| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 462756 | 120 (1.320) | 5 (0.060) | 4/260 | 12.6 | 4.7% | intergenic (+15/+88) | USA300HOU_0436/USA300HOU_0437 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | = 462805 | 91 (1.070) | intergenic (+64/+39) | USA300HOU_0436/USA300HOU_0437 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAAACACACCTGCATATCATAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/462608‑462756‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaacagctCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCGGGAATCC < CP000730/462805‑462667 AAAACACACCTGCATATCATAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATA > 1:819672/1‑141 AAACACGCCTGCATATCATAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAA > 1:965346/1‑141 AAACACGCCTGCATATCATAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAA > 2:851614/1‑141 AAACACACCTGCATATCATAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAA > 2:29888/1‑141 AAACACACCTGCATATCATAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGATGAACGTAAGTCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAA > 1:434558/1‑141 CACACCTGCATATCATAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAAC < 2:1023065/141‑1 ACCTGCATATCATAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGC > 2:177194/1‑141 CTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACAT < 2:909072/141‑1 CCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTT > 2:571549/1‑141 CCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAA < 1:571549/141‑1 GGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTA < 1:456327/141‑1 GGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTA < 1:456401/141‑1 AAAACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCATGTAATCt > 2:720951/1‑140 AAAACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCG < 1:515953/141‑1 AAAACAGCTCAATGACGTA‑‑CAATTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCG < 1:273627/141‑1 AAACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCGG < 2:218847/141‑1 AAACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCGG > 2:274518/1‑141 AAACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCGG < 2:591853/141‑1 AACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAATCAGGTAATCGGG < 2:723838/141‑1 AACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCGGG < 2:486016/141‑1 AACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCGGG > 1:119337/1‑141 AACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCGGG < 1:528260/141‑1 AACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCGGG < 2:655397/141‑1 AACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCGGG < 2:655472/141‑1 AACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCGGG < 2:177112/141‑1 ACAGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCGGGA > 1:433955/1‑141 AGCTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCGGGAAT > 1:959025/1‑141 CTCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCGGGAATCC > 1:94909/1‑141 AAAACACACCTGCATATCATAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/462608‑462756‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaacagctCAATGACGTA‑‑GAAGTCAGTGATTAACTCACTAATTTCATTACATCATTAAGCTGTTTTATTTAATTATTTTTCTAATTTTGGTGCCTTACGTTCAACTTTCTTTTCACCTAATGGATAAAACCAGGTAATCGGGAATCC < CP000730/462805‑462667 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |