New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 1697752 = | 37 (0.890) | 3 (0.080) | 3/226 | NT | 9.0% | intergenic (+8/+37) | rpsT/holA | ribosomal protein S20/possible DNA‑directed DNA polymerase III delta subunit |
? | CP000730 | 1697788 = | 28 (0.770) | intergenic (+44/+1) | rpsT/holA | ribosomal protein S20/possible DNA‑directed DNA polymerase III delta subunit |
GCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAATGTCTTACTTGTCCTAACGC > CP000730/1697649‑1697926 | gCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTAttttt > 1:118609/1‑141 (MQ=255) ttaagttaGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTtata < 1:233786/141‑1 (MQ=255) aagttaGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATaaa > 2:134002/1‑141 (MQ=255) tagACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAgaa > 2:495909/1‑141 (MQ=255) agACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAgaat < 2:141488/141‑1 (MQ=255) aCAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAgaatga < 1:343179/141‑1 (MQ=255) aaGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGaata > 2:273966/1‑141 (MQ=255) gctgctCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGaataat > 1:177063/1‑141 (MQ=255) ctgctCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAAtt > 1:99443/1‑141 (MQ=255) ctgctCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAAtt > 2:203869/1‑141 (MQ=255) aaGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTAt < 2:177063/141‑1 (MQ=255) aGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTAtt > 1:250787/1‑141 (MQ=255) aGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTAtt < 1:288822/141‑1 (MQ=255) aaTTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAAc < 2:293965/141‑1 (MQ=255) tttAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTg < 1:304782/141‑1 (MQ=255) tataaacttaaatcatcatatatggataaacagttaatactggaattattcattctatctttataaaaaataaaagttcaagcgcatgcttgaacttttatttTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTaa > 2:363545‑M2/104‑137 (MQ=255) tataaacttaaatcatcatatatggataaacagttaatactggaattattcattctatctttataaaaaataaaagttcaagcgcatgcttgaacttttatttTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTaa < 1:363545‑M2/34‑1 (MQ=255) aTACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTa > 2:26891/1‑141 (MQ=255) aTTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCa > 2:424103/1‑141 (MQ=255) ttCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCat < 1:41858/141‑1 (MQ=255) aaacaaaGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCatata > 2:832/1‑141 (MQ=255) caaaGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATatga > 1:83166/1‑141 (MQ=255) aaGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATatgatg > 1:352196/1‑141 (MQ=255) aGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATAtgatga < 2:53250/141‑1 (MQ=255) gACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTa > 2:319311/1‑141 (MQ=255) cGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGt < 1:202154/141‑1 (MQ=255) aaTCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAAt < 2:262787/141‑1 (MQ=255) ttaatactggaattattcattctatctttataaaAAATAAAAGTTCAAGCATGCGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTtata > 2:363545‑M1/35‑137 (MQ=255) ttaatactggaattattcattctatctttataaaAAATAAAAGTTCAAGCATGCGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTtata < 1:363545‑M1/103‑1 (MQ=255) aTGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATCAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGca > 1:250380/1‑141 (MQ=255) cTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAg < 2:76514/141‑1 (MQ=255) aataaataATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCt > 1:48137/1‑141 (MQ=255) aataatCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTataa < 1:125522/141‑1 (MQ=255) ATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATtca > 1:72001‑M1/1‑141 (MQ=255) gttcaagcatgcgcttgaacttttatttTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGt > 1:74594‑M2/29‑141 (MQ=255) GTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGt > 1:368502‑M1/1‑141 (MQ=255) CAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGa < 1:234949‑M1/141‑1 (MQ=255) GCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATaa < 1:392834‑M1/141‑1 (MQ=255) CGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAAt < 1:247005‑M1/141‑1 (MQ=255) CGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAAt > 1:202206‑M1/1‑141 (MQ=255) atgcgcttgaacttttatttTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAATg > 2:57174‑M2/21‑141 (MQ=255) cATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAATGt > 2:138027/1‑141 (MQ=255) tGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAATGTCt < 2:445557/141‑1 (MQ=255) gcttgaacttttatttTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAATGTCtt > 1:65782‑M2/17‑141 (MQ=255) tgaacttttatttTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAATGTCTTACt < 1:421110‑M2/128‑1 (MQ=255) cttttatttTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAATGTCTTACTTGTc > 2:153689‑M2/10‑141 (MQ=255) tttatttTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAATGTCTTACTTGTCCt > 1:286045‑M2/8‑141 (MQ=255) tatttTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTATGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTTTAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAATGTCTTACCTGTCCTaa > 2:120355‑M2/6‑141 (MQ=255) ttTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAATGTCTTACTTGTCCTAACGc > 1:18050‑M2/3‑141 (MQ=255) | GCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAATGTCTTACTTGTCCTAACGC > CP000730/1697649‑1697926 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |