New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 441295 = | 37 (0.890) | 3 (0.080) | 5/240 | NT | 8.9% | intergenic (+12/+101) | guaA/USA300HOU_0415 | GMP synthase (glutamine‑hydrolyzing)/hypothetical protein |
? | CP000730 | 441323 = | 27 (0.700) | intergenic (+40/+73) | guaA/USA300HOU_0415 | GMP synthase (glutamine‑hydrolyzing)/hypothetical protein |
ACAAAAGATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATAAAATTTCATATTGTTTAGGATCTTCTTGTT > CP000730/441184‑441460 | ttttatataaaaataaacacggaaaattgccttattgatgaattaaaacgcaaacttagaacaccttaccccttttccgtccttattgtaattttccaactactcaaattaAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTa > 1:260079‑M1/112‑141 (MQ=255) aCAAAAGATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGCGGGGAAATATTTATATATAATAAAACAACCTGTGTGCACGGGTGGTTTTTa > 1:397867/1‑141 (MQ=255) cAAAAGATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTaa < 2:123737/141‑1 (MQ=255) gATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGa < 2:44125/141‑1 (MQ=255) cgtatcgtaAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGaa < 1:301489/141‑1 (MQ=255) gATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGa > 2:358336/1‑141 (MQ=255) tCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAgggg < 1:334722/141‑1 (MQ=255) aaCCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTa > 2:428448/1‑141 (MQ=255) aaCCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTa > 1:82748/1‑141 (MQ=255) aCCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTaa > 1:478043/1‑141 (MQ=255) cgcgTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAgg < 1:288416/141‑1 (MQ=255) gTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGgtgt < 1:52960/141‑1 (MQ=255) caaacttagaacaccttaccccttttccgtccttattgtaattttccaactactcaaattaaaaaccacctgtttgcacgggtggttttTAAtt > 2:109496‑M2/90‑94 (MQ=255) caaacttagaacaccttaccccttttccgtccttattgtaattttccaactactcaaattaaaaaccacctgtttgcacgggtggttttTAAtt < 1:109496‑M2/5‑1 (MQ=255) aTTACATCAAAACCACCAAGCACAATGGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCg < 2:69186/141‑1 (MQ=255) aCATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGttt > 1:331357/1‑141 (MQ=255) aCATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATACAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGttt < 2:470195/141‑1 (MQ=255) aaaaCCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAAtt > 2:320001/1‑141 (MQ=255) ccaAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAAt > 1:390627/1‑141 (MQ=255) ccaAGCACAATTGAGAGGGAATAATTCTATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAAt > 2:493048/1‑141 (MQ=255) caAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATa > 1:431347/1‑141 (MQ=255) caATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCaa > 1:388363/1‑141 (MQ=255) ttGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAAttt < 1:400780/141‑1 (MQ=255) gggAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCgtg > 2:263634/1‑141 (MQ=255) aataatTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGttt > 1:449387/1‑141 (MQ=255) taatTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTAt > 1:290227/1‑141 (MQ=255) ttATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGGAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTAtttc > 1:174690/1‑140 (MQ=255) tatataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTtat > 1:75550/1‑141 (MQ=255) aattaAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTg < 1:109496‑M1/89‑1 (MQ=255) aattaAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTg > 2:109496‑M1/6‑94 (MQ=255) aataaAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATaaa < 1:296205/141‑1 (MQ=255) taaaaaccacccgtgcaaacaggtggttttTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATaaaa > 1:260079‑M2/31‑141 (MQ=255) aaaaccacccgtgcaaacaggtggttttTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATGAAAtt > 1:25909‑M2/29‑141 (MQ=255) cacccgtgcaaacaggtggttttTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATAAAATTTCata > 1:493229‑M2/24‑141 (MQ=255) ccTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTACGGTGTTCTAAGATTGAGATATCATTAACCAAAACGGAAATTCACACTGTTTAATTTTATATAAAGTTACATAtt > 1:100116/1‑141 (MQ=255) CTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTCGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATAAAATTTCATATTg < 1:423198‑M1/141‑1 (MQ=255) tttGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGTACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCTTTTTAATTCATCAATAACGCATTTTTCCGTGTTTATTTTTATATAAAATTTCATATTGttt < 2:463035/141‑1 (MQ=255) tGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATAAAATTTCATATTGTTTAg < 2:365583/141‑1 (MQ=255) ggatggttttTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATAAAATTTCATATTGTTTAGGAtct < 1:430852‑M2/131‑1 (MQ=255) gttgttttTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATAAAATTTCATATTGTTTAGGAtcttc < 2:239767‑M2/133‑1 (MQ=255) gtggttttTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATAAAATTTCATATTGTTTAGGAtcttc < 2:240098‑M2/133‑1 (MQ=255) gtggttgtTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATAAAATTTCATATTGTTTAGGAtcttc < 2:397867‑M2/133‑1 (MQ=255) ttttTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATAAAATTTCATATTGTTTAGGATCTTCTTGt > 2:242449‑M2/5‑141 (MQ=255) tttTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATAAAATTTCATATTGTTTAGGATCTTCTTGtt < 1:358336‑M2/138‑1 (MQ=255) | ACAAAAGATTTCTAGTCGTATCGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCCGTGTTTATTTTTATATAAAATTTCATATTGTTTAGGATCTTCTTGTT > CP000730/441184‑441460 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |