| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 441295 = | 37 (0.890) | 3 (0.080) | 5/240 | NT | 8.9% | intergenic (+12/+101) | guaA/USA300HOU_0415 | GMP synthase (glutamine‑hydrolyzing)/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 441323 = | 27 (0.700) | intergenic (+40/+73) | guaA/USA300HOU_0415 | GMP synthase (glutamine‑hydrolyzing)/hypothetical protein | |||||
CTTCGCACGCATCGATTGGGAAGTCTTACAAAAGATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATAAA > CP000730/441157‑441432 | aacaagaagatcctaaacaatatgaaattttatataaaaataaacacggaaaattgccttattgatgaattaaaacgcaaacttagaacaccttaccccttttccgtccttattgtaattttccaactactcaaattaaaa < 1:358336‑M1/3‑1 (MQ=255) ttCGCACGCATCGATTGGGAAGTCTTACAAAAGATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATaaaa < 1:231295/141‑1 (MQ=255) acaagaagatcctaaacaatatgaaattttatataaaaataaacacggaaaattgccttattgatgaattaaaacgcaaacttagaacaccttaccccttttccgtccttattgtaattttccaactactcaaattaaaaa > 2:242449‑M1/138‑141 (MQ=255) tCGCACGCATCGATTGGGAAGTCTTACAAAAGATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAac < 1:91456/141‑1 (MQ=255) 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1:350137/141‑1 (MQ=255) aTCGATTGGGAAGTCTTACAAAAGATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGtt < 2:86286/141‑1 (MQ=255) gATTGGGAAGTCTTACAAAAGATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAaccacccgtgcaa < 1:180333/141‑8 (MQ=255) ggAAGTCTTACAAAAGATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAaccacccgtgcaaacagg < 2:262680/141‑13 (MQ=255) ggAAGTCTTACAAAAGATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTCGCAATACCTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACggg < 2:22418/141‑1 (MQ=255) gAAGTCTTACAAAAGATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggt < 1:355232/141‑1 (MQ=255) 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1:450249/141‑1 (MQ=255) aatttcatataaaaataaacacggaaaattgccttattgatgaattaaaacgcaaacttagaacaccttaccccttttccgtccttattgtaattttccaactactcaaattaAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGtttt > 1:25909‑M1/114‑141 (MQ=255) ttttatataaaaataaacacggaaaattgccttattgatgaattaaaacgcaaacttagaacaccttaccccttttccgtccttattgtaattttccaactactcaaattaAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTa > 1:260079‑M1/112‑141 (MQ=255) aCAAAAGATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGCGGGGAAATATTTATATATAATAAAACAACCTGTGTGCACGGGTGGTTTTTa > 1:397867/1‑141 (MQ=255) cAAAAGATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTaa < 2:123737/141‑1 (MQ=255) gATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGa < 2:44125/141‑1 (MQ=255) cgtatcgtaAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGaa < 1:301489/141‑1 (MQ=255) gATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGa > 2:358336/1‑141 (MQ=255) tCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAgggg < 1:334722/141‑1 (MQ=255) aaCCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTa > 1:82748/1‑141 (MQ=255) aaCCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTa > 2:428448/1‑141 (MQ=255) aCCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTaa > 1:478043/1‑141 (MQ=255) cgcgTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAgg < 1:288416/141‑1 (MQ=255) gTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGgtgt < 1:52960/141‑1 (MQ=255) aTTACATCAAAACCACCAAGCACAATGGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCg < 2:69186/141‑1 (MQ=255) aCATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGttt > 1:331357/1‑141 (MQ=255) aCATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATACAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGttt < 2:470195/141‑1 (MQ=255) aaaaCCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAAtt > 2:320001/1‑141 (MQ=255) ccaAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAAt > 1:390627/1‑141 (MQ=255) ccaAGCACAATTGAGAGGGAATAATTCTATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAAt > 2:493048/1‑141 (MQ=255) caAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATa > 1:431347/1‑141 (MQ=255) caATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCaa > 1:388363/1‑141 (MQ=255) ttGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAAttt < 1:400780/141‑1 (MQ=255) gggAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCgtg > 2:263634/1‑141 (MQ=255) aataatTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGttt > 1:449387/1‑141 (MQ=255) taatTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTAt > 1:290227/1‑141 (MQ=255) ttATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGGAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTAtttc > 1:174690/1‑140 (MQ=255) tatataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTtat > 1:75550/1‑141 (MQ=255) aattaAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTg < 1:109496‑M1/89‑1 (MQ=255) aattaAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTg > 2:109496‑M1/6‑94 (MQ=255) aataaAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATaaa < 1:296205/141‑1 (MQ=255) | CTTCGCACGCATCGATTGGGAAGTCTTACAAAAGATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATAAA > CP000730/441157‑441432 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |