| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 443919 = | 90 (1.020) | 17 (0.210) | 14/242 | 6.4 | 18.3% | intergenic (‑219/+42) | USA300HOU_0417/USA300HOU_0419 | transposase/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 443953 = | 71 (0.900) | intergenic (‑253/+8) | USA300HOU_0417/USA300HOU_0419 | transposase/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGCAGCTATCATATTTGCAATCGCAAAATTCAAACCATTTAAGAACAGAATTAAAAATAACCCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAAATGCTATAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/444072‑443919‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agaaatgctataaaTAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGAATTTTGCGATTGCAAATATGATAGCTGCTTCTTTTGACAAAGTAATAGA > CP000730/443953‑444092 AGCAGCTATCATATTTGCAATCGCAAAATTCAAACCATTTAAGAACAGAATTAAAAATAACCCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCA < 2:1009117/141‑1AGCAGCTATCATATTTGCAATCGCAAAATTCAAACCATTTAAGAACAGAATTAAAAATAACCCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCA < 2:105568/141‑1 AGCTATCATATTTGCAATCGCAAAATTCAAACCATTTAAGAACAGAATTAAAAATAACCCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAA > 2:398359/1‑141 AGCTATCATATTTGCAATCGCAAAATTCAAACCATTTAAGAACAGAATTAAAAATAACCCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAA < 1:39101/141‑1 AGCTATCATATTTGCAATCGCAAAATTCAAACCATTTAAGAACAGAATTAAAAATAACCCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAA > 2:407889/1‑141 AGCTATCATATTTGCAATCGCAAAATTCAAACCATTTAAGAACAGAATTAAAAATAACCCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAA > 1:475164/1‑141 CTATCATATTTGCAATCGCAAAATTCAAACCATTTAAGAACAGAATTAAAAATAACCCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAAAT < 2:666577/141‑1 TATCATATTTGCAATCGCAAAATTCAAACCATTTAAGAACAGAATTAAAAATAACCCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAAATG < 2:473663/141‑1 ATATTTGCAATCGCAAAATTCAAACCATTTAAGAACAGAATTAAAAATAACCCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAAATGCTAT > 1:681450/1‑141 TATTTGCAATCGCAAAATTCAAACCATTTAAGAACAGAATTAAAAATAACCCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAAATGCTATA > 2:177391/1‑141 ATTTGCAATCGCAAAATTCAAACCATTTAAGAACAGAGTTAAAAATAACCCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAACCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAAATGCTATAA > 1:744117/1‑141 ATTTGCAATCGCAAAATTCAAACCATTTAAGAACAGAATTAAAAATAACCCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAAATGgattga > 1:660163/1‑135 AACAGAATTAAAAATAACCCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATAACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTATTGTTTTCATGT > 1:265279/1‑141 CCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTT > 2:341979/1‑141 AATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTTTTTTTTGTGTTTTATTTTTttttt > 2:12944/1‑136 ACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTT > 1:518514/1‑141 ACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTATTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTT < 2:265279/141‑1 TTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAAACGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGAATTTTGCGATTGC > 2:757147/1‑141 TATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGCTTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAATTGGTTTGAATTTTGCGATTGCA > 1:683669/1‑141 AGCATTTCTAATCTCAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGAATTTTGCGATTGCAAATATGA > 1:268570/1‑141 CTAATCTCAGAAATGCTATGAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTCGTGGGTTACTTTTCATCTTGTTCTTACATGGTTTGCATTTTGCGATTGCAAATATGATAGCTGC > 1:867967/1‑141 TAATCTCAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGAATTTTGCGATTGCAAATATGATAGCTGCT > 1:439289/1‑141 TAATCTCAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGT > 1:649626/1‑71 TAATCTCAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGT < 2:649626/71‑1 AATCTCAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTTTTTTCATTTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGAATTTTGCGATTGCAAATATGATAGCTGCTT > 2:691827/1‑141 ATCTCAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTATATGGTTTGAATTGTGCTATTGCAAATATGATAGCTGCTTC > 1:970852/1‑141 ATCTCAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGCATTTTGCGATTGCAAATATGCTAGCTGCTcc > 2:569491/1‑139 ATCTCAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTT > 2:678771/1‑67 ATCTCAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTT < 1:678771/67‑1 GAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTGTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGAATTTTGCGATTGCAAATATGATAGCTGCTTCTTTTGA > 2:623753/1‑141 ATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTTTTTTTTTTTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGAATTTTGCGATTGCAAATATGATAGCTGCTTCTTTTGACAA > 2:494743/1‑141 GCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGAATTTTGCGATTGCAAATATGATAGCTGCTTCTTTTGACAAAG > 1:33029/1‑141 GCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGG < 2:725316/94‑1 GCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGG > 1:725316/1‑94 TAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGAATTTTGCGATTGCAAATATGATAGCTGCTTCTTTTGACAAAGTAAT < 1:737318/141‑1 TAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGAATTTTGCGATTGCAAATATGATAGCTGCTTCTTTTGACAAAGTAAT < 1:96883/141‑1 AAATAAAGTGATTAAGTTTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGAATTTTGCGATTGCAAATATGATAGCTGCTTCTTTTGACAAAGTAATA < 2:798726/141‑1 ATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGAATTTTGCGATTGCAAATATGATAGCTGCTTCTTTTGACAAAGTAATAGA < 2:119518/141‑1 ATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGAATTTTGCGATTGCAAATATGATAGCTGCTTCTTTTGACAAAGTAATAGA < 1:878663/141‑1 AGCAGCTATCATATTTGCAATCGCAAAATTCAAACCATTTAAGAACAGAATTAAAAATAACCCACAAAAAACAAATCCATTTCTTAAATTACATGAAAACAAAAAATCTTAATCACTTTATTTATAGCATTTCTAATCTCAGAAATGCTATAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/444072‑443919‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agaaatgctataaaTAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGAATTTTGCGATTGCAAATATGATAGCTGCTTCTTTTGACAAAGTAATAGA > CP000730/443953‑444092 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |