| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 462756 | 120 (1.320) | 5 (0.060) | 4/260 | 12.6 | 4.7% | intergenic (+15/+88) | USA300HOU_0436/USA300HOU_0437 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | = 462805 | 91 (1.070) | intergenic (+64/+39) | USA300HOU_0436/USA300HOU_0437 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAATGTCTTTGATTGAATGTAGTCCTTTATCGGCGAAGTATGA > CP000730/462665‑462942 | aCGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTg > 2:11704/1‑141 (MQ=255)aCGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTg < 1:191219/141‑1 (MQ=255) ggATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAg < 1:94909/141‑1 (MQ=255) aTTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCt < 1:959025/141‑1 (MQ=255) tCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGt < 1:433955/141‑1 (MQ=255) cccGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGtt > 1:528260/1‑141 (MQ=255) cccGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGtt > 2:486016/1‑141 (MQ=255) cccGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGtt < 1:119337/141‑1 (MQ=255) cccGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGtt > 2:655397/1‑141 (MQ=255) cccGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGtt > 2:655472/1‑141 (MQ=255) cccGATTACCTGATTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGtt > 2:723838/1‑141 (MQ=255) ccGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGttt < 2:274518/141‑1 (MQ=255) ccGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGttt > 2:591853/1‑141 (MQ=255) ccGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGttt > 2:218847/1‑141 (MQ=255) cGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGtttt > 1:515953/1‑141 (MQ=255) cGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGAATTGTACGTCATTGAGCTGtttt > 1:273627/1‑141 (MQ=255) aTTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGtttttt < 2:469397/141‑1 (MQ=255) tACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTtgt < 2:225812/141‑1 (MQ=255) aCCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTtgtg < 1:691484/141‑1 (MQ=255) aCCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTtgtg < 2:331074/141‑1 (MQ=255) ccTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACTTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGGCATTGAGCTGTTTTTtgttt > 2:153359/1‑139 (MQ=255) tGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCtt < 1:743687/141‑1 (MQ=255) tGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCtt > 1:313880/1‑141 (MQ=255) ggTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCttt > 1:700823/1‑141 (MQ=255) ggTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCttt > 2:121758/1‑141 (MQ=255) gTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTg < 2:799458/141‑1 (MQ=255) tCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGGAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACaa < 2:62212/141‑1 (MQ=255) tCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACaa < 1:971798/141‑1 (MQ=255) ttAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCa < 2:1013560/141‑1 (MQ=255) ttAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCa > 1:21136/1‑141 (MQ=255) aGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCatt > 2:715655/1‑141 (MQ=255) tGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCattatt > 1:16699/1‑141 (MQ=255) gagaggaaagTTGGACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAAGAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGGGCTTTGTTACAAAGCATTATTg < 2:545711/136‑1 (MQ=255) aaaaGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCGTTATTGa > 2:960520/1‑141 (MQ=255) aaagaaagTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGaa > 1:177199/1‑141 (MQ=255) agaaagTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAatt < 2:230909/141‑1 (MQ=255) aagTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAatttat < 1:447112/141‑1 (MQ=255) gTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAACAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGTTTTGTCTGTAAGCATGTTTGAatttattt < 2:264942/141‑1 (MQ=255) gTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAttttattt > 2:432280/1‑141 (MQ=255) gTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAatttattt > 1:815633/1‑141 (MQ=255) ttGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTAtttt > 1:110312/1‑141 (MQ=255) gAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTAc > 1:633653/1‑141 (MQ=255) cGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACgtg < 2:142454/141‑1 (MQ=255) aaGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTc < 1:452696/141‑1 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2:653480/1‑141 (MQ=255) gatgTAATGAAATTAGTGAGTTAATCTCTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATa < 2:830303/141‑1 (MQ=255) gatgTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATa < 2:750045/141‑1 (MQ=255) tgTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAAt < 2:433338/141‑1 (MQ=255) tgTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAAt < 1:965468/141‑1 (MQ=255) gTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCANAGCNGTCTTGTTNAGCTTTGTTGATAATg < 1:851614/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAATGTCTTTGATTGAATGTAGTc < 2:177199/141‑1 (MQ=255) aTCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAATGTCTTTGATTGAATGTAGTcc < 1:591853/141‑1 (MQ=255) cACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAATGTCTTTGATTGAATGTAGTCCtt > 1:506390/1‑141 (MQ=255) aCTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAATGTCTTTGATTGAATGTAGTCCttt < 2:540166/141‑1 (MQ=255) aCTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTAATATTTTGAACCATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAATGTCTTTGATTGAATGTAGTCCttt < 1:239006/141‑1 (MQ=255) gACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAATGTCTTTGATTGAATGTAGTCCTTTATc < 1:472173/141‑1 (MQ=255) tCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAATGTCTTTGATTGAATGTAGTCCTTTATCGGCg > 2:269356/1‑141 (MQ=255) tCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAATGTCTTTGATTGAATGTAGTCCTTTATCGGCGAAGTAt < 2:838457/141‑1 (MQ=255) aTTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAATGTCTTTGATTGAATGTAGTCCTTTATCGGCGAAGTATGa < 2:74233/141‑1 (MQ=255) aTTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAATGTCTTTGATTGAATGTAGTCCTTTATCGGCGAACTATGa > 2:585918/1‑141 (MQ=255) | ACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAATGTCTTTGATTGAATGTAGTCCTTTATCGGCGAAGTATGA > CP000730/462665‑462942 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |