| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 1114106 | 87 (0.690) | 6 (0.050) | 3/262 | 7.1 | 7.1% | intergenic (+35/‑4) | USA300HOU_1045/USA300HOU_1046 | hypothetical membrane protein/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | = 1114131 | 80 (0.720) | coding (22/105 nt) | USA300HOU_1046 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/1113944‑1114106‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaccattaaaatgttGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAATCAACATAATCATCACGATAACCCATAAG < CP000730/1114131‑1113984 TAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAA < 1:810631/149‑1TAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAA > 1:1249139/1‑149TAATTGTAAGTTCTGTGGCTTTAATTTTAATTGCAATTTTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAA < 1:810605/149‑1 TGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACGTAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCA > 2:737862/1‑149 TGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGCTGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCA > 2:1229828/1‑149 TGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCA > 2:720956/1‑149 TGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCA > 1:566360/1‑149 TGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCA > 1:249445/1‑149 gAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATT < 2:205913/148‑1 aagcaTGATGGCTCTTAATTTAAATGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTTATGATTATGAAAATTAATAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTA < 2:1216580/144‑1 AAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTA > 2:1076410/1‑149 AAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTA > 1:857315/1‑149 AAGTTTGATGGCTCCTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTA < 1:419471/149‑1 AAGTGTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTAGCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTA < 2:175409/149‑1 GTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAA < 1:955761/149‑1 atgATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCT < 2:757858/146‑1 ATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTtcgaatcgctcg < 2:1017090/149‑13 ATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCT < 2:1094321/149‑1 ATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCT < 2:1321366/149‑1 AAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAA > 2:726987/1‑149 TTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTT < 1:726987/149‑1 AAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAATCAACATAATCAT < 1:221610/149‑1 AAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAATCAACATAATCAT < 1:653750/149‑1 AACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAATATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTTATCGTCGTTATGTGTTGTTTTTTTTGTTTCTTTTTTAGAAATCAtctttatgttct > 2:403965/1‑137 AACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAGTCAACATAATCATCA > 1:1162955/1‑149 AACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAATCCACATAATCATCg > 1:787243/1‑148 ACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAATCACCATAACCATCAC > 2:576559/1‑149 CATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAATCAACATAATCATCACGA < 2:357115/149‑1 CATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAAAATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAATGAACATAATCATCACGA > 1:130007/1‑149 AAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAATCAACATAATCATCACGATAAC < 2:122464/149‑1 AAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAATCAACATAATCATCACGATAAC < 2:838183/149‑1 AAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAATCAACATAATCATCACGATAAC < 2:176752/149‑1 ATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAATCAACATAATCATCACGATAACCCA > 2:768822/1‑149 ATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAATCAACATAATCATCACGATAACCCA > 1:602136/1‑149 TGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAATCAACATAATCATCACGATAACCCATAAG < 2:96746/149‑1 TGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAATCAACATAATCATCACGATAACCCATAAG < 2:97501/149‑1 TAATTGTAAGTTTGATGGCTCTTAATTTAATTGCAATTGTCTTATGGGTTATCGTGATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/1113944‑1114106‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaccattaaaatgttGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATGTGTTGTTTCTTTTGATTCTTTTTTAGAAATCAACATAATCATCACGATAACCCATAAG < CP000730/1114131‑1113984 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |