New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 562451 = | 34 (1.010) | 4 (0.130) | 3/250 | 4.9 | 10.6% | intergenic (+386/+138) | rrf3/USA300HOU_0510 | 5S ribosomal RNA/GntR family transcriptional regulator |
? | CP000730 | 562497 = | 37 (1.220) | intergenic (+432/+92) | rrf3/USA300HOU_0510 | 5S ribosomal RNA/GntR family transcriptional regulator | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TACGTTCCGCTAGAGTAGAACTGGAAATGATAATTTAATAATGTACACTTTCGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTAACTTTTATCAAAGA > CP000730/562313‑562584 | tACGTTCCGCTAGAGTAGAACTGGAAATGATAATTTAATAATGTACACTTTCGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGagaag > 2:212667/1‑141 (MQ=255) tCCGCTAGAGTAGAACTGGAAATGATAATTTAATAATGTACACTTTCGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAg > 2:81997/1‑141 (MQ=255) tCCGCTAGAGTAGAACTGGAAATGATAATTTAATAATGTACACTTTCGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAg < 2:186639/141‑1 (MQ=255) gAACTGGAAATGATAATTTAATAATGTACACTTTCGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATc > 1:191761/1‑141 (MQ=255) gAACTGGAAATGATAATTTAATAATGTACACTTTCGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATc > 1:241521/1‑141 (MQ=255) aaCTGGAAATGATAATTTAATAATGTACACTTTCGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCt > 1:221643/1‑141 (MQ=255) ataatGTACACTTTCGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACt > 1:78131/1‑141 (MQ=255) aatGTACGCTTTCGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAAGGTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAGATGATCTtgctgc < 2:15500/141‑1 (MQ=255) cGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAGGTCAAAATATTGGATAAATAGATGAGTGCAGGAAGACTGGAGCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATGTAc > 1:134417/1‑141 (MQ=255) cGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATATTACTGCTCTTTTATATAc < 2:58076/141‑1 (MQ=255) gATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACt < 1:239714/141‑1 (MQ=255) aaGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGaa < 2:120328/141‑1 (MQ=255) gTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAAt < 1:223506/141‑1 (MQ=255) aTGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATAc < 1:1481/141‑1 (MQ=255) cTTTAATTTTGTGTTTATATCAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGCAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGa > 1:81142/1‑141 (MQ=255) aaTTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGTAaatt > 2:242083/1‑141 (MQ=255) aaTTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAaatt > 1:14684/1‑141 (MQ=255) aaTTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAaatt > 2:387826/1‑141 (MQ=255) tttGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAaattaat > 2:210230/1‑141 (MQ=255) tgtgTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAattaatta < 1:355779/141‑1 (MQ=255) gtgtTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAattat > 2:272022/1‑141 (MQ=255) gtggctatataAATTTAAATTGATATCATCGAACACTAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTCATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTAGATACTTTATTGAAATACAAAAAGGACATTAagtat > 2:76371/6‑141 (MQ=255) tttATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAATtattat < 1:262809/141‑1 (MQ=255) attATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAATtattat < 2:134417/140‑1 (MQ=255) tataAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAATTATTATACaa > 2:58235/1‑141 (MQ=255) aaTTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGa > 1:98855/1‑141 (MQ=255) tAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATATAAATAAAAATGGTCTTACTGCACTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAg > 1:332971/1‑141 (MQ=39) aaTGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTa > 1:40322/1‑141 (MQ=255) aTGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTAt > 1:160985/1‑141 (MQ=255) aaCAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAacac > 2:244220/1‑141 (MQ=255) aCAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACt < 1:212667/141‑1 (MQ=255) tataAAGAGATAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTAACTTTTATCa < 1:26087/141‑1 (MQ=255) aaaTAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTAACTTTTATCAaag < 2:121044/141‑1 (MQ=255) aaTAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTAACTTTTATCAaaga < 1:244764/141‑1 (MQ=255) | TACGTTCCGCTAGAGTAGAACTGGAAATGATAATTTAATAATGTACACTTTCGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTAACTTTTATCAAAGA > CP000730/562313‑562584 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |