New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 1234260 = | 47 (1.130) | 3 (0.080) | 3/240 | NT | 6.7% | intergenic (+170/‑58) | prkC/engC | non‑specific serine/threonine protein kinase/possible GTP‑binding protein EngC |
? | CP000730 | 1234304 = | 40 (1.030) | intergenic (+214/‑14) | prkC/engC | non‑specific serine/threonine protein kinase/possible GTP‑binding protein EngC |
TTTGGAAGTCTCGGTATTTTTATGTTGAGATTGCGGTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACG > CP000730/1234123‑1234400 | accaactaccggtgaaaattttttctttctaaataatcctcgtggttttgtattgaaacgttcgccattaacgtctacttgatataccccactaattgatttcactattcgacctgtcttcaaaatggcacctctcgATTa < 1:282537‑M1/4‑1 (MQ=255) gTCTCGGTATTTTTATGTTGAGATTGCGGTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTcc < 2:40002/141‑1 (MQ=255) tttATGTTGAGATTGCGGTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGata < 2:479747/141‑1 (MQ=255) tttATGTTGAGATTGCGGTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGata < 2:313750/141‑1 (MQ=255) tttATGATGAGATTGCGGTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGAATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGata < 2:146082/141‑1 (MQ=255) ttATGTTGAGATTGCGGTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGatat > 2:471550/1‑141 (MQ=255) ttATGTTGAGATTGCGGTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGatat < 2:387404/141‑1 (MQ=255) ttATGTTGAGATTGCGGTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGatat > 2:274723/1‑141 (MQ=255) tATGTTGAGATTGCGGTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGAtata < 2:166121/141‑1 (MQ=255) gagaTTGCGGTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAAt < 1:123226/141‑1 (MQ=255) gagaTTGCGGTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAAt < 1:324571/141‑1 (MQ=255) gaTTGCGGTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGc > 2:340606/1‑141 (MQ=255) gCGGTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTa > 2:252757/1‑141 (MQ=255) cGGTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTaa > 1:194526/1‑141 (MQ=255) gTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCCCAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAATATTTTATATAATAAATATAGTaaaa > 2:460473/1‑141 (MQ=255) cctcgtggttttgtattgaaacgttcgccattaacgtctacttgatataccccactaattgatttcactattcgacctgtcttcaaaatggcacctctcgATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAAtt > 1:372218‑M1/101‑141 (MQ=255) ttttAAAATGCTTCATGTCATCATATACACGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTaa < 2:26322/141‑1 (MQ=255) ttAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATc > 1:104812/1‑141 (MQ=255) aTGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGagag < 1:37647/141‑1 (MQ=255) tGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAgg < 1:40460/141‑1 (MQ=255) tGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAgg < 2:6744/141‑1 (MQ=255) cTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTg > 1:68710/1‑141 (MQ=255) ttCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGc < 1:287224/141‑1 (MQ=255) ttCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGc > 1:398963/1‑141 (MQ=255) ttCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGc < 1:452187/141‑1 (MQ=255) gTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCAttt < 2:193261/141‑1 (MQ=255) tcatATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGaa > 1:201669/1‑141 (MQ=255) aGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTc > 1:51122/1‑141 (MQ=255) ggTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCg < 1:460473/141‑1 (MQ=255) ctacttgatataccccactaattgatttcactattcgacctgtcttcaaaatggcacctctcgATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTa > 2:297620‑M1/64‑99 (MQ=255) ctacttgatataccccactaattgatttcactattcgacctgtcttcaaaatggcacctctcgATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTa < 1:297620‑M1/36‑1 (MQ=255) gTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAACTGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGTTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTCaaa > 2:56242/1‑141 (MQ=255) gTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGaaa < 2:461182/141‑1 (MQ=255) tATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCa < 2:233213/141‑1 (MQ=255) aaTTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTa > 1:468359/1‑141 (MQ=255) cTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTgg > 1:200611/1‑141 (MQ=255) tGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTggg < 2:77268/141‑1 (MQ=255) tGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTggg < 1:222579/141‑1 (MQ=255) tGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTggg < 1:413744/141‑1 (MQ=255) gTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTgggg < 2:152586/141‑1 (MQ=255) gTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTgggg > 2:160796/1‑141 (MQ=255) tATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGt > 2:70911/1‑141 (MQ=255) aCTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTatat < 2:279646/141‑1 (MQ=255) aCTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTCTCCAGTCTTTGAGATAATAGATGCAGTAAAAATAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAGATCAAGTAGTGGCGTatat < 2:279581/141‑1 (MQ=255) tctcACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCa < 2:194526/141‑1 (MQ=255) tctcACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCa < 1:215158/141‑1 (MQ=255) cacaGTATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGt > 2:382996/1‑141 (MQ=255) aaTATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGa < 2:499953/141‑1 (MQ=255) aaTATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGa > 2:316254/1‑141 (MQ=255) ttaatatataaaTGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATg > 1:75362/10‑141 (MQ=255) atCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGTTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATgg < 1:147208/141‑1 (MQ=255) atatTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCa > 1:201832/1‑141 (MQ=255) ATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACg > 1:120600‑M1/1‑141 (MQ=255) | TTTGGAAGTCTCGGTATTTTTATGTTGAGATTGCGGTAGTTTTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACG > CP000730/1234123‑1234400 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |