTCATGAAGACTGGAATGCAACACCACCTGCTTTGAGtaac < 2:342679/141‑4 (MQ=255) gTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCAt < 1:437099/141‑1 (MQ=255) ccGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGAt > 1:546264/1‑141 (MQ=255) cGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATg < 1:497009/141‑1 (MQ=255) gATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGt < 2:669017/141‑1 (MQ=255) aaTGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCt > 2:365979/1‑141 (MQ=255) tGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCtga < 2:464374/141‑1 (MQ=255) tCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTTGATTAAAATGGCAGGAATACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCtgatg > 1:576153/1‑141 (MQ=255) gTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGGCTGACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAAt < 1:665772/141‑1 (MQ=255) gTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAAt > 1:360984/1‑141 (MQ=255) tttACAGGTAAAGGACAAGAAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCCATTGGATTAAACGTCCATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAAttt < 1:170745/141‑1 (MQ=255) gTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTc > 1:33616/1‑141 (MQ=255) aaGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCaaa < 1:530677/141‑1 (MQ=255) ggACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAAtt < 1:667985/141‑1 (MQ=255) aCAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGc > 1:207757/1‑141 (MQ=255) aCAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGc < 1:403296/141‑1 (MQ=255) aacaaATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACa > 2:347710/1‑141 (MQ=255) caaATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATg > 2:225606/1‑141 (MQ=255) caaATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATg > 1:466137/1‑141 (MQ=255) ccAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGAt < 1:339262/141‑1 (MQ=255) aCTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACt < 1:327330/141‑1 (MQ=255) aCTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACt > 2:413687/1‑141 (MQ=255) gCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTa < 1:59344/141‑1 (MQ=255) gCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTa > 2:97072/1‑141 (MQ=255) cTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAAt > 2:607769/1‑141 (MQ=255) cATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGa > 1:271732/1‑141 (MQ=255) aTTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGaa < 2:123638/141‑1 (MQ=255) tGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAgt < 1:645127/141‑2 (MQ=255) aCAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTTATGAATTTGATGTTCAATTTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAgg < 2:21004/141‑1 (MQ=255) aaaTCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTGCATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGAt > 2:455707/1‑141 (MQ=255) aaaTCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGAt > 1:190816/1‑141 (MQ=255) aaTCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGAtt < 1:201243/141‑1 (MQ=255) tCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGATTTa > 1:195735/1‑141 (MQ=255) tCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTCGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGATTTa > 1:662560/1‑141 (MQ=255) aTGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCGTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGATTTATgg > 1:42375/1‑141 (MQ=255) tGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGATTTATGGa < 1:531976/141‑1 (MQ=255) ccGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGATTTATGGAAg > 1:388611/1‑141 (MQ=255) ccGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTAATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGAAGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGTTGAAAGATTTATGGAAg > 1:549155/1‑141 (MQ=255) aGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGATTTATGGAAGacac > 1:189431/1‑141 (MQ=255) gcaaagggggtAAAAGGACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGACGGGTTTATGGAAGAcaca < 1:55882/131‑1 (MQ=255) aaTTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGATTTATGGAAGACACAAt < 2:48478/141‑1 (MQ=255) ttGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGATTTATGGAAGACACAATgg < 1:408245/141‑1 (MQ=255) ggATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGATTTATGGAAGACACAATGgct < 1:88057/141‑1 (MQ=255) ttAAAAGTACATGAAGACTAGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGATTTATGGAAGACACAATGgctgct < 2:580812/141‑1 (MQ=255) aaaaGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCAGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGATTTATGGAAGACACAATGGCTGCTGt < 2:380315/141‑1 (MQ=255) | AACTCCAGGTCCATGGCATATTCATAGAATGTTAGAAGCTGCCGAAGGTTTACCGATTAATGTCGGTTTTACAGGTAAAGGACAAGCAACAAATCCAACTGCACTCATTGAACAAATCAATGCCGGAGCAATTGGATTAAAAGTACATGAAGACTGGGGTGCAACACCATCTGCTTTGAGTCATGCATTAGATGTTGCTGATGAATTTGATGTTCAAATTGCATTACATGCAGATACTTTAAATGAAGCAGGATTTATGGAAGACACAATGGCTGCTGT > CP000730/2406857‑2407135 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |