New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | = 1653774 | 33 (0.790) | 3 (0.070) | 3/252 | NT | 8.5% | coding (205/525 nt) | aroK | shikimate kinase |
? | CP000730 | = 1653820 | 32 (0.790) | coding (159/525 nt) | aroK | shikimate kinase |
TGATTCGACTATATATAATATCAATATTACAATCTAACCAAATAATGTTTTTTTGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCTATATCAATAAATGATAAATTTTGCTCATCTGCAACGTATTTA > CP000730/1653636‑1653913 | tGATTCGACTATATATAATATCAATATTACAATCTAACCAAATAATGTTTTTTTGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCa > 1:278067/1‑141 (MQ=255) gATTCGACTATATATAATATCAATATTACAATCTAACCAAAAAATGTTTTTTTGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGATCATACATTCTTGCaa < 2:228411/141‑1 (MQ=255) aTTCGACTATATATAATATCAATATTACAATCTAACCAAATAATGTTTTTTTGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCaaa > 1:175512/1‑141 (MQ=255) cGACTATATATAATATCAATATTACAATCTAACCAAATAATGTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACAt > 2:30858/1‑141 (MQ=255) cGACTATATATAATATCAATATTACAATCTAACCAAATAATGTTTTTTTGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACAt < 2:144908/141‑1 (MQ=255) aCTATATATAATATCAATATTACAATCTAACCAAATAATGTTTTTTTGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACAtgt > 1:8058/1‑141 (MQ=255) atataATATCAATATTACAATCTAACCAAATAATGTTTTTTTGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTAAATCTAAATAATATCACCACAAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAAct > 1:248324/1‑141 (MQ=255) tataATATCAATATTACAATCTAACCAAATAATGTTTTTTTGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCCCTCTCAATAATACCCCCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAACCATGTGAActc < 2:8579/141‑1 (MQ=255) aataTCAATATTACAATCTAACCAAATAATGTTTTTTTGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTaa < 2:68655/141‑1 (MQ=255) tCAATATTACAATCTAACCAAATAATGTTTTTTTGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTc < 2:61094/141‑1 (MQ=255) aaTATTACAATCTAACCAAATAATGTTTTTTTGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCt < 1:81195/141‑1 (MQ=255) atatTACAATCTAACCAAATAATGTTTTTTTGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTg > 1:161923/1‑141 (MQ=255) aTCTAATCAAATAATGTTTTTTTTATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAACTATTg < 2:288602/141‑1 (MQ=255) aTCTAACCAAATAATGTTTTTTTGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTg > 1:144796/1‑141 (MQ=255) ataatGTTTTTTTGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGtaaacatggtgaacaatatttcaggaatttagagttcacatgt > 1:307061‑M1/1‑98 (MQ=255) tttttttGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTAcaa < 1:24245‑M2/141‑4 (MQ=255) tttttGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACaaaa > 1:380179/1‑141 (MQ=255) tttttGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACaaaa < 1:424049/141‑1 (MQ=255) ttttgaaaaatCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTTTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAat > 2:463678/11‑141 (MQ=255) tttGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGtaaacatggtgaacaatatttcaggaatttagagttcacatgtttgcaagaat < 1:378529‑M1/141‑54 (MQ=255) gATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGtaaacatggtgaacaatatttcaggaatttagagttcacatgtttgcaagaatgta < 2:307061‑M1/141‑57 (MQ=255) ttttCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTATg > 2:279165/1‑141 (MQ=255) aaaaTTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGt < 1:327831/141‑1 (MQ=255) aaaTGCGTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACtt < 2:298087/141‑1 (MQ=255) aTGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTtat > 1:275363/1‑141 (MQ=255) tGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTtata < 2:67721/141‑1 (MQ=255) ttCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTtctc < 1:59306/141‑1 (MQ=255) ccaccaccaGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCt > 2:368276/1‑141 (MQ=255) accaccaGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCtat > 1:164128/1‑141 (MQ=255) accaccaGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCtat < 2:161923/141‑1 (MQ=255) accaccaGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCtat < 1:270496/141‑1 (MQ=255) gCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCTATATCAATAAAt < 1:287694/141‑1 (MQ=255) aTTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCTATATCAATAAATGAt > 1:304909/1‑141 (MQ=255) tatCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCTATATCAATAACTGATAAAt > 2:404116/1‑141 (MQ=255) tCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCTATATCAATAAATGATAAAttt > 2:366180/1‑141 (MQ=255) gCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCTATATCAATAAATGATAAATTTTGc > 1:132294/1‑141 (MQ=255) tgtTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCTATATCAATAAATGATAAATTTTGCTCAt > 2:198824/1‑141 (MQ=255) aTACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCTATATCAATAAATGATAAAtatatttctggtatt > 2:179069/1‑127 (MQ=255) tACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTAcaagaatgtattaacactgcagatataattgctactggtggtggtattattgagagtgaagaggcatttaattttttgaaaaatc < 2:307061‑M2/141‑86 (MQ=255) cATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCTATATCAATAAATGATAAATTTTGCTCATCTGCAACg < 2:472846/141‑1 (MQ=255) aTTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTAcaagaatgtattaacactgcagatataattgctactggtggtggtattattgagagtgaagaggcatttaattttttgaaaaatcaaa < 1:378529‑M2/141‑89 (MQ=255) aTTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCTATATCAATAAATGATAAATTTTGCTCATCTGCAACGt < 1:140719/141‑1 (MQ=255) tCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCTATATCAATAAATGATAAATTTTGCTCATCTGCAACGTAt < 1:159815/141‑1 (MQ=255) ttGtaaacatggtgaacaatatttcaggaatttagagttcacatgtttgcaagaatgtattaacactgcagatataattgctactggtggtggtattattgagagtgaagaggcatttaattttttgaaaaatcaaaaaaa < 1:24245‑M1/141‑139 (MQ=255) tGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCTATATCAATAAATGATAAATTTTGCTCATCTGCAACGTATTTa > 1:188444/1‑141 (MQ=255) | TGATTCGACTATATATAATATCAATATTACAATCTAACCAAATAATGTTTTTTTGATTTTTCAAAAAATTAAATGCCTCTTCACTCTCAATAATACCACCACCAGTAGCAATTATATCTGCAGTGTTAATACATTCTTGCAAACATGTGAACTCTAAATTCCTGAAATATTGTTCACCATGTTTACAAAATATTTCTGGTATTGTTAACTTATACTTCTCTTCGATATATGAATCTATATCAATAAATGATAAATTTTGCTCATCTGCAACGTATTTA > CP000730/1653636‑1653913 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |