| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2501187 | 21 (0.280) | 51 (0.770) | 36/256 | 0.9 | 69.4% | intergenic (+1198/‑290) | USA300HOU_2363/USA300HOU_2364 | hypothetical protein/AraC transcriptional regulator |
| ? | CP000730 | 2504202 = | 26 (0.390) | intergenic (+620/‑138) | USA300HOU_2364/USA300HOU_2365 | AraC transcriptional regulator/hypothetical protein | |||||
TCCAAACTTAAATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/2501031‑2501187‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACCATGAA > CP000730/2504202‑2504344 TCCAAACTTAAATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTGCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGATCAAAATGGCTATCTAT > 2:401252/1‑149TCCAAACTTAAATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTAT > 2:524803/1‑149 ACTTAAATAATTGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTT < 2:5002/149‑1 ACTTAAATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAACATGGCTATGTATTGTTT < 2:379336/149‑1 taAAATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGT < 1:770193/138‑1 TAAATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTT < 2:31515/149‑1 AAATAATGTCCATAAAAGTTAAATCAGACGAACATTTAATGTTCTTTAATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTCTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTAT < 1:345494/140‑1 AAATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGATATGTAT > 1:546313/1‑140 GATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAG < 1:531478/140‑1 ATTTAAGTTATGAGTAAATTTAATATTTTTTATTACAAACTTCCACTTAGGTCAATTCGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACAC < 1:1774/140‑1 ATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACcc > 1:148541/1‑138 GTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATT < 1:248008/140‑1 ACATTTAATGTTTTTTGCTTCGTTCTCCCATTTTGGTCAAGTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAATTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACATTATTCACATTTAA > 1:489764/1‑140 ACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAA < 1:558584/140‑1 TTTAATGTTTTTTGATTCAATCTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGT < 1:358688/140‑1 TTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGT < 1:335303/140‑1 ATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATT > 1:344225/1‑140 TGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGCCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTA < 1:1005693/140‑1 ACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTA < 1:897374/140‑1 CTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAA < 1:874480/140‑1 TCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAAT < 1:300069/140‑1 TCCATTTTGGTCAATTCGCTTATTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGAATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAAT > 1:520033/1‑140 CCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAACTGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATT < 1:137721/140‑1 CCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTTTGTCTTTTTAAGTT > 1:424653/1‑140 CCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATT < 1:718674/140‑1 CCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATT > 1:844466/1‑140 CCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATT < 1:145994/140‑1 CCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAACATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATT > 1:668293/1‑140 CCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTGATAACATAGTTGACTATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAGATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACCTTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTGAATT > 1:649406/1‑140 ctTTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGCTGAATATCAACAAAGGATGAGCTAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTTTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTA < 1:382795/138‑1 cacTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTA < 1:361829/137‑1 CATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTA < 1:668621/140‑1 CAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGT < 1:931963/140‑1 TGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATAT < 1:427553/140‑1 TTTTATAACTTAGTTGAATATTAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATAC < 1:202141/140‑1 TTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATAC < 1:121059/140‑1 TTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATTTAAATACgg > 1:74282/1‑138 ATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTATTTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCA > 1:340088/1‑140 CATAGTTGAATATCACTAAAAGATTAGCAAGTTAGTTTAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTAAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTG < 1:284312/140‑1 AGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCTAGTTAGTTCATATTGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGCGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAA < 1:841778/140‑1 AGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTATTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAA < 1:70973/140‑1 AGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAA < 1:606679/140‑1 GAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGGATTGGCTAACTG > 1:680857/1‑140 ATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTT < 1:359506/140‑1 AAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTA < 1:55601/140‑1 gagaAGCAAGATAGGTAAAAATGGCTATGTATTGATCTAAAGAAACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGAGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGT < 1:72625/136‑1 ATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTA < 1:601014/140‑1 ATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTA < 1:370066/140‑1 ATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTA < 1:874688/140‑1 AGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAA < 1:254955/140‑1 AGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGCATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTATCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTCGTAATGCAAACTGTTGCACTTATACTTATAA < 1:742546/140‑1 GCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAAAACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAAC > 1:416531/1‑140 AAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAG < 1:822836/140‑1 AGTTAGTTCAAAATGGCTATGGATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATGTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGA < 1:199221/140‑1 TTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAAT > 1:487796/1‑140 TAGTTCACAATGGCTATTTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATT < 1:549755/140‑1 TAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATT < 1:860083/140‑1 AGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTTATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAACCTGTTGCACTTTTACGTATAACAGAATTA < 1:539696/140‑1 GCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAA < 1:889873/140‑1 TTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACCATGAA > 2:12150/1‑149 TTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGAGTAACCATGAA < 2:218947/149‑1 TCCAAACTTAAATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/2501031‑2501187‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACCATGAA > CP000730/2504202‑2504344 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |