New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | = 462756 | 120 (1.320) | 5 (0.060) | 4/260 | 12.6 | 4.7% | intergenic (+15/+88) | USA300HOU_0436/USA300HOU_0437 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | CP000730 | = 462805 | 91 (1.070) | intergenic (+64/+39) | USA300HOU_0436/USA300HOU_0437 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TGCATATCATAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAG > CP000730/462618‑462890 | tGCATATCATAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTa > 2:591546/1‑141 (MQ=255) atCATAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAatgat < 1:265394/141‑1 (MQ=255) tCATAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAatgatg < 2:252590/141‑1 (MQ=255) aTAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTa > 1:108461/1‑141 (MQ=255) aTAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTa < 1:86533/141‑1 (MQ=255) aTAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTa < 1:86543/141‑1 (MQ=255) ttACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAAAAACTTAATGATGTAATGaa > 1:584489/1‑141 (MQ=255) aCATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAAt < 1:592324/141‑1 (MQ=255) aCATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAAt > 1:614544/1‑141 (MQ=255) cATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAAtt > 1:448363/1‑141 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gATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTAc < 2:48536/141‑1 (MQ=255) aCTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTc > 1:640160/1‑141 (MQ=255) cTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCa > 1:411987/1‑141 (MQ=255) cTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCa > 1:877347/1‑141 (MQ=255) aaCGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCAtt > 2:820238/1‑141 (MQ=255) aCGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTg < 1:191219/141‑1 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2:177112/1‑141 (MQ=255) cccGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGtt > 2:486016/1‑141 (MQ=255) cccGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGtt > 2:655472/1‑141 (MQ=255) cccGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGtt > 2:655397/1‑141 (MQ=255) cccGATTACCTGATTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGtt > 2:723838/1‑141 (MQ=255) ccGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGttt > 2:591853/1‑141 (MQ=255) ccGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGttt < 2:274518/141‑1 (MQ=255) ccGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGttt > 2:218847/1‑141 (MQ=255) cGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGtttt > 1:515953/1‑141 (MQ=255) cGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGAATTGTACGTCATTGAGCTGtttt > 1:273627/1‑141 (MQ=255) agATTACATGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGtttt < 2:720951/140‑1 (MQ=255) aTTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGtttttt < 2:469397/141‑1 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1:586674/1‑141 (MQ=255) aataatTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAg < 2:419313/141‑1 (MQ=255) ataatTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGc > 2:585666/1‑141 (MQ=255) ataatTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTNATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGc < 1:121758/141‑1 (MQ=255) taatTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGcc < 1:519271/141‑1 (MQ=255) aatTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGTGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCg < 1:775157/141‑1 (MQ=255) atTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGt < 2:877347/141‑1 (MQ=255) atTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGt > 1:608639/1‑141 (MQ=255) ttAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTc < 2:322022/141‑1 (MQ=255) ttAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTc < 2:883908/141‑1 (MQ=255) taaataaaACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCt < 1:670006/141‑1 (MQ=255) taaataaaACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCt < 1:268948/141‑1 (MQ=255) aaatacaACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTGAATCACTGACTTCTACGCCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCtt > 1:557276/1‑141 (MQ=255) aaataaaACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGACACATCAAAGCCGTCtt > 2:643229/1‑141 (MQ=255) taaaACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGtt < 1:200205/141‑1 (MQ=255) aaaCAGCTTAATGACGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTa > 2:593355/1‑141 (MQ=255) aaCAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAg < 2:406623/141‑1 (MQ=255) | TGCATATCATAAATTACATGGTGATAAAATTGTCGGCTACGATACTAACGGATTCCCGATTACCTGGTTTTATCCATTAGGTGAAAAGAAAGTTGAACGTAAGGCACCAAAATTAGAAAAATAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAG > CP000730/462618‑462890 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |