| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 691779 = | 101 (1.130) | 3 (0.040) | 3/248 | 15.1 | 3.2% | coding (43/1056 nt) | USA300HOU_0634 | hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 691838 = | 91 (1.130) | intergenic (‑17/+44) | USA300HOU_0634/USA300HOU_0635 | hypothetical protein/possible replication initiation protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGAGGCTTTAAAACAAAAAAAGCACTTATCAAAAGATAAGTGTTAAAAAAATAACTGGGATGTGATTTTTATTAAAAATTTCGTAAAGGATTTTAGAAAATCGTTTATGAAAATAATAAGCAAGTACATTTTAACACGATTTTCTAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/691927‑691779‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acgattttctaaaaTCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAATTGTGAATGCGC > CP000730/691838‑691977 aaaagataTAAAACAAAAAAAGCACTTATCAAAAGATAAGTGTTAAAAAAATAACTGGGATGTGATTTTTATTAAAAATTTCGTAAAGGATTTTAGAAAATCGTTTATGAAAATAATAAGCAAGTACATTTTAACACGATT < 2:670748/133‑1GGAGGCTTTAAAACAAAAAAAGCACTTATCAAAAGATAAGTGTTAAAAAAATAACTGGGATGTGATTTTTATTAAAAATTTCGTAAAGGATTTTAGAAAATCGTTTATGAAAATAATAAGCAAGTACATTTTAACACGATT < 2:670759/141‑1 GAGGCTTTAAAACAAAAAAAGCACTTATCAAAAGATAAGTGTTAAAAAAATAACTGGGATGTGATTTTTATTAAAAATTTCGTAAAGGATTTTAGAAAATCGTTTATGAAAATAATAAGCAAGTACATTTTAACACGATTT > 1:966732/1‑141 GAGGCTTTAAAACAAAAAAAGCACTTATCAAAAGATAAGTGTTAAAAAAATAACTGGGATGTGATTTTTATTAAAAATTTCGTAAAGGATTTTAGAAAATCGTTTATGAAAATAATAAGCAAGTACATTTTAACACGATTT > 1:823865/1‑141 AGGCTTTAAAACAAAAAAAGCACTTATCAAAAGATAAGTGTTAAAAAAATAACTGGGATGTGATTTTTATTAAAAATTTCGTAAAGGATTTTAGAAAATCGTTTATGAAAATAATAAGCAAGTACATTTTAACACGATTTT > 1:303724/1‑141 AGGCTTTAAAACAAAAAAAGCACTTATCAAAAGATAAGTGTTAAAAAAATAACTGGGATGTGATTTTTATTAAAAATTTCGTAAAGGATTTTAGAAAATCGTTTATGAAAATAATAAGCAAGTACATTTTAACACGATTTT < 1:136961/141‑1 GGCTTTAAAACAAAAAAAGCACTTATCAAAAGATAAGTGTTAAAAAAATAACTGGGATGTGATTTTTATTAAAAATTTCGTAAAGGATTTTAGAAAATCGTTTATGAAAATAATAAGCAAGTACATTTTAACACGATTTTC > 1:227194/1‑141 TTTAAAACAAAAAAAGCACTTATCAAAAGATAAGTGTTAAAAAAATAACTGGGATGTGATTTTTATTAAAAATTTCGTAAAGGATTTTAGAAAATCGTTTATGAAAATAATAAGCAAGTACATTTTAACACGATTTTCTAA > 1:325518/1‑141 TTTAAAACAAAAAAAGCACTTATCAAAAGATAAGTGTTAAAAAAATAACTGGGATGTGATTTTTATTAAAAATTTCGTAAAGGATTTTAGAAAATCGTTTATGAAAATAATAAGCAAGTACATTTTAACACGATTTTCTAA > 1:98986/1‑141 TTTAAAAAAAAAAAAGCACTTATCAAAAGATAAGTGTTAAAAAAATAACTGGGATGTGATTTTTATTAAAAATTTCGTAAAGGATTTTAGAAAATCGTTTATGAAAATAATAAGCAAGTACATTTTAACACGATTTTCTAA < 2:800821/141‑1 TTTTAGAAAATCGTTTATGAAAATAATAAGCAAGTACATTTTAACACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTA > 1:953694/1‑141 TAGAAAATCGTTTATGAAAATAATAAGCAAGTACATTTTAACACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAG > 1:784598/1‑141 GAAAATCGTTTATGAAAATAATAAGCAAGTACATTTTAACACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTTTTTTttatct > 2:542770/1‑135 CGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTTTATCTTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCGTCATTAAA > 2:199917/1‑141 CGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAA < 2:506143/141‑1 GATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAATGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAAT < 1:955906/141‑1 GATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAAT > 2:394060/1‑141 GATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAAT < 2:469391/141‑1 ATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAATACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTCTGCTCATCATTAAATT > 2:268344/1‑141 ATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTACAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAATT > 1:487619/1‑141 TTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAATTG < 2:898855/141‑1 TTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAATTG < 1:326598/141‑1 TTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAATTGT > 1:571398/1‑141 TTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAATTGT > 1:256250/1‑141 TTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAATTGT > 1:250837/1‑141 TCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAATTGTGA > 1:457505/1‑141 AAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAATTGTGAATGC > 1:223695/1‑141 AAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAATTGTGAATGC > 1:237499/1‑141 ATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAATTGTGAATGCGC < 2:347173/141‑1 ATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAATTGTGAATGCGC < 1:125439/141‑1 GGAGGCTTTAAAACAAAAAAAGCACTTATCAAAAGATAAGTGTTAAAAAAATAACTGGGATGTGATTTTTATTAAAAATTTCGTAAAGGATTTTAGAAAATCGTTTATGAAAATAATAAGCAAGTACATTTTAACACGATTTTCTAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/691927‑691779‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acgattttctaaaaTCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTTGTTTTAAAGCCTCCAAATAATGATTAATTCTATTCGTATGCTCATCATTAAATTGTGAATGCGC > CP000730/691838‑691977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |