| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2682927 | 117 (1.180) | 4 (0.040) | 3/240 | NT | 3.5% | intergenic (‑106/‑148) | mvaA/mvaS | hydroxymethylglutaryl‑CoA reductase/hydroxymethylglutaryl‑CoA synthase |
| ? | CP000730 | = 2682968 | 115 (1.250) | intergenic (‑147/‑107) | mvaA/mvaS | hydroxymethylglutaryl‑CoA reductase/hydroxymethylglutaryl‑CoA synthase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTTTACGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAA‑TTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/2682779‑2682927‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgtcgtttCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAAAGGAG < CP000730/2682968‑2682829 CTTTACGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAA‑TTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAAT < 1:637810/141‑1CTTTACGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAA‑TTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAAT > 2:73780/1‑141 TTTACGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAA‑TTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATT > 2:705133/1‑141 TTACGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAA‑TTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTG < 2:654573/141‑1 CGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAA‑TTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCG > 2:25914/1‑141 AGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAA‑TTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTT < 2:615576/141‑1 AAATGTCGGAAATTCTTATCTAAACTTTGCATGGACATACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCATAAAATAACGTTATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTattgtttta < 1:406426/141‑10 TTTTACTTCACATAA‑TTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACG < 2:550733/141‑1 TTTTACTTCACATAA‑TTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACG < 2:550789/141‑1 TACTTCACATAA‑TTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACA < 2:873995/141‑1 ACTTCACATAA‑TTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAA < 2:559845/141‑1 TTGTCGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGT < 2:685228/141‑1 TCGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAA < 2:898747/141‑1 CGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAAA < 2:1179907/141‑1 CGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAAA < 2:1105901/141‑1 TTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAAAGG < 1:840919/141‑1 TCTTGTAAGCGTTTTAATTTTCCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGAAAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAAAGGAG < 1:1014788/141‑1 CTTTACGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAA‑TTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/2682779‑2682927‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgtcgtttCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAAAGGAG < CP000730/2682968‑2682829 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |