New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 1234260 = | 47 (1.130) | 3 (0.080) | 3/240 | NT | 6.7% | intergenic (+170/‑58) | prkC/engC | non‑specific serine/threonine protein kinase/possible GTP‑binding protein EngC |
? | CP000730 | 1234304 = | 40 (1.030) | intergenic (+214/‑14) | prkC/engC | non‑specific serine/threonine protein kinase/possible GTP‑binding protein EngC |
TTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACGAGGATTATTTAGAAAGAAAAAATTTTCACCGGTAGTTGGT > CP000730/1234164‑1234440 | ttAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATc > 1:104812/1‑141 (MQ=255) aTGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGagag < 1:37647/141‑1 (MQ=255) tGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAgg < 2:6744/141‑1 (MQ=255) tGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAgg < 1:40460/141‑1 (MQ=255) cTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTg > 1:68710/1‑141 (MQ=255) ttCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGc < 1:452187/141‑1 (MQ=255) ttCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGc > 1:398963/1‑141 (MQ=255) ttCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGc < 1:287224/141‑1 (MQ=255) gTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCAttt < 2:193261/141‑1 (MQ=255) tcatATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGaa > 1:201669/1‑141 (MQ=255) aGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTc > 1:51122/1‑141 (MQ=255) ggTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCg < 1:460473/141‑1 (MQ=255) gTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAACTGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGTTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTCaaa > 2:56242/1‑141 (MQ=255) gTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGaaa < 2:461182/141‑1 (MQ=255) tATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCa < 2:233213/141‑1 (MQ=255) aaTTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTa > 1:468359/1‑141 (MQ=255) cTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTgg > 1:200611/1‑141 (MQ=255) tGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTggg < 2:77268/141‑1 (MQ=255) tGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTggg < 1:413744/141‑1 (MQ=255) tGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTggg < 1:222579/141‑1 (MQ=255) gTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTgggg < 2:152586/141‑1 (MQ=255) gTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTgggg > 2:160796/1‑141 (MQ=255) tATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGt > 2:70911/1‑141 (MQ=255) aCTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTatat < 2:279646/141‑1 (MQ=255) aCTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTCTCCAGTCTTTGAGATAATAGATGCAGTAAAAATAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAGATCAAGTAGTGGCGTatat < 2:279581/141‑1 (MQ=255) tctcACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCa < 1:215158/141‑1 (MQ=255) tctcACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCa < 2:194526/141‑1 (MQ=255) cacaGTATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGt > 2:382996/1‑141 (MQ=255) aaTATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGa < 2:499953/141‑1 (MQ=255) aaTATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGa > 2:316254/1‑141 (MQ=255) ttaatatataaaTGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATg > 1:75362/10‑141 (MQ=255) atCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGTTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATgg < 1:147208/141‑1 (MQ=255) atatTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCa > 1:201832/1‑141 (MQ=255) ATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACg > 1:120600‑M1/1‑141 (MQ=255) TAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACGAg > 2:389406‑M1/1‑141 (MQ=255) aattttactgcatttattatatcaaagactggaaaattaatCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACGAgg > 1:372218‑M2/42‑141 (MQ=255) aagtttCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACGAgg < 2:95943/138‑1 (MQ=255) AATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACGAgg > 2:273158‑M1/1‑141 (MQ=255) AATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACGAgg > 1:133384‑M1/1‑141 (MQ=255) TTTGCCAGTCTTAGATATAATAAATACAGAAAAATTAATCGAAAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATAGATTATTTGGTTATATCAAGTAGACTTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACGAGGat > 2:127074‑M1/1‑141 (MQ=255) tactgcatttattatatcaaagactggaaaattaatCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAg > 2:297620‑M2/37‑99 (MQ=255) tactgcatttattatatcaaagactggaaaattaatCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAg < 1:297620‑M2/63‑1 (MQ=255) ccAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACGAGGattatt > 2:447846/1‑141 (MQ=255) gTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACGAGGATTATTTag > 2:248846/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACGAGGATTATTTAGAAAGAAAAAATTTTCACCgg > 2:110415/1‑141 (MQ=255) taatCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACGAGGATTATTTAGAAAGAAAAAATTTTCACCGGTAGTTGGt < 1:282537‑M2/137‑1 (MQ=255) | TTAAAATGCTTCATGTCATCATATACAGGTGAGCATTGTCTATCAATTCTGTATCACTCTCACAATATTTATATCATTTGAAATGATCATTTATATATTAATTTTCCAGTCTTTGATATAATAAATGCAGTAAAATTAATCGAGAGGTGCCATTTTGAAGACAGGTCGAATAGTGAAATCAATTAGTGGGGTATATCAAGTAGACGTTAATGGCGAACGTTTCAATACAAAACCACGAGGATTATTTAGAAAGAAAAAATTTTCACCGGTAGTTGGT > CP000730/1234164‑1234440 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |