| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2501187 | 21 (0.280) | 51 (0.770) | 36/256 | 0.9 | 69.4% | intergenic (+1198/‑290) | USA300HOU_2363/USA300HOU_2364 | hypothetical protein/AraC transcriptional regulator |
| ? | CP000730 | 2504202 = | 26 (0.390) | intergenic (+620/‑138) | USA300HOU_2364/USA300HOU_2365 | AraC transcriptional regulator/hypothetical protein | |||||
TAAATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTGAAATACATAGGTTTGAAATCTATATTAATTATGCACCAAATAATTTAATTAGACTCTATCGAAAATTTCCAAATTTTGCTTACTATCTTTCTAATTTTACTTTTATATTGTTCGCAATGCATAAAAACAAGCGTTTTCCTAGGAG > CP000730/2501039‑2501333 | tAAATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTT < 2:31515‑M1/149‑1 (MQ=255) tGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTTTTTCTTTTTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATTTTATTGTTGAGTATCAATACAGGGTTTGTAATTTAGTTCAGAGTGGCTATGTATTGTTTTTTGAAATat > 2:94147/1‑148 (MQ=255) tGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTGAAATAc > 2:84497/1‑149 (MQ=255) 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1:148541‑M1/1‑132 (MQ=255) gTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttatt < 1:248008‑M1/140‑15 (MQ=255) aCATTTAATGTTTTTTGCTTCGTTCTCCCATTTTGGTCAAGTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAATTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacacattattcacatttaa > 1:489764‑M1/1‑117 (MQ=255) aCATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaa < 1:558584‑M1/140‑24 (MQ=255) cATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTGAAATACATAGGTTTGAAATCTATATTAATTAt < 2:345787/149‑1 (MQ=255) tttAATGTTTTTTGATTCAATCTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgt < 1:358688‑M1/140‑27 (MQ=255) 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1:137721‑M1/140‑51 (MQ=255) ccATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtttgtctttttaagtt > 1:424653‑M1/1‑90 (MQ=255) ccATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtgtgtctttttaaatt < 1:718674‑M1/140‑51 (MQ=255) ccATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtgtgtctttttaaatt < 1:145994‑M1/140‑51 (MQ=255) ccATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtgtgtctttttaaatt > 1:844466‑M1/1‑90 (MQ=255) ccATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAACATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtgtgtctttttaaatt > 1:668293‑M1/1‑90 (MQ=255) 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1:427553‑M1/140‑66 (MQ=255) ttttATAACTTAGTTGAATATTAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtgtgtctttttaaattaattttatgtaatataaatac < 1:202141‑M1/140‑72 (MQ=255) ttttATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtgtgtctttttaaattaattttatgtaatataaatac < 1:121059‑M1/140‑72 (MQ=255) ttttATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTGAAATACATAGGTTTGAAATCTATATTAATTATGCACCAAATAATTTAATTAGACTCTATCGAAAATTTCCAAAttttac > 2:560737/1‑147 (MQ=255) ttATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtgtgtctttttaaattaattttatgtaatttaaatacgg > 1:74282‑M1/1‑67 (MQ=255) ataACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtatttagggtgtgtctttttaaattaattttatgtaatataaatactgca > 1:340088‑M1/1‑65 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |