Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
MC JC	CP000730	819,056	Δ596 bp		[ytxJ]	[ytxJ]

Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	CP000730	819056	819651	596	39 [0]	[0] 39	[ytxJ]	[ytxJ]

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP000730	= 819055	0 (0.000)	39 (1.030)	32/276	0.3	100%	coding (2/321 nt)	ytxJ	hypothetical protein
	?	CP000730	819652 =	0 (0.000)					intergenic (+278/‑147)	ytxJ/glxK	hypothetical protein/glycerate kinase

TTAGTACTTTTTTACAAACATATGTATAATATATTCGAGTATTTTTATTGAAAATATTTTGGAAAACGACGAATCCAATAAGAAAATTTAAACATGATTTGTAAGTTAGTTTAATAGGAAATATATGCTAAACCAAAAGAAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCACAACAAATAATAAAGTAAGGTGG  >  CP000730/819512‑819790                                                                                                                                             |                                                                                                                                           attgttaataattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcatatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgtatagagta                                                                                                                                            >  2:41084‑M2/141‑141 (MQ=255)       aaaaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCatat                                                                                                                                      >  1:135329‑M2/135‑141 (MQ=255)         aaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTg                                                                                                                                    <  1:107915‑M2/9‑1 (MQ=255)          aattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGt                                                                                                                                   <  1:271300‑M2/10‑1 (MQ=255)          aattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGt                                                                                                                                   >  1:334355‑M2/132‑141 (MQ=255)          aattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGt                                                                                                                                   <  2:402640‑M2/10‑1 (MQ=255)              ttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTAtt                                                                                                                               >  1:122075‑M2/128‑141 (MQ=255)              ttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTAtt                                                                                                                               >  1:293449‑M2/128‑141 (MQ=255)              ttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTAtt                                                                                                                               >  1:118999‑M2/128‑141 (MQ=255)                  atttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACt                                                                                                                           <  2:88045‑M2/18‑1 (MQ=255)                    ttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTgg                                                                                                                         <  1:256238‑M2/20‑1 (MQ=255)                           taacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAAtaatt                                                                                                                  <  1:347629‑M2/27‑1 (MQ=255)                                     acttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAAtcatg                                                                                                        >  1:158367‑M2/105‑141 (MQ=255)                                                  ataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGt                                                                                           >  1:68913‑M2/92‑141 (MQ=255)                                                      tggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGc                                                                                       >  1:146670‑M2/88‑141 (MQ=255)                                                          aaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCatat                                                                                   >  1:350774‑M2/84‑141 (MQ=255)                                                          aaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCatat                                                                                   >  1:50139‑M2/84‑141 (MQ=255)                                                           aacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCAtata                                                                                  >  1:74423‑M2/83‑141 (MQ=255)                                                                  atattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttacaggttaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACga                                                                           <  1:110188‑M2/66‑1 (MQ=255)                                                                       aactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATaa                                                                      >  2:97988‑M2/71‑141 (MQ=255)                                                                            tatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCt                                                                 <  2:146670‑M2/76‑1 (MQ=255)                                                                                   aaaaatgtcgcgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAAttt                                                          >  1:358880‑M2/59‑141 (MQ=255)                                                                                                    gctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATg                                         <  1:126904‑M2/100‑1 (MQ=255)                                                                                                     ctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATAGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAATATTAATCTTTTATGa                                        >  2:15688‑M2/41‑141 (MQ=255)                                                                                                         ttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATaa                                    <  1:149253‑M2/105‑1 (MQ=255)                                                                                                               gtgataaatatttttattgttgtgttgagtAGCAGATGGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCTCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACg                              >  2:90312‑M2/31‑141 (MQ=255)                                                                                                               gtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGTAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACg                              >  2:119462‑M2/31‑141 (MQ=255)                                                                                                               gtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACg                              <  1:392711‑M2/111‑1 (MQ=255)                                                                                                                tgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGt                             <  1:274013‑M2/112‑1 (MQ=255)                                                                                                                 gataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTa                            >  1:189827‑M2/29‑141 (MQ=255)                                                                                                                  ataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTAt                           <  2:187300‑M2/114‑1 (MQ=255)                                                                                                                    aaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATca                         >  1:115859‑M2/26‑141 (MQ=255)                                                                                                                       tatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCacaa                      >  2:226394‑M2/23‑141 (MQ=255)                                                                                                                       tatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCacaa                      <  1:147518‑M2/119‑1 (MQ=255)                                                                                                                         tttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCacaaca                    >  1:310562‑M2/21‑141 (MQ=255)                                                                                                                         tttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTAATGAATAAAAAACGTATCacaaca                    <  2:182777‑M2/121‑1 (MQ=255)                                                                                                                         gttttagaggtgaatagaggAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATTATGTCATGTTAAATGTTCGTATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCacaaca                    <  2:92329‑M2/121‑1 (MQ=255)                                                                                                                              agaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCACAACAaataa               <  1:354562‑M2/126‑1 (MQ=255)                                                                                                                                           gtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCACAACAAATAATAAAGTAAggtgg  >  2:324330‑M2/3‑141 (MQ=255)                                                                                                                                             |                                                                                                                                           TTAGTACTTTTTTACAAACATATGTATAATATATTCGAGTATTTTTATTGAAAATATTTTGGAAAACGACGAATCCAATAAGAAAATTTAAACATGATTTGTAAGTTAGTTTAATAGGAAATATATGCTAAACCAAAAGAAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCACAACAAATAATAAAGTAAGGTGG  >  CP000730/819512‑819790

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑